蒙军这次为了灭国而来，先逐步清除灵州和中兴府四周诸城，他们分兵先破盐州（定边）然后开始屠杀。
“以大兵久驻盐川州，四面搜杀遗民。民至穿凿土石避之，免者百无一二。白骨蔽野，数千里几成赤地（《西夏书事·卷四十二》）。”
这段话说：蒙古人攻克了陕西定边之后，先屠城，接着还派出军队到乡间去搜杀百姓。百姓被迫挖洞躲藏，一百个人里只有一两个能够活下来。整个定边地区白骨蔽野，几乎全都变成了一片荒地。
十一月中旬，蒙军开始攻打灵州。
原历史上，李睍集合了西夏举国之兵，号称三十万（实际应该没这么多，因为中兴府最后投降时，全城也就二十万人左右。）在老将嵬名令公的带领下在灵州城外和蒙军决死，据说西夏国内，所有能拿刀枪的都上阵了，基本是小到十四五岁，老到四五十岁，举国抗敌。
波斯史学家拉施德记述说：战斗之激烈，是蒙古人作战史上少见的。
而且因为出城野战，最后惨败，败兵来不及进城，灵州被蒙军攻克，至此，整个西夏就余下首都中兴府一座孤城。
同样，因为历史改变，李睍采取宋使建议，避免与蒙军野战，分兵死守灵州和中兴府。
这个小小的改变，让蒙古人吃尽了苦头。
原本蒙军轻易在野外打败西夏军，然后占据灵州，接着军中暴发瘟疫，是耶律楚材在灵州中收集了中药，最后救治了上万名蒙军。
当时蒙军进城后，到处搜抢金银珠宝和女人，只有耶律楚材在找中药和书籍，让很多人耻笑，后来才知道耶律楚材的先见之明。
接着蒙军围攻中兴府超过大半年，才逼降西夏。
而这次，因为西夏军放弃野战，据城死守，仅灵州城就让蒙军久攻不破。
十二月，军中突起瘟疫，蒙军上万人病倒，四杰之一的博尔术病死在军中，让成吉思汗痛失心腹大将。
耶律楚材立刻派人前往西凉府寻求中药，等回来时，蒙军已经死亡数千，比这么多天攻城死的人还多，成吉思汗越发的愤怒，心中下定决心，破城之后，定要屠灭灵州。
时间很快进入宝庆三年元月。
蒙军围攻灵州数月未果，伤亡惨重，军中多有怨言。
所以只要避免和蒙军野战，一般的大城，蒙军很难攻破。
中兴府在历史上就没有被攻破，坚守大半年后，只是最后弹尽粮绝，被逼投降。
进入到宝庆三年（1227年）的春天，原本蒙军已经攻克灵州，正在围攻中兴府，成吉思汗留窝阔台和拖雷等继续围攻中兴府，他亲率兵马渡黄河，攻积石州，进入金境。二月，破临洮府。三月，破洮、河、西宁三州，在凤翔以西到处掠夺，攻击金兵。
但这次灵州都没有被攻破，成吉思汗原本还打算到临兆境内看看凤翔宋军，都没有空。
蒙军继续围攻灵州，但军中已经有退兵的心思。
灵州久攻不破，还起了瘟疫，虽然被压制，但蒙军损失惨重，比历史上损失的人马还多。
但蒙军也有办法，三月，成吉思汗从西凉府招来投降西夏军。
让西夏军在灵州城西面攻城，号召他们一边往前，一面招降城上西夏军，敢后退则，全部射杀。
同时将西凉府西夏百姓也驱赶过来，专门帮忙攻城，驱百姓在前。
灵州夏军看到自己百姓在前，军心闪动。
又有自己人攻城，心神震荡。
三月底，灵州坚守了四个月后终于被破。
但攻打灵州，蒙军比历史上还多死了数千人马。
成吉思汗屠尽灵州城近二十万军民泻恨，率蒙军团团包围中兴府。
西夏继续死守。
四月贤相高良惠带病指挥守城，积劳而死。
五月，成吉思汗自隆德州至六盘山避暑，同时派遣使者察罕去中兴府劝降，被拒。
五月中旬，成吉思汗骑着一匹高大的白马，正漫步在六盘山附近。
这匹白马还是西凉府投降后献上的千里马，非常雄武，成吉思汗一眼就喜欢上了。
原本的历史上，他也是这个时候到六盘山避暑。
但那会他是亲率兵马，横扫金境之后，占据了这里。
这次因为知道宋人已坚壁清野，而攻打灵州又多耗了时间，成吉思汗也没带兵在四周横扫，直接就进来了。
进来之后，成吉思汗也是满脸黑线。
从隆德州到六盘山，一路上都看不到什么人烟，宋人坚壁清野之招，让成吉思汗也看了头痛。
“宋人几时攻取的凤翔？”成吉思汗这时边走边问身边拖雷。
这次进来避暑，除了耶律楚材，他只带了最喜欢的四子拖雷，这又让窝阔台忌恨无比。
拖雷小心翼翼的上前，沉声道：“两年前（宝庆元年）元月宋人皇帝兵变夺权，六月就攻取了凤翔。”
成吉思汗脸色不变，想了想：“依长胡子言，临安到四川通信都要两个月，如何会这么快？”
耶律楚材立刻道：“赵与芮夺权后，立刻调崔与之到四川来，当时崔与之还在广州。”