受害者很快就被剥成赤条条的。两名凶手麻利地处理好军服和武器，将尸体抬进船坞。一直拖到鹦鹉螺号潜水船旁边。潜水船的维修工程刚刚开始，四周堆满了船材、木板、铜铁零件，装满焦油和沥青的木桶成列排在坞墙内壁的石阶上。一个中国人爬上甲板，打开舱盖钻了进去，动作之敏捷足以令弗尔南多船长大为惊叹。经过一番快速的检查，还扳动摇杆转了两圈，以观察螺旋桨怎样工作，记下各处要点后，他将船身上一切能够打开的舱门和开口全都打开，另一名伙伴立刻递上准备好的木桶，把散发着刺鼻气味的木焦油倒进船舱内。两人很是忙了一阵，各种易燃的船板和油毡，填塞船缝用的蕉麻线，一股脑儿堆放到潜水船下，堆积燃料时还为通风而仔细地留出了孔道，整桶整桶的沥青和焦油从船甲板上倾倒下来，流过船壳，浸透了堆积起来的易燃品。最后，两名破坏者从杂物中找到一叠奇特的黑色带状物，散发着难闻的气味。他们不知道这是浸过木焦油的鹿皮，准备用作舱门上的防水密封，但还是拿这东西裹住士兵的尸体，丢进那座特意为鹦鹉螺号准备的火葬堆。
一名破坏者重新爬入船舱。他打开一个纸袋，露出两支铁皮小管。月光下可以看出一支漆成白色，另一支红色的粗细相同却更长出一截，末端像钢笔那样刻着螺纹，另一端用赛璐珞防水帽封住。他从纸袋中取出几个铜合金圆片。观察片刻，挑了厚薄合适的一片。小心地平放入铁管中安装妥当，最后将两只铁皮管子紧紧地拧在一起。一把特制的小钳子在白管的某个位置用力一夹，眼看铁皮凹陷下去，里边传来玻璃安瓿的破裂声和液体流动的声响，这根铁管被留在倒满焦油的船舱里。他的同伴也如法炮制，另一根铁管被放在鹦鹉螺号身下的柴火堆中。在自己工作过的木料堆和船材场，他们也留下了几根同样处理过的铁管。有条不紊地完成一切工作后，两个破坏者脱下沾满焦油的衣裤和布鞋扔进船坞。彻底除去伪装，跳进海水，向着东边游去，绕过海岬，一艘小船停泊在寥无人迹的乱石滩旁等待接应他们。
无人注意的化学反应在铁皮管里持续进行，铜合金片受到酸液腐蚀所发出轻微的嗤嗤声响，被潮水拍打海岸的喧嚣完全掩盖了。过了近四个小时。铜片终于被蚀穿，浓硫酸渗进了红色的半截铁管，里边砂糖和氯酸钾混合成的内容物爆发出激烈的自燃反应，火焰瞬间烧穿赛璐珞封帽，喷射到已经让焦油浸透的木板上。几分钟内，鹦鹉螺号就成了一支硕大的火炬。火星四处爆裂。炽烈的火舌向上飞卷，很快船坞上的木棚子也烧了起来。整座船厂都笼罩在一片颤抖的红光里，黑影在地面上乱窜。被火灾惊醒的工人，要么坐在地上声嘶力竭地嚎叫，或是四处乱跑。拼命地喘气，抖得一句话也说不出。
热诺利诺?帕尼奥吓得面无人色。仿佛是为了庆贺他的匆匆而来，轰隆一声，船坞的顶棚烧塌了下去，赤焰飞腾，火头升起来足有两帕索高。他大喊着让手下去救火，可是没人理睬他的命令，大家只管乱跑，互相推挤、摔倒，乱成一团。
混乱的局面持续到圣菲利普要塞的军官带着一队士兵赶到船厂后才得到控制。热诺利诺把他的人手分成两支，一路去扑救着火的贮木场；一路直奔潜水船所在的船坞而来。那儿呈现出一幅奇怪的景象，虽然船坞里已经烧成了一座巨大的火盆，但坞首的一段低洼的通道中积有海水，火焰漫不过来，坞首的水闸没有被火势所及，依然完好。但是当热诺利诺下令开闸放进海水灭火时，人们发现保罗?高山为开启沉重闸门而制造的精巧机器似乎被故意破坏了，无论如何扳拉，闸门只是纹丝不动。匆忙找出了几台水泵，抬过来后却发现水龙带被人事先截断。就这样直到大火熄灭，“马尼拉的魔船”鹦鹉螺号仅存的部分，就是变了形的螺旋桨，和几根已经扭曲焦黑不成样子的铜质骨架。
船坞里的灰烬堆中清理出几块烧焦的人骨，坞首的积水里发现了一只中国布鞋。无疑，这些玩意就是两名可怜的中国工匠在人间的最后遗存。至于失踪的两个邦板牙士兵，最初以为他们开小差逃跑了，几天后从船坞附近的海里捞出了他们的长矛和火绳枪，还有裹成一团的军服，上面浸染的鲜血已经变了颜色。虽然一直没找到尸体，不过已经可以断定，他们已被蓄意纵火的凶犯谋害了。热诺利诺?帕尼奥受到马尼拉检审法院的传唤。虽然最终审问结果认为他对此并无责任而被开释，但是他自从遭此打击，精神已然崩溃。除了自言自语地向圣母喃喃祷告，他再不会说别的话了。
空缺的造船厂总监一职按照管理出售，总督标出了一千比索的价格，在几次热烈的竞争之后，热诺利诺?帕尼奥先生的侄儿也是他在造船厂的助手卡路西奥?帕尼奥以壹仟伍佰比索买下了这个职位，众人都盛传卡路西奥?帕尼奥是得到了高山的资助才能拿出这么大一笔钱。卡路西奥是高山的密友，经常出入他的庄园和工厂。
对船厂新负责人的关注没维持多久，因为新的凶杀事件吸引住了人们。船厂失火的第二天夜晚，马尼拉白人中最狂热的斗鸡赌客最近手头十分阔绰的弗尔南多船长，在帕里安区被刺杀了。巡夜人报告说：他们发现船长就躺在路边的一条阴沟里，他身上的酒气甚至盖过了血腥气。夺去船长生命的是插在胸口上的一把奇形怪状的曲刃匕首――马来人酷爱使用的武器。很明显的是，醉后的船长还同凶手厮打过一番，他的右手握成一个拳头，紧攥着从敌人衣服上扯下的一小块布片：一小块荷兰麻布的残片。
对船长住处的搜索让人感到失望，这位酒鬼兼赌棍船长在自己的客栈房间里什么也没留下，连一个小钱都没有，教士们都说这是赌博造就的罪恶。
荷兰恶棍雇佣马来刺客混进马尼拉进行破坏的传言一时间闹得满城风雨，不过除了总督等少数人为之忧心忡忡，这些流言只是被大部分西班牙人为他们过分闲适慵懒的生活增添些刺激。对于东方群岛上大部分自封的伊比利亚贵族而言，船厂里烧掉一条船；酒馆前的阴沟里躺着一个被杀的赌棍，这种无关紧要的小事怎么能同今晚的宴饮舞会相比呢？
然而，造船厂的工作并没有因为这次破坏而停顿下来，由于鹦鹉螺号已经烧毁，反而让船厂能够集中人力物力在巡逻船的建造上。兰度发觉西班牙人表现出了前所未有的高效率，新上任的总监亲自督促工人们，调来了许多土人士兵来“督促”他加碌苦力们劳作。在船坞被烧毁之后一周，苦力们抽干了船坞里的水，修复了闸门，清理了所有的垃圾，随后又运来了新得船材。根据纪米德等人的汇报，船厂似乎没有重新开始建造潜艇，把所有的精力都放在那些巡逻艇上了。
即使兰度这样对造船、帆船全都一窍不通的人也看得出，这些已经逐渐成型的帆船和临高海军批量装备的双桅巡逻船十分相似。连预留的炮位都和原版一模一样。兰度很快就意识到，当初海军被夺走的那艘巡逻船并不在郑芝龙手里，十有八九是被黑尔夺取之后带到了马尼拉。