军事行动以俄罗斯人的那个军团为中坚，以小玉兹的军队为主力，首先是攻向东部各哈萨克人的区域。
小玉兹的突然行动在开始时取得了很大成功，许多哈萨克的人牛羊被抢。中玉兹挡不住，大玉兹各部也处于崩溃的边缘。
在是否攻打伊犁城时，俄罗斯军人与哈萨克人出现了小分歧，哈萨克人认为那是大明汉人守卫的城市，哈萨克只打哈萨克人的区域，俄罗斯军人则想打击大明，或给大明制造麻烦。
在伊犁的孙传庭，由于受到突然打击，先以重兵守城堡，边准物资，一边准备反攻，并将情况向朝庭汇报。
大明朝庭得到消息后，一面向孙传庭增加力量，一面调在天山南疆安西省的李信所部大军增援孙传庭，调李定国军进入安西省，东塔省是内陆地区，由别人接管。
孙传庭用几万优势兵力，在有利地形下，打败了俄罗斯军人的军团，虽然没有完全成围歼，但俄罗斯军人也失去了大量武器装备和马匹，没有了再战之力。孙传庭在得到李信的援兵之后，两军一南一北向西横扫，平定哈萨克区域的混乱和残余军事力量，在哈萨克区域也建立大明秩序下的治安。
大明朝庭对来自西部的进攻很警惕，当年南宋军队在襄阳和四川守了四十年，蒙古军队灭了大理政权后，通过大理，攻击南宋的后方，动摇了南宋的整个防线，南宋也因此而亡。
现在也要避免出现专心守北部防线，南部防线出现漏洞的现象，孙传庭和李信大军向西推进就是要建立南部防线，既然哈萨克被卷入大战，那就以小玉兹的边界为防守线。
大明朝庭，为了加强新的地区管理，将新的地区暂定为新疆省。
新疆省实际上有三个地区，即北边的原中玉兹汗国，西部的原小玉兹汗国，南部区域。
南部区域，是土库曼人为主的区域，当时土库曼人的政权已衰落，处于受哈萨克人控制的混乱状态。按后来的历史，希瓦汗国统治了一段时间，波斯国统治了一段时间，自己独立了一段时间，并入俄罗斯国一段时间。
希瓦汗国当时已缩小到咸海南部的一小国的区域，原先有过很大的区域，后来占领了土库曼人的区域也就成较大，但当时却很小，大明的势力进入了土库曼，就是不允许希瓦汗国再占领土库曼，也不会允许任何国家占领土库曼。
当时南部的国家有希瓦汗国和布哈拉汗国，两汗国都在发现了大明的军力之后表示愿归顺大明，成为蕃属国，大明对蕃属的要求是放弃征战和扩张土地政策，全力发展社会，改善生活。
布哈拉汗国中是打败了帖木儿帝国后兴起的汗国，到大明军队来到时也已处于衰落状态，不复当年的强大。布哈拉汗国后来还分列出几个国家，浩罕国就是从其中分列出来的。大明的来到也将维护其稳定，帮助其解决社会问题，不会再让其分列。
李信守卫土库曼人的区域和哈萨克南部靠近里海的区域，在那里建立里海舰队，虽然俄罗斯人要好几十年后，彼得大帝时才能到里海来，但也必须几个先做准备，大明不称霸里海，也不能被任何一国在里海打败。
孙传庭沿小玉兹的旧疆域守卫边界，以陆军为主，在守卫前方边界时，还要维持后方的治安，是守卫新疆最广区域的大吏。
北方，以两河堡附近之在为界，也就是两河汇合处之北的几十公里的韦度之北的区域，为满族人的区域。
鄂毕河北段河流区域由满足族军队守卫，鄂毕河的最下段是一条长海峡，较易守卫。以鄂毕河以东，谦河以西，北韦两河堡之北的区域组成“满州省”。
袁崇涣守卫两河堡，鄂毕河一段，额尔齐斯河一段，再加上托博尔河新疆省以北段，三条河线组成西部防线。西部防线的南部，当时还没有与俄罗斯接壤，但也要先建立，沿河建立防线易守难攻。
鄂毕河北部的经度80度以西的地区，加上鄂毕河南部以西的地区，额尔齐斯河一段的两岸，再加上西部防线以东的地区组成新的“三河省”，由袁崇涣先管理。
“两河省”则剩下东经80度以东，北韦两河堡以南，鄂毕河以东，谦河以西的区域，由张鼎移师过谦河以东管理。两河省计划建设成为西部的军事工业基地，支援西部防线的战争。孙传庭进入新疆省区域，由李自成率队进入伊犁重镇，管理伊犁省。整个西部区域，只等平定准噶尔后，就算清宁了。
16世纪初，