11月3日，苏军坦克部队包围了匈牙利首都布达佩斯。纳吉向苏联驻匈牙利大使安德罗波夫提出抗亿。安德罗波夫却表示，苏联同意与匈牙利政府谈判关于撤走军队的问题，并希望纳吉派出一个代表团前往苏军总司令部商谈具体事宜。为此，纳吉派出了以国防部长马勒特尔为首的4人代表团前往苏军总司令部。纳吉希望此举能获得成功。然而，纳吉做梦也不会想到，苏联人逮捕了他的4名代表。不仅如此，安德罗波夫还把卡达尔“请”到了苏联大使馆，向他施加压力，劝他离开纳吉政府，在苏联的支持下组织一个新政府。他告诉卡达尔，马勒特尔将军和他的政府代表团已被诱捕，匈牙利抵抗力量的军事首领们已被解决。在安德罗波夫的再三劝告下，卡达尔终于同意了安德罗波夫的“建议”。
11月4日凌晨3时，苏军坦攻入了布达佩斯。凌晨6时，广播里播送了成立以卡达尔-亚什为首的“匈牙利工农革命政府”的消息。同时还播送了这个新政府的革命纲领，即保卫民族独立，捍卫社会主义制度，恢复法律秩序和安宁，保持同各社会主义国家的友好关系。新政府还宣布，匈牙利已经向苏联政府提出，请求苏联红军部队帮助“恢复国内秩序”。
早8时半左右，苏军坦克包围了议会大厦。纳吉和一些政府官员此时已撤离了议会大厦。苏军很快就占领了这里。但是在市区和城郊的一些地方，匈牙利人仍在和苏军进行战斗。大规模的武装冲突一直持续了两天两夜。为了抗亿苏军的入侵，匈牙利各级“工人委员会”在全国范围内宣布了总罢工，并宣称总罢工将持续到苏军完全撤走为止。前匈牙利国防军将军基拉伊还组织了一支暴动队伍同苏军进行全面抵抗，但终因力量悬殊而遭失败。经过近两个星期的血腥战斗，匈牙利有2万多人丧生，15万人被迫逃离了匈牙利，沦为难民。除此之外，还有成千上万参加暴动的青年工人和学生被押上火车，强迫运送到苏联各地的“劳动营”和西伯利亚森林充当苦力。
1957年1月1日至4日，苏联、罗马尼亚、捷克斯洛伐克、保加利亚和匈牙利5国党在布达佩斯召开会议。赫鲁晓夫和马林科夫代表苏联共产党参加了这次会议。在会上，他们讨论了纳吉的问题。紧接着，1月6日，匈牙利社会主义工人党发表了一份公报。公报宣称：“纳吉及其政府的背叛，为匈牙利的法西斯反革命开辟了道路。”
随后，纳吉被称为“社会主义的叛徒”和“西方帝国主义的走卒”。与此同时，工农革命政府宣布在暴动期间所成立的一切工人委员会、民族委员会和“革命委员会”等组织均为非法组织，勒令限期取缔。紧接着，一场大逮捕席卷了整个匈牙利。仅在1957年1月19日这一夜之间，布达佩斯市就有2000多人被逮捕，并且在当天夜里，大部分人被集体枪决。1957年12月，纳吉等人被秘密押回匈牙利布达佩斯福乌察国家监狱，等待接受审判。
1958年2月6日，布达佩斯“人民法庭”在绝密的情况下对纳吉等人进行了第一次审判。6月15日，秘密法庭在绝密的状况下对纳吉等人进行了判决：纳吉被判处死刑。同时被宣判死刑的还有：前国防部长帕尔和记者米克洛什等人。纳吉在被关押期间拒不承认卡达尔政府。临刑前他说：“在多瑙河的河谷，我曾在1953年和1956年两次试图挽救社会主义的荣誉，拉科西和俄国人都阻止了我。如果现在需要用我的生命来证实共产主义者并非是人民的敌人，我情愿做出这一牺牲。”
1958年6月16日早晨6时，纳吉在布达佩斯中央监狱的小拘留所内的院子里，被处以绞刑。临终前，纳吉高呼：“社会主义的、独立的匈牙利万岁！”
这个有着40多年党龄、曾在苏联度过15年光阴、在匈牙利党和政府中身居要职达20多年的国际共产主义工人运动的知名人物，就这样结束了他的生命。他的罪名是“阴谋暴动推翻匈牙利合法制度、叛国投敌、军事哗变”。
直到1989年1月底，匈牙利社会主义工人党中央宣布，1956年事件不是反革命事件，而是一场人民起义。同年5月，匈党中央为纳吉平反，称他“在当时的特殊的环境下，为拯救国家而斗争。”
6月，卡达尔在接受《匈牙利周刊记者采访时表示：“我必须承认，纳吉及其周围的人不想搞反革命。”
波兹南和布达佩斯的流血，皆因对斯大林及其遗产的谴责而发生的。而始作俑者正是后来对波兰党独立处理本国事务横加指责并亲手扼杀纳吉“异端”的赫鲁晓夫本人。他没有想到他的“非斯大林化”给东欧带来了思想解放的暖流。但是，他害怕由此在东欧国家中出现的独立倾向。于是，东欧还没来得及解冻，西伯利亚的寒流便匆匆袭来。然而，原来的冰层毕竟已经裂开了一道缝儿，这是法弥合的空隙。