在后金入寇时期，海军和舰队都处于待令状态，扬普舰队到渤海湾，停泊在天津港和登州港附近，随时准备参战。海军暂时放慢发展速度，全力面对后金陆军。
到崇祯三年收复边境四城之后，海军又开始行动了。此时，过去了近半年，主力舰队，即杨普舰队，虽然没有增加多少新船，但有许多炮换上了最新炮。海军应保持最先进的远程炮，原先较普通的炮换下来守城也可以。
同时，浙江，山东等地也有少量新船加入舰队，那些新船就是在后金入寇前就开工了的船，有的到后金退走后才完工，完工了的船也就交付使用。其它地区也按新式海军的式样组成舰队，台湾中部也建造了船厂。
过去的半年，杨普舰队虽然没有大规模的海战，但一直在做准备，杨普的准备工作主要是在情报和参谋上。情报上就是收集敌我的情报，参谋上就是利用情报制定做战计划。
杨普原先就是信息组的主要骨干，对情报工作很有见解，又实际从事情报工作许久，与许多情报工作者熟悉，更重要的是海上的情报工作还加进了一股力量。
连家船的疍民，是一个特殊的社会存在，长期生活在不到十米的小船上，以打鱼为生，没有陆地生活区，在大明没有地位，或不算大明的子民，生活较为艰苦。疍民主要生活在广东、福建等南部中国海域，有几百万人之多。
在天启七年末，侍卫新军或纤夫军向沿海发展时就遇到许多疍民，当时，朱弘的意见是对疍民要尊重和以兄弟相待。侍卫新军学习培养的就是以诚待人的兄弟情，大都是劳苦的下层人员，对疍民没有什么歧视，在长期的相处过程中，有人掌握了疍民的语音，也与疍民交上了朋友。
崇祯继位后，以圣旨的形式宣布疍民也是大明的子民，与其他大明子民相当。在实际操作中，先让疍民上一些无人居住的小岛适应陆地生活，疍民习惯陆地生活以后，再逐渐融入大明社会。
其实疍民也想过正常人的生活，也想进入人类社会，之所以长期在船中生活是没有办法，是因为大陆的人歧视。
崇祯的新政策和新军的诚意下，疍民认识到自己的前途，也终于放下心来与新军合作。疍民其实水下功夫很好，扑鱼也很在行，水面经验也很强，甚至应对大风浪也有一定的经验，而这些都是崇祯需要的知识或技能，在新式海军成立之时，也有疍民加入了海军，甚至有人加入了海军蛙人部队。
整个疍民群体虽然可以上岸，但主要还是在海上，疍民那种独特的语音和独特的交流方式是打探情报和传播情报的好方法，而这此情报都服务于新式海军。
到崇祯三年，培训后的参谋也多了，实际分析能力也强了一些，在情报的支持下，对战局的预判也强了许多。
崇祯三年，后金退兵后，杨普舰队回到澎湖，和郑芝龙舰队联合，带着目的地进入了南海寻找刘香决战。
联合舰队搜索了半年后，收到在广东崎沙澳的海域，有刘香舰队活动的较准确消息，联合舰队急忙赶去搜寻，终于在崎沙澳之外的田尾远洋遇到刘香舰队的一部，其后，联合舰队以自己舰多，新式，快速，炮火远和强的特点对刘香舰队进行围歼。