清真寺事件后，平叛指挥部发布戒严令，迪化全城戒严，军队以维族人准备暴乱为名开进维族聚居区，将维族区全部封锁，然后挨家挨户搜查，朱绍良将迪化城内的所有少数民族上层人士，官员学者宗教界人士，全部召集到省政府，要求他们公开声明支持政府，反对叛乱，维护国家统一。
“诸位，从前清以来，新疆便是中国的领土，清末时期，我们便共同反对俄国对新疆的侵略，我们一起打败了俄国侵略者，今天伊犁地区的叛乱者，勾结苏俄，企图将新疆并入苏俄，对这个企图，中国政府和中国人民决不答应，我们一定会击败他们，平定叛乱。”
白崇禧接着站起来宣布：“国民政府决定，在新疆施行高度的民族自治，新疆将组建由各民族人民参与的省政府，各民族宗教信仰自由，中央决定大力加强对新疆的教育医疗投入，每年从新疆选拨五百名以上的少数民族青年到内地大学学习，学费由中央政府出资。”
在伊犁解围失败后，国民政府决定采取军政双管齐下，在政治上，对新疆少数民族作出部分让步，提出了总共五条建议：
首先，吸收新疆少数民族中的亲政府人士加入政府，组建新疆联合政府，在政府中民政厅长或秘书长必定有一位是少数民族人士；
其次，在各地区建立参政会，吸收各地少数民族中开明人士进入参政会，担任参政员，帮助政府管理社会。
第三，在新疆实行宗教自由，尊重各民族的宗教信仰；
第四，经济上要大力发展新疆经济，改善新疆各民族民生，这一条下面又分三条，一是减轻新疆徭役，实行减税；二是在战争结束后，中央政府每年向新疆投资最少两千万法币；第三是加强新疆的交通建设，将迪兰铁路修到西安，与陇海铁路相连，加强新疆的公路建设。
第五，大力发展新疆教育，在新疆各县办公立中小学校，在迪化办新疆民族大学，每年政府资助至少五百名少数民族学生到内地大学学习。
白崇禧很有信心，在外有军队，内有糖果的情况下，不愁这些人不就范，果然，经过短暂的沉默后，这些人纷纷站起来表示，支持国民政府的政策，反对叛乱分子分裂祖国的行动，宗教界人士拿出古兰经，所有人手按古兰经起誓，绝不与叛军合作。
当新疆报纸将这些人的誓词刊载出来后，密布维族区的军队撤离了，不过迪化城内依旧保持戒严姿态，军队有权随时查证行人的证件，所有人开始登记身份证明。
在新疆推行重庆式的社会控制有一定难度，少数民族以游牧为主，少有定居的，现阶段只能在城市中推行。
内部的事情处理了后，白崇禧开始将注意力转到玛纳斯河战线和省军，他分析过上次解围战役失败的原因，其中很大原因是，省军的混乱。
盛世才被调离新疆后，省军便处于群龙无首的状态，驻扎在各地的省军，从将领到士兵都人心惶惶，不知前途在那，士气低落；而从外地调到新疆的部队，则两眼一抹黑，不清楚地形，不清楚当地情况，增援部队在翻越天山时，甚至迷路了，后勤部队甚至将弹药粮食送到了叛军的营地。
白崇禧没有命令省军将领到迪化开会，而是下令对在南疆平叛中立下功勋的省军新编骑兵第2师，骑兵第12师将领宛凌云、张希汉进行嘉奖，授予俩人青天白日勋章，宣布将两个师扩编为乙种师，同时命令他们上报两师在南疆立功的部下，以便平叛指挥部上报嘉奖。
通令嘉奖玛纳斯河前线的省军暂编第三师师长汤执权，奖赏暂编第三师全师十万元。通令嘉奖固守阿克苏的136师，授予平定南疆的二十四军军长刘文辉，137师师长唐亮青天白日勋章，奖赏二十四军全军三十万法币。
白崇禧一改刚到迪化时的低姿态，雷厉风行的推行了几大措施，叛军立刻感到压力倍增，莫斯科迅速与重庆联系，要求潘友新立刻与国民政府交涉，表达苏俄政府对新疆事态的关注，要求中国在处理新疆事变中采取谨慎措施。
王宠惠放下潘友新交过来的备忘录，眼中滑过一丝嘲讽，然后平静的将备忘录推到潘友新面前：“我国政府不能接受这份备忘录，新疆叛乱是我国内政，如何平定是我国政府的事，与贵国政府无关。”
“新疆与我国有漫长的边境线，我国与新疆有长期的历史关系，所以我国非常关心新疆局势，对新疆目前初现的情况非常关心，我们希望贵国政府在解决新疆事变中采取谨慎态度，这关系到我国与贵国的友好关系。”潘友新语含威胁的盯着王宠惠。
王宠惠冷笑两声，站起来走到潘友新身边，拿起桌上那份备忘录：“我担任国民政府外交部长前后两次，总共有十多年时间了，象这样的话已经听过很多了，从1931年到1937年，日本人曾经说过很多次，1940年西藏发生事端时，英国人也曾经这样说过，今天我又听到了。”
“贵我两国友好关系？真是笑话，贵我两国有友好关系吗？新疆叛乱难道不是贵国在背后指使？列昂诺夫这个名字你知道吗？贵国内政部少校，他的特遣队在四天以前在哈密地区被我军歼灭，列昂诺夫已经被俘。”
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“新疆叛军中有多少是贵国内务部军人？有多少是蒙古军人？你心里比我清楚。”王宠惠心中非常畅快，作为外交人员，他很清楚苏俄这个举动中包含的含义。
潘友新也冷笑两声，他同样站起来，面对王宠惠：“部长先生，从抗战之初到现在，我们对贵国进行了大量物资和人员支持，苏联飞行员曾经为保卫贵国流尽了最后一滴血。”
“是的，这点我国上下非常感激，也铭刻于心！”王宠惠没有回避也没有退让，他迎着潘友新的目光坚决的说道：“所以我国政府在贵国最困难的时候，不顾我们自己的困难，在日军侵略贵国时，向日军发起进攻，不惜将日军吸引到我国战场。可现在呢？贵国都作了什么？”
“大使先生，贵我两国曾经有过非常愉快的合作，为什么我们不能继续保持这种合作关系呢？”王宠惠轻轻叹口气：“新疆是我们的领土，我们不能以国家主权或其他任何与主权相关的东西来交换，这些东西不容谈判。”