终极复仇者：弗瑞组建了一支叫“复仇者”的队伍，目的是处理一些不便公开的事件。成员除了从终极战队过来“兼职”的鹰眼，还有战争机器、红蜂、新任黑寡妇（亚裔）、一个克隆绿巨人、钢铁侠的哥哥格雷戈里·史塔克博士。第一次任务的目标是企图夺取宇宙立方的红骷髅，此人其实是美国队长当年留下的一个儿子，但极其疯狂，最后队长亲自杀了他；一个使用地狱能量的恶灵骑士向迫害过他的显贵复仇，弗瑞招募了暴力的惩罚者和第一个伽马能量变异者Tyrone Cash，但恶灵骑士全身而退；一群吸血鬼发动了大规模侵略，组建了感染者的大军，由被感染的克隆绿巨人领头，在夜间攻入神盾基地。刚受招募的佩壬很快被克隆绿巨人杀死，美国队长用佩壬锤子的瞬移功能把整个基地移动到地球另一面的伊朗，消灭了吸血鬼。
新终极战队：洛基再次出现，让防卫者的一群菜鸟获得了超能力，与终极战队为敌，自己也带着女巫阿莫拉魔鬼在纽约作乱，打败了黑豹和蛮荒之地的卡扎尔与山娜，又操纵卡罗尔·丹佛斯、扎达公主和女武神，打倒了美国队长、钢铁侠和鹰眼；在地狱中，托尔应海拉之请与她结合，使其怀孕以获得继承人；女武神反抗洛基而死，使托尔得以还阳，他的愤怒被洛基利用，造成周边的破坏，直到女武神被海拉收容到麾下，劝服了托尔。终极战队再次成立，仍然是比较公开的组织。
新终极战队vs终极复仇者：两支队伍都在追查超级士兵信息泄露事件，结果都被告知对方的队伍把情报出卖给外国，于是原本互不信任的双方一触即发。在混战中，惩罚者狙击美国队长，却被蜘蛛侠挡下了子弹（受伤的蜘蛛侠随后在与宿敌绿魔一伙的战斗中牺牲）。最后弗瑞发现是格雷戈里·史塔克博士在操纵一切，把超级士兵技术卖给某些国家的反对分子。格雷戈里被两支队伍合力打倒，弗瑞也重新登上神盾总司令之位。
终极漫画:终极战队：全球出现了许多异动，东南亚某国发生人造超人类引发的大乱，邪化的神奇四侠旧成员理查兹制造另一批超人类毁灭了北欧仙宫，钢铁侠遭到暗算……终极战队再次联合起来开始行动。虽然挫败里德，但他已经摧毁了华盛顿，导致美国陷入大乱，数个州脱离联邦独立。弗瑞再次失去神盾指挥官之位，遂去帮助变种人建立根据地；美国队长带着终极战队四处平乱，被推举为总统。
次代复仇者：地球982，平行未来，复仇者在与一个平行世界的邪恶版自己大战后，死伤惨重，解散了队伍；十多年后，宅邸成为博物馆。雷震的儿子凯文继承父亲的神力时遭到洛基袭击，管家杰维斯等找到了老队员的一些传人组成新的复仇者与之对抗。新一代英雄主要有：莎朗·卡特的侄女American Dream，前反派Juggernaut的儿子J2，钢铁侠制造的智能机器人Mainframe，蚁人斯科特·朗的女儿Stinger，金刚狼的儿子Saberclaw，蜘蛛侠的女儿Spider-girl，以及其他许多英雄的传人。
天启时代：地球295，在老变种人天启统治北美的世界，欧洲的人类抵抗组织依靠一批非变种人特工进行抵抗。
DC vs Marvel以及Amalgaverse：地球692和9602。一次DC和Marvel两公司合作故事中，双方的宇宙融合成一个，导致所有主要角色都发生合并。美国队长和超人融合，钢铁侠和绿灯侠融合，托尔和阿瑞斯融合，等等。
最后的复仇者：地球9511，美国官府开始捕杀超级罪犯，绿巨人和快银害死了一些队友，复仇者大部分成员退休；数年后康和Ultron杀死了一批新生代复仇者，残余的老英雄与他们决战，死伤惨重。
女王的复仇使：地球398，女法师摩根统治西方的古典魔幻风格世界，复仇者是她的卫队。
地球帝国：地球9812，由于复仇者的活跃促使地球人与宇宙文明更早接触，人类在遥远的未来组建了模仿复仇者创始成员的超级部队，不断征服外星系，建立了星际帝国。
托尔的统治：地球3515，托尔消灭了复仇者等人类势力，统治世界。
红色百夫长：地球689和地球8110。改头换面的康（红色百夫长）欺骗初代复仇者五人把这个世界其他超人类全部逮捕。
日漫宇宙：地球2301，日本漫画风格的世界（本质上仍然是Marvel的美漫）。复仇者驾驶钢铁侠开发的合体机器人；美国队长当上总统，但被毁灭博士杀害；日本的三个反派四处暗杀英雄，卡罗尔·丹佛斯成为新的队长，发起新的复仇者。
钢铁复仇者：地球9997，Earth-X（地球X）。鹰眼、巨化人、黄蜂等被吸收人杀害。钢铁侠制造了模仿这些复仇者外表的机器人部队。后来他们几次被转手和重造。
House of M：地球58163，在这个变种人统治人类的世界，卢克·凯奇组织一批非变种人的超人类保护普通人免受变种人的压迫。成员有鹰眼、铁拳等。
丧尸世界：不止一个平行世界（地球2149，6195）遭到丧尸病毒侵袭后，当地的复仇者变成食人丧尸四处找食物。
Marvel Adventures：剧情轻松而简洁的系列，复仇者包括蜘蛛侠、金刚狼、暴风等人气角色。
Mini Marvel：地球89062，卡通版娱乐短篇漫画，英雄们都是小孩。
宇宙复仇者：地球90110，假如幻视成功地接管了全地球的计算机系统，并得到人类的同意，他会联合其他英雄帮助人类建立一个真正繁荣进步的社会。当历史步入22世纪时，地球人的“行星合众国”已经成为压倒克里、斯克鲁尔和希阿的大国，而站在探索宇宙和保卫和平第一线的就是宇宙复仇者：22世纪美国科学家改造的超级士兵Commander America，披挂史塔克工业新型装甲的Irondroid、操纵能量的Starhawk，神奇四侠霹雳火的传人Tachyon Torch、女绿巨人的传人Jhen the Gammazon，唯一健在的创始成员托尔，而升级后的Ultra Vision则提供信息支持。