其二，则是瀛洲王朝南王国的官制改革，新朝廷将会直接来自于殖民司，殖民司摇身一变成为金门朝廷；殖民司各科官吏将成为新朝廷的五部，再额外设立三院和外务部，组建出新的六部三院制度。
至于地方区划，郑克殷认为目前扶桑辖地狭小，未至设立行省或布政司辖地之时，因而会先设府、州。
其中州乃是当前最小的行政区划单位，以其主城为中心，统治包括主城、城郊、农村、山林河泽在内的一定范围；
州城之外的农村地带设坊，延续明郑的一向政策；
州城与各坊内部设里，前者的里为城区，后者的里为里村；
至于金京所在的州，其知州称尹，金京的州辖地也直接称为金京尹；
除金京以外的五城五州，即使按目前的规模也已经可以开始设省与州之间的行政单位“府”了：
其中圭谷、合儒、鹰阳三州（尽管鹰阳目前未正式设州）建青丘府，以合儒城为治所；
橡阳、雄卢二州（尽管皆未正式设州）及合儒以北的整个湾东平原，加上句芒山东岭及其以西直至海湾的部分，建句芒府，暂以雄卢城为治所；
原澳龙人南方二部一社（即虎蒙大士部[原牧村]、合江部[原林善]与茶龙社）加上山倭人之地，尽管目前没有正式的城市，仅有一片不太成型的会盟地君岳，但仍建南龙府。
如此一来，瀛洲南国便先从统领三府一尹之地开始。
甚至三府的知府，郑克殷都已经有想法了：蔡汉襄领青丘知府，李茂领句芒知府，卫思蜀或陈赖章领南龙知府。当然具体的任命，仍需先与这些人交流再决定。
除行政改革外，郑克殷也在着手展开军制改革。
尤其是在这场战争之中他亲眼看到南北两军军制混乱，来源多样，职业老兵、操练过的征召兵、未操练过的临时征召兵、雇佣兵鱼龙混杂，对于新王国而言，自是需要好好地捋一捋的。
其中北军以所谓的“金门五镇”为主，而实际上“镇”这个单位相当于现代的“师”，本应统领数万大军；大概是神州东渡之后兵力匮乏，但出于维持军威的考虑，冯、刘一派并不去“镇”号（按其兵力应称标或营），仍将这五干老兵的编制称为镇。
而南军名义上的正式番号乃是“殖民司司兵”，通常简称司兵或司军，内部又在各次具体的军事行动中分出营、哨，比如青丘营、猛鹰哨、西征哨、青丘标等等，层级不一，实际上也有些混乱。
单独行动的黎明之盟的番兵没有正式番号，内陆苗国人雇佣兵也同样如此。
当然随着内战结束，征召兵将可以解甲归田，这数干汉人和黎明之盟的番人原非军人，便也可以不需要再给他们正式的编制与番号。
那么瀛洲南国的常备职业部队，主要来源便仍是殖民司的老司兵，以及愿意不前往鹰阳种地享天伦之乐而是留在金京效力新王的金门五镇老兵，郑克殷预估加起来总计在两干人左右。其中约有一干六百明人以及三四百澳龙人与苗国人。
对于总人口将达到十三万的瀛洲王朝来说，这个比例（约占总人口1.5%）的常备职业部队还是养得起的。
听完所有的这些详细的规划，蔡机功也不禁感慨道：“没想到大人已经想得如此完善。我越来越相信，你必会是扶桑大地的明主，能于瀛洲再造中华的真正英雄！”