为了这场两广会战，统帅部支出的军费多达一千七百万两，当然，其中部分是盟友赊购的各类物资，在战后归还，但军费仍然在一千五百万两左右，除了所分的六百万两，合众国在潮州清理士绅也得到了三百万，但不足以改变财政赤字的现实。
先后进行了中荷战争和两广会战，统帅部军费严重超支，未来一段时间需要休养生息，各藩镇也是如此，而满清也需要时间重新组织一支可与两广盟军对战的重兵集团，接下来的两三年里，很难再有如此规模的大会战。
与上一次军事管制潮州不同，这一次，元老院正式向全国宣布，成立潮州行政长官区，为潮州本地的合法百姓提供国民身份，而这些国民在三年之后，就可以通过提请税务表的方式，申请成为公民，继而获得和其他国民一样的政治地位和法律权益，而对于不愿意加入合众国的潮州本地人，合众国在法律、税收等方面都以外国人视之。
而为此感到最兴奋的其实是合众国的这些藩镇盟友，晋藩和琼藩都是知道，合众国对国土有着严格的界定和责任划分，当初的潮州只是作为殖民地的地位存在，因此在清军大兵压境的时候可以直接放弃，但潮州成为了合众国的国土，那地位就完全不一样了，寸土必争之下，不打一仗是不可能放弃的。
而在分配完此次两广会战的收获之后，李明勋在香港召开了抗清御虏统一阵线的第一次会议，出席此次会议的都是各藩镇的藩主、将帅，而在这次会议上，李明勋对统一战线内的抗清力量进行了一轮新的裁定，被称之为整饬军务。
如今的两广盟军中，有合众国、晋藩和琼藩三大巨头，除了三大巨头之外，还有顺军、惠藩等藩镇，这些藩镇在两广也有大大小小的饷源地，大的一两个州，小的两三个县，这些小军阀利用饷源地掠夺民财，供给军队，而大藩则利用军阀顶在前线，以饷源地为分战区，各取所需，但给两广百姓造成了巨大的伤害，在某些州县，百姓不仅要承担高额税赋还要出徭役、当壮丁，甚至强征为兵，这导致了大量百姓逃亡，土地撂荒。
而李明勋的整饬军务政策就是在两广只存在琼藩和晋藩两大盟藩，其余的军阀一律上缴财政和行政权限，其军队所需的军饷物资由所处藩地的大藩提供，一应抚恤和士兵家属安置也由其负责，各军阀只负责训练士卒参加战争，不再参与其他活动。
而这只是第一步，第二步是晋藩与琼藩联合制定明军军饷待遇与征兵制度，在首先就是清理明军现有的军镇，淘汰其中的老弱病残，士兵的身高、体重、体能和技艺都必须有严格的限定，明军不再分正兵和义兵，而是把合格的士兵按照军种划分为披甲步兵、火枪兵、骑兵、炮兵和辅兵，不同兵种享受不同待遇，而想要加入骑兵、炮兵这类高军饷兵种，就要掌握其兵种所需的技艺，而辅兵的数量被严格限定，以防止各军阀鱼目混珠。
而接下来就是统一指挥权了，逐步的把军权从各藩镇军阀手中转移到两大明藩手中，提高军队的效率，降低因为战争对百姓的伤害。
所谓的整饬军务就是两广军事力量的大洗牌，让两广只存在三大军事力量，其余一律被吞并吸收，军阀们显然是不满权柄上缴的，这影响他们的利益，但在三大巨头已经取得一致，且清军已经被驱逐出两广的情况下，这些军阀也是无可奈何，而三步走的计划也是温水煮青蛙，但军阀们也不只有等待收编的一条路，李明勋为其提供了许多退路，最好的莫过于把麾下兵马全盘交出，带着亲信家人去合众国的海外领地去做富家翁。
表面上，获利最大的是琼、晋二藩，但实际上，合众国在其中也得利不少，琼藩、晋藩力量的提升可以极大增强盟军的力量，而那些小军阀的消失也可以解放出大量的人力和物力，没有他们的剥削，两广百姓将更具有消费能力，商路会更加畅通，成本会降低，这会极大的促进贸易的发展，更重要的是，这些掌握了大量财富和人口的小军阀最终会选择加入合众国，为合众国海外领地的发展带去财富和人丁。
不光是这些小军阀被整饬，其实两大明藩也要进行改革，其中最重要的就是精兵简政，两藩之中都存在大量的义兵和民兵，两广会战已经证明，这类军队在真正的战斗中根本毫无用处，只有职业兵才能胜任危险的作战任务，而后勤等方面，专业的运输兵配合招募来的民夫则更有效率，必须大量削减这些士兵数量，才能降低两广百姓的负担。
而另一方面就是行政，特别是晋藩，从西营入云南以来，一直是军中偏俾之将来统治百姓，少数科举文官担当州府长官，这些军中出身的大老粗当官，不仅会带来大量的贪腐、冤案，还会造成行政效率的下降，降低两广对战争的支持。
而这一点上，琼藩已经是晋藩做好了表率。