国民政府成立之后，熊克武也进入了军事委员会，成为军事委员会委员，可他却心事不宁，最近报上关于国民党四川失败的分析讨论已经越来越激烈，结论也越发明确。面对这样的结论，熊克武却无法分辩，因为分辩就必然要指责孙中山，而指责孙中山又反过来坐实了军阀之名。如果沙基枪响之前他还能找到一点办法的话，沙基之后，军心民气都在国民政府一边，他彻夜难眠，不知道该如何化解目前的局面。他隐隐感到川军整编已成大势所趋。
沙基反击，尽管知道内情的高级将领知道这是党军中的几个下级军官的擅自行动，可宣传口径上却统一为党军，因此作为党军司令的蒋介石在国人眼中几成民族英雄，并成功超越前上司许崇智，成为在新一届军事委员会中与汪精卫和谭延恺并列的三个常务委员，直接参与了沙基的喻培棣却湮没无名，对这种情况熊克武却无法指责。
沙基之后喻培棣向他报告过当时的情况，他认为英国人肯定要报复，因此指示喻培棣不要声张，没成想沙基反击在全国引起如此大的反响，抵抗的党军成为国民心中军队的楷模。要是当初挂上川军，对他摆脱目前窘境将产生莫大帮助。
国民政府成立之后，报上炒作的英国威胁越来越大，为此蒋介石连续提出两道议案，整顿财政、整顿军队；这两条议案立刻在政府和军队内掀起轩然大波。
整顿财政的核心是全省财政权收归国民政府，各军不再管收税，各军军饷由国民政府发放。各军对这个议案态度不一，税收少的谭延恺、朱培德、熊克武都表示赞成，李福林、李济深税收稍微多些，还在犹豫。许崇智税收最多，坚决反对。
整顿军队的核心在于点编人枪，按照苏俄方式建军。军队将领对此将信将疑，在会上均不表态支持，甚至连谭延恺也默不作声。任凭军委会主席汪精卫和廖仲恺口水说干，会场依然沉默。
会后汪精卫、蒋介石请熊克武到汪精卫的办公室谈话，熊克武知道决定川军命运或者决定他本人命运的时刻来到了。
“锦公，你是同盟会和国民党的老同志了，我们希望您能带头，支持整军方案。”在汪精卫的办公室里蒋介石开门见山的对熊克武说。
“介石你没看见报上怎么说的，我可是军阀。”尽管熊克武心里有了准备，可他仍然忍不住发牢骚。
“我看了最近的报纸，有些说法确实过火。”汪精卫笑着从白斯同的手里结果茶杯，放在熊克武的面前，然后挥手让白斯同出去。
“过火？那是问罪。”熊克武没好气的说，不过他还不清楚他们究竟要自己作什么，如果自己拒绝的话，他们会把自己怎么样。
“锦公，您就不要与这些小孩子怄气了，别人不清楚当年的事，我们还是清楚的。”汪精卫这话差点让熊克武落泪。
“当年的事情能全怪我吗？况且四川失败也是在与总理和解之后发生的，总理也应该承担一半责任。”熊克武负气说道。
“过去的就让他过去吧，锦公能来广东说明锦公还是心向革命的。”汪精卫避开对当年事情的追究，把话题拉回到今天谈话的主要目的。
“对，兆铭说得不错，过去的就让他过去，我们还是谈谈整军的事情吧。”蒋介石也说道。
熊克武平复心境，淡淡的说：“二位是国民政府和军事委员的主要领导，你们有什么想法就说吧。”
“还是那句话，希望锦公能带头整军。”蒋介石说
“带头？我怎么带头？”熊克武明知故问。
“我们希望你能在会上表态支持整军，并首先整顿川军。”蒋介石说。
“看来你们还是信不过我熊克武。”熊克武哀叹一声：“汪主席，如果我不同意呢？”
“那么我们就另找别人。”蒋介石抢在汪精卫前面说道，汪精卫则一言不发，只是平静的看着熊克武。
“为什么要先整顿川军？”熊克武冷冷的问。
“选择川军是因为川军人数众多，影响大，川军整编成功，给各军树立典范。接下来就是滇军、湘军和福军，最后是粤军。”蒋介石解释道。
“我不同意你会找谁呢？”熊克武神情冷漠。
“如果这样那就太遗憾了，我只有找朱培德将军或者谭延恺将军要不然就是李济深将军谈谈，看看他们愿不愿意首先整编。不过军队必须进行整编。”蒋介石的话里没有丝毫威胁，但熊克武心中却阵阵发冷，川军现在驻扎在清远和清新，正处于谭延恺、朱培德、李济深和广州城的包围之中。
“你们整编军队总要有个具体方案吧，我想知道具体方案是什么？”熊克武想想后问。
“嗯，当然有，你看看吧。”汪精卫从抽屉里拿出一份文件递给熊克武。当决定摊牌后，庄继华奉命起草了整编方案，经过与蒋介石、廖仲恺、周主任的讨论修改，昨天才交给汪精卫。
整编计划还是按照庄继华的思想整编，军官调换的方式进行。主要是熊克武等高级军官必须离开部队，军队中只留下喻培棣。熊克武出任即将组建的国防部副部长，但懋辛出任副总参谋长，张冲、龙光将分别在国防部和总参谋部担任参议。余际唐、汤子模也分别任用。
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其他中级军官进入黄埔高级指挥队学习，低级军官则分批入校随三期学员学习。士兵汰弱留强，被整编出军队的也不遣散，统一编为工程部队，军饷与以前相同，全军按照苏俄方式组建为八到十个团总人数12000-14000人。
熊克武看后愣了半响，“真毒呀”，按照这个计划，熊克武以后要想掌握川军就不可能了。
“其他部队也按照这种方式整编？”熊克武问。
“大致是这样，不过也会有小的差别，毕竟部队不同，情况也不同。”这份计划是专门针对川军的，当然不可能在其他部队上实行。
熊克武艰难的张张嘴，可他就是说不出同意这两个字，从反袁到护法，自己在这支部队上花了多少心血，如今都付诸东流，为他人作嫁衣裳了。一股苦涩油然而生。
“锦公，我知道你为这支部队呕心沥血，可是认真想想，当初锦公抛头颅洒热血，推翻满清是为了什么？还不是为这个国家吗？当年命都能舍，今天还有什么放不下的？”汪精卫心有不忍的劝解道。
“可你们这是要把我们川籍将领全数赶出军中。”熊克武沙哑着嗓子说。
蒋介石和汪精卫谁都没有说话，这个计划的目的确实如此。