八月二十五，段祺瑞、姜桂题、张勋等清军将领四十余人在袁慰亭的授意下联名电请清廷明降谕旨，立定共和政体。内阁以徐世昌、袁慰亭、冯国璋、王世珍的名义，电令段祺瑞转各军将领，切勿轻举妄动。
同盟会会员彭家珍在北京炸死宗社党首领铁良，彭家政当场就义。清廷亲贵王公大臣闻此消息纷纷闭门不出，庆亲王奕劻开始运送财产前往天津租界。
隆裕太后闻讯哭泣不已，恳求袁慰亭保全其母子性命。
八月二十六至八月三十日，南京临时政府做出放手一搏之姿态，筹措资金，宣布袁慰亭破坏和谈的罪状，命令北伐。
北方革命军在天津起事，攻打直隶总督公署，未成。临时参议院通过《中华民国临时约法》，旨在约束日后的袁慰亭。
九月初一，隆裕太后召见袁慰亭，授以全权，命其与南方商酌优待条例。袁慰亭遂电告南京方面，提出修正皇室优待条例。
南北谈判再次开启，与以往不同的是，袁慰亭从唐少仪那得到了姜元的亲口承诺不干涉南北纷争，于是袁慰亭对这次谈判志在必得。
九月初二，袁慰亭提出修正后的优待条例，主张帝号相承不替，“逊位”改为“致政”。
九月初三，吴廷芳电告袁慰亭，告之最后修正之优待清室条件，“逊位”改为“辞位”，并声明再无可改。
同日，清廷督抚张镇方、张勋、段祺瑞等九人联名奏请要求速降明谕，宣布共和。同时段祺瑞致电孙玟、黎圆宏、黄星、吴廷芳，主张南北政府同时取消，并预行推定新总统。
九月初四，参议员通过《优待清室条例》八款、《待遇皇族条件》四款、《待遇满蒙回藏条件》七款。
九月初五，袁慰亭以清帝已决定退位，急电南京政府，表示赞成共和，永不使君主政体再行于中国，并请求迅速商议南北统一之方法。
九月初六，清帝溥仪下诏退位，命袁慰亭全权组织临时共和政府。
九月初七，孙玟正式辞职，举荐袁慰亭为大总统，但提出三项条件：临时政府设在南京、新总统亲到南京受任、新总统须遵守临时约法。
袁慰亭擅自以“全权组织临时共和政府”名义发布文告，命文武官员照旧供职，旧日政务继续进行，各地军警合力维持地方治安，各省官吏不得再捉拿革命党人，已被捉拿者，一律释放。
九月初九，参议院选举袁慰亭为临时大总统，决议临时政府依旧设立在南京，点请袁慰亭南下就职。袁慰亭闻言通电，宣称北方各省军队和全蒙代表均推举其为临时大总统，清帝委任无足再论。北方危机四伏，舍北就南，变端立见，并佯称将退归故里。
九月初十，南方派出蔡垣琣为欢迎专使，宋浇仁、汪兆铭等为欢迎员，偕同唐少仪赴北京，迎袁慰亭南下。
九月十二，迎袁专使蔡垣琣等人抵达北京，谒见袁慰亭递交孙玟手书，请赴南京就任。
九月十三，北洋军将领纷纷致电蔡垣琣，宣称袁慰亭不可离开北京。
九月十四，北洋军第三镇曹锟部在北京哗变，肆行抢劫，次日殃及天津、保定，袁慰亭旋即借口北方不宁，不能南下。袁慰亭向南军拨饷两百万两。
九月十五，蔡垣琣等人致电南京方面，主张从速建立统一政府，其余皆可迁就，速定大局。
九月十七，南北军界统一联合通电，主张袁慰亭在北京就职，希望速成临时政府。
九月二十，参议员同意袁慰亭在北京就职。翌日，袁慰亭宣誓就任第二任临时大总统。
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