崇祯认为，面对精锐的女真铁骑，明军一时还很难正面对抗，但对精锐铁骑以外的军队也许可以一战。
东江镇的游击军对女真普通族民、或对非精锐女真军力有许多经验，可以利用起来。因为东江镇也有不与女真人发生战争的实例，毛文龙麾下就是许多女真人。
东江镇也有少量能战的人员，如守旅顺的将领、许多任旅顺守将都守住了旅顺城。还有的是孔有德等人也不错，孔有德等人有缺点，但并不是天生就想反叛，现在毛文龙还在，孔有德等人还是紧跟毛文龙，对孔有德等人也要利用其反后金的一面，抑制其不良的一面。
东江镇的人大都出身于农民，有耕种能力和耕种经验。
要求毛文龙进入北方后，执行皇帝的政策，最大限制度的孤立建州女真，而不允许树立其他人为敌人。在北方的部落和众人只要不掠攻自己，就不能攻击别人，特别是三江平原附近的土著不能攻击或抢劫。
对东江镇，崇祯最担心是军纪，长期艰苦中的东江镇军丁，为了生存，可能用尽一切办法，也有可能有少量人用过不正当不道义的方法，也从来没有听说过东江镇曾进行过纪律约束之类的事。进入多民族地区，政策和军纪最重要，政策不好，或军纪太差可能会激起当地人反抗。
毛文龙与文官不对服，但在北京时与众武将很谈得来，对总后勤部和总装备部的人也尽力交结，对宣导部的军纪和宣讲也不反对。毛文龙表示，一定想办法控制军纪，掌握军官，支持新军系统对东江镇的训练和宣导。
向三江平原行军过程中，由新军提供部分粮食，东江镇向朝鲜驻军提供一万多兵员，以减少远程行军的人数。向朝鲜军提供的人员由朝鲜驻军选择。
东江镇直接由总参谋部或皇帝管理，纳入武将系统。武将和士兵由宣导部实行宣导制、监督制，并接受新军的训练，军队也实行参谋制，军备和供应由后勤军供给。
东江镇人员进行逃选，训练较好和有装备的为战兵或辅兵，其它人员为乡勇或民兵，民兵以耕种为主，以军事训练为辅。
东江镇的人员即抽调少量人员加入到朝鲜驻军和后勤军或新军体系，以减速少长途行军的人员，又吸收愿意迁徙的辽东民众到三江平原。
东江镇到北方处，除了耕地自养自活外还有阻止后金向北方抓人以扩充自己的战略。东江镇原先在辽东的地盘交给山东军接防。
朝鲜驻军在鸭绿江南岸修建堡垒链，用火器守卫，并适当的加强江边水军的力量。
当然开始几个月，新军的粮食还是要自带，以后看朝鲜能不能自给。
朝鲜平定后，陈奇瑜派往朝鲜任督都，总理朝鲜事务。
大明的总装备部主要是把主要的军工生产从旧体制中，接管过来，现在已有二三年时间，已基本完成了接管。
陈奇瑜是严格尊守规定工作任务的人，也完全执行皇帝的政策，虽然陈奇瑜也圆通，但还得罪了许多人，暂时离开一下也好，反正各军工生产单位已经在新体系中的人管理理了。
朝鲜需要即懂军事，也懂民政，还要能平等友好待人，注意民族政策的人管理，要不民族融合做不到，还会产生民族隔阂。
经过优选，选择了一批优秀的实干人才到朝鲜管理，在一个那么大的国家选择少量优秀廉洁的人才还是可能的。
崇祯决定占领一个地区就要治理好一个地区，朝鲜是新军管理下的大区域。要发杨掌柜式的、实干式的、能力形的模式，小心面对那源自中原的官僚式的旧习气。
朝鲜的体制是新军体系，但也实行二轨制，即完全新军体系，和朝鲜旧贵族代管制制。朝鲜北部由于后金屠杀较多而完全由新军管理区域较多，南方新军完全管理的区域较少。