在李幼滋这个工部尚书积极负责官邸的设计与建造期间，少师兼五军都督府知枢密院事方逢时也已完成了对枢密院的组建工作，初步订立了枢密院与兵部各自在军事上的分工，也建立了初步的枢密院相应政务的运行制度。
本来是在兵部下辖兵政院进行学习的原贵州巡抚江一麟、云南左布政使金学曾、安庆知府叶梦熊等，直接就因此被方逢时奏请得皇帝同意而提前毕业，直接到枢密院任职；
而且，本是在后军都督府任佥书负责训练兵车营与在京卫武学负责训练武将的俞大猷，也被方逢时奏请得皇帝同意，以枢密副使的身份在枢密院任职；
另外，方逢时还从兵部抽调了一些人，以此，组建起了枢密院的基本框架。
因为枢密院是五军都督府下辖掌军机之处，故而方逢时就以此为由，吸纳了武将俞大猷进入枢密院体系，参与武臣铨叙。
而方逢时让俞大猷进入枢密院，既是因为他同张居正一样重视武将，也因为他知道俞大猷在浙江打过仗，还任过浙江总兵官，而有意借助俞大猷对浙江武臣体系的了解，尽快达到在浙江抓走一大批因是江南豪绅家奴背景的武臣后，能迅速起用一批武将而填充浙江整个武臣体系的目的。
与戚继光不同，俞大猷不善于与文臣打交道，所以导致他屡次在仕途上受挫，也就使得他的许多旧部也因他的境遇不好而多被革职。
如今方逢时则有意让俞大猷有荐举自己旧部被重新起用的机会。
在方逢时看来，俞大猷是清廉忠直的，那其旧部也应该差不了多少。
俞大猷自然也愿意拉自己旧部一把，便遵从了方逢时的钧示，举荐了自己不少可靠的旧部去浙江充任空缺下来的武臣官，乃至在西南的一些处于空缺状态的武臣位置。
如此一来，因为江南豪绅拉拢张党内部一些贪官污吏，导致浙江和西南地区的许多武臣位置被安插了许多他们的人后，而被朝廷进行清理一空，造成的地方许多武臣位置空缺的问题，被迅速得到了解决。
可以说，江南豪绅们在浙江与西南安插的武臣在很短时间内就被全部更换。
暗中企图破坏新政的江南豪绅们，算盘算是竹篮打水一场空。
甚至新政还因此得到进一步展开的机会。
比如官邸制度的确立，与武官铨叙和军机归五军都督府的事。
方逢时现在就因为，原先只由兵部独自承担的各类兵政，改由枢密院与兵部分别承担，而不用再既负责全国军事战略总指挥，又负责武臣人事任命，乃至管理兵马钱粮数目统计以及京营戎政管理等诸多事务，而大大减少了工作量。
虽然，这样也导致兵部尚书这个官位的权力缩水许多，但也因此让他这个边臣出身的大员，在新的兵部尚书梁梦龙到任后，而可以卸下在兵部的职务，只专心负责全国军事战略指挥与武官铨叙上的事，而能有足够的精力，来做些自己想做而一直没有时间做的事。
比如制定出今后很长一段时间内的军事战略。
作为一个在广东和江西平定过农民起义，在大同和辽东任过巡抚，又总督过宣府、大同、山西山边的边臣。
方逢时一直都对大明将来的军事布局有自己的一番设想，且也在与张居正的私信中不止一次的提到过，而张居正也正因为此，才在谭纶去后，举荐他任本兵。
“枢密院刚刚设立，武臣铨叙之事也基本完成，现在就只有还一件事未做，便是布局接下来整个国朝的戎政方略！”
“西北要不要收复河套；西南改土归流一旦引发大的战事会是哪几个土司引发，朝廷当怎么未雨绸缪；辽东的女真之患会不会死灰复燃，当如何尽弭辽东女真之患？”
方逢时说着就看向俞大猷、江一麟、金学曾等人：
“诸位且议议吧，议出个结果来，就以枢密院名义上一份题本给陛下，向陛下奏明枢密院关于接下来国朝戎政之方略布局的建言，而请圣裁。”
“凡事预则立不预则废。”
“国朝自五军都督府之军议权为兵部所夺后，兵部就因诸事冗杂且疲于应付各类钱粮不足之事而无暇议定戎政方略，致使很多兵事突然发生时而无准备之策，如庚戌之变与倭乱发生时，一开始兵部就很无措！毫无准备之方略！”
“如今，枢密院既然设立，就得弥补这一弊病，为天下戎政先提出方略，以作为督抚处理边事之纲。”