发展生产，保障最基础的口粮，除了兴修水利，组织生产外，整顿史治和清匪反霸也是重要的一环。
封建社会的危机，都可以归结为吏治腐败导致的。明末的吏治已经相当腐败了，前几年花了很大的力气整顿，也只是为全面整顿打了点基础，崇祯七年就全面整顿史治展开工作。
前几年，皇帝与士族的斗争，动摇了士族那天下只是皇帝与士族的天下的观念，也就是说，部分士族或儒士，认为天下万民应该救济，士族应该与天下万民共渡难关，大臣还是应听皇帝的，而不是皇帝必须尊守士族的原则。
明朝中期，大臣限制正德和嘉庆皇帝，是有维护士族原则的一面，也有些人是为了维护儒家原则和朝庭秩序的因素，有部分人是为了封建原则而奉献。
现在的明末，崇祯就是要压制那只为了士族利益的观念，限制士族的利益无端的扩张，迫使士族与天下人共渡难关，或士族少一点争对当时朝庭政策的行动，少一点与朝庭挽救局势做法的对立行为。崇祯就是要集中力量打击最顽固最落后的势力，并希望取得成果。
朝庭争取和团结那些把治理天下当事业的大臣，也支持真正的儒家原则，支持仁义普及天下的原则。朝庭就是要集中全力，渡过灾年。
当时的大明朝庭，也否定了“千里为官只为财”的原则，用“君子爱财，取之有道”的原则取代。
崇祯七年的全面整顿吏治，就是要造成一种大势，让士族中那些拚命捞取个人利益的人有所收敛，表面上做到符合朝庭政策。因为任何时期都有一些极端自私自利的人，想要自私者不捞好处，是不可能的，但抑制其行为，减小其危害则是可行的。抑制自私者行为的重要方法就是发现了贪污和压迫无辜者的行为的官吏一律免职罢官。
整顿吏治就是要吏治逐年好转，配合新礼法的制定的贯彻实施，要造成贪污捞钱的行为象老鼠，到处被查被打。
整顿吏治是有关天下万民安居乐业的大事，吏治基本过关，社会才能基本太平。社会太平了，才能保证更多的人安于生产，缩减从匪的人数，才能有效的实施剿匪策略。
土匪是一个对社会有害无益的职业，也许土匪的出现有预示官府和吏治有不良的一面，但土匪对官府和吏治没有任何作用，整顿吏治还是靠其它方法。
建造一个太平社会，必须剿匪。前几年的剿匪，主要在重要交通线上和重点生产区域，崇祯七年后的剿匪，则对全国大部分地区的匪患，给天下一个基本太平的现象。一些严重匪患区，以后重点进剿。
在大明天下大剿匪之时，两个类似于土匪的区域也到了必须处理的时候了。一个是西北的宁夏和陇上地区，一个是江南。
江南由当地士族把持地方事务，谁也不能插手干涉。
江南的门阀制度，在汉朝时就因离京城较远而开始出现，到三国时的吴国庇护下而形成，其后经东晋和以后的反复发展，特别是蒙古人在元朝的统治，更是公开支大土地大贵族，江南的门阀制度更加深根蒂固。
明朝确立取士制度，江南人的文化风气较浓，考取功名的人较多，江南的士族在原先的门阀基础上，建立了士族把持社会的地方制度，明朝几百年，都没有对江南实行有效统治，很有办法的明太祖，也只是加重赋税，而没有其它方法。
江南地势重要，土地肥沃，是经济发展不可缺少的地方，是当今天下必争之地，对江南实行有效统治就是当今的一个大事。
江南在士族统治下，皇帝的任何政策，都必须经过士族处理后，才能有质扣的执行，魏忠贤也不能插手江南事务。
江南成为了当地士族的天下。土匪抢劫还是公开的抢劫，也自知是处于非法地位，江南士族对当地百姓的抢劫，则是隐形的抢劫，且还在当时朝政中据于合法的地位。
表面上，士族压下了江南的所有矛盾，但实质上，江南百姓的冤屈却数不胜数。海瑞任南直隶巡抚之年，告状求申冤者，络绎不绝，除了少量江南贵族固意请无赖乱告状外，大部分江南人告状是真正有冤屈的。