寺院经济从六世纪始，至十世纪兴盛，在这个过程中离不开皇室的扶持、贵族豪强的支持、平民百姓的大范围参与，特别是朝廷一系列兴教政策更是起到了保驾护航的作用。
引进佛教，其根本用意即是加强朝廷的统治，宗旨是将其培养为“护国佛教“，日本初期的建立统一时期，佛教通过文化的传播、寺院的建造、信徒的广布，在政治文化甚至经济发展上确实起到了治国平天下的作用，助推了封建化进程。
当时皇族大多是佛教信徒，奈良时代的圣武天皇笃信佛教，他创建国分寺，并授予国分寺以土地和人民“充其供养“，他督造东大寺，建成后施给封户五千人，水田一万町，从而在政治上提高了寺院的地位。
公元749年，正值盛年时就退位真正皈依佛教，并在3年后亲自举行了东大寺大佛的开眼法要的法事，东大寺成为“万寺之宗“。
天皇的身体力行，带动了整个皇族对佛教的信奉，朝廷通过施舍和赏赐，不但提高了佛教的政治地位，还让寺院得到了大量的土地和人口，寺院经济得以快速发展。
公元646年，开启大化革新，实行班田制和租庸调制，标志日本从奴隶社会步入封建社会，当时国家兴寺，并给予寺院大量封户和土地，寺院经济开始发展。
其后由于政府奖励垦荒，寺院役使大批奴婢和封户进行大量垦荒，并开始兼并土地，到八世纪形成了以垦田为中心的封建庄园，当时的寺院已获得“免课役“特权，可以自由支配土地和产品。
702年，朝廷颁布法令，佛教与日本本土神教可以平均使用土地的标准，使得佛教与日本原始的宗教地位相当，佛教势力向前发展一步。
723年颁布“三世一身法“以及其后颁布的《垦田永世私有令》，致使寺院土地规模日益发展，749年规定各寺院垦田数在500至4000之间，致使未达到的寺院大规模开垦，已达到的也以未足量的理由四处兼并，寺院土地所有制经济开始发展壮大。
上至中央，下至地方的各家贵族和豪强也多以皇室习俗为标准，信奉佛教。他们纷纷赠田给寺院，以求得个人的来世福报或者是社会中的名誉。
特别是僧官制度在全日本的确立和推行，僧侣已经获得与政府官员相对应的官位等级，僧侣以贵族身份可以获取位田、职田以及奴婢，从政治上确保了僧侣的地位和权力，世俗贵族也可以担任僧官，佛教得到了贵族的大力拥护。
同时，为了确保庄园、财产免遭官府干预，地方豪强纷纷入寄财产给寺院，寻求庇护，寺院纳入账册后又将这些土地交给他们管理，到九世纪，寺院就已拥有广大土地，寺院经济更加强大。
许多小地主和平民百姓为躲避徭役和免除赋税，把土地交给寺院，自己仅领部分土地作为“封土“。大量的佛经需要招募人员进行抄写，庙宇的兴建需要大量的工匠，这些给平民百姓创造了就业机会。
佛经教义使得百姓心灵得到抚慰，民众从最初的被动接受，到主动地自发地信奉佛教，民众的支持和参与使得佛教更广泛地扎根在日本社会，随之而来的是日本寺院经济也更加繁荣昌盛。
进入室町时代和江户时代后，随着诸侯割据的战国时代的到来，佛教也避免不了地多次卷入武装斗争，并且出现各宗派蓄养武士团体进行对抗和打击不同思想的异己宗派现象，兴盛一时的中央集权封建制的佛教开始分裂异化、步入下坡，寺院经济当然也随着佛教的没落而日渐衰落。
德川幕府时期，在德川家族推崇佛教削弱皇权的形势主导下，形成了皇室和幕府对佛教的分权而治。
全国80%的人口信奉佛教，寺院占有广大的土地和大量的人口，特别是不用负担赋税，这些与当时的中央政权对土地和税收的需求的矛盾越来越大，依附于德川家族的高级僧官甚至干预朝政，佛教不再是皇室的助力反而成为一种潜在的威胁。
从桓武天皇将首都迁至平安京并禁止奈良大寺随同迁移时起，日本皇室开始了对佛教的整顿，不再放权由寺院单独对僧尼受度，而是要由政府“重给公验“，政府开始控制僧尼的增长总数。
同时，皇室开始培养天台宗、真言宗作为新兴的护国佛教，极大削弱了当时以奈良六宗为首的主流佛教的社会地位，打压当时一家独大的佛教。佛教从开始的国家性慢慢向民间性转化，佛教地位的下降也导致寺院经济开始出现衰落。
从飞鸟时代至奈良时代直至幕府时期，上层的支持和过度放权，导致佛教上层思想退化，僧侣醉心于当官和营造华丽的寺院，不再修持戒律，至平安末期上层僧官职位完全被贵族垄断，此时为保护寺院财产还出现了“僧兵“。
这些僧兵多为逃税而出家的农民、流民，素质低下，佛教丧失了严肃性。而此时的众多僧尼更因生活的富足而饱暖思**，或勾结贵族豪强牟取私利，或打击平民获得土地，僧人的乱入和寺院经济的霸横极大地扰乱了社会和经济秩序。
日本寺院经济甚至演变成一种家族经济产业，佛教的腐败堕落打破了人们心中的幻想和崇敬。1872年，结束了幕府统治的明治政府为打击佛教而颁布了《肉食妻带解禁令》，规定“僧人今后无论蓄发、娶妻、生子、食酒肉，皆听从自便“，甚至寺院财产还可以继承。
这一命令，破除了僧人素食的传统，为增加人口而强令僧人结婚生子，佛陀的戒律破坏殆尽，让僧尼完全世俗化，彻底剥去了佛教神圣的外衣，百姓纷纷不再信奉佛教。这些因素导致了佛教离心离德，寺院经济也陷入了困境。
神道是日本传统民族宗教，主要表现为自然崇拜、祖先崇拜、天皇崇拜等，神道自佛教引入到确立为国教就一直屈服于佛教之下，为打压佛教，在幕府时期皇室已开始扶持神道与之抗衡。