日本大本营在作了这些防御组织措施后，在本土的东海岸、南部海岸、西部海岸，强迫居民、学生，挖掘防御工事。此时的日本国内，昼夜遭受轰炸，男子被迫入伍，沿海各村构筑工事，军队调动和运输频繁，人民的情绪极为沮丧。
经过十多年的抗战，这场战争终于来到了发动侵略战争的日本本土。
日军在国内之防御部队此时共为72个师团，又35个旅团。单其中45个师团和24个旅团，是在1945年的年初仓促编成，训练时间很短，武器更是不足。
新编部队所装备的轻武器，步枪仅达50％，轻机枪77％，野、山炮25％，对战车炮26％。
而航空部队多为特攻用的旧式飞机与教练机，飞行员多数飞行在200小时，经验不足，技术不佳。
此外，日军一下子急速编成这么多部队，不仅兵器不足，各部队兵员也严重不足，不少师团仅有半数。
比如说九州、四国和箱根关以东沿海地区的作战工事，完成约60％至80％，其它地区的工事仅完成50％。九州、四国储备的弹药、油料等物资均按预定计划完成，但粮食储存量仅达到60％。箱根关以东地区，粮食储存量达到50％，但其它物资则极为不足。
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还有就是，日军大本营根据硫磺岛作战和冲绳岛作战给美军造成重大损失的经验，决定在本土防御时，首先进行关键性的“水际作战”。
即当美军海上部队集结于近海地区和登陆换乘时，以大量的自杀空中特攻部队、岸防炮群、水上自杀机动艇群、水下小型自杀潜艇、水下人员操纵的大型自杀鱼雷，进行集中攻击，消灭美军大部于换乘时节。
当部分美军由登陆艇群到达滩头时，日军在预先部署好的炮兵群、坦克群、空军机群、反坦克炮群及轻火器的支援下进行连续的逆袭。
当部分美军在扩大滩头阵地时，则利用已构筑好的坚固工事和机动部队进行反击。
这些抗击美军的登陆作战，目的就是为了达到当时陆军大臣阿南惟几所设想的：进行有力一击，然后相机进行和谈的主张。
日本当时对本土的防御重点是两处，一是东京地区，即该地以东的鹿岛滩、东南的九十九里滨和东京西南地区的相模湾；二是九州南部地区，即九州南部东侧的有明湾和九州南部西侧的吹上滨沿岸。
在兵力部署上，除有沿岸防御师团、野战师团外，还专门成立了一个机动打击兵团，即由上村利道中将指挥的第36军。该军有较强的步兵师团8个、坦克师团两个。
为了抗击美军在日本本土登陆，日军发明了不少自杀性的特攻武器，除自杀飞机外，还有水上和水下武器。
比如水上自杀武器摩托艇，艇长5.1米，重1.4吨，以汽车的发动机作动力，最大时速达26海里，装有炸药250公斤，有两枚12公分直径的火箭弹；由一人操纵，对美军军舰撞击爆炸。
到日本投降时，已生产出这种小艇6200只，日军称装备这种自杀性舟艇的部队为“震洋特攻队”，意为威震海洋。
水下自杀武器“人工鱼雷”，长14.75米，重8.3吨，最大时速30海里；头部装炸药1550公斤。一人操纵，撞击美军军舰。
如此种种，日军是决定顽抗到底，即使是战至最后一兵一卒，也不愿意无条件投降。