崇祯元年还基本上任用了吏部推荐的官。崇祯元年年末之后，则宁缺忽滥，吏部许多任官的奏章都留中，许多官职在摆免后都没有再任用，尤其是御史监察部门，因为其本应为天下人请命，立言，可其大多数都只为士族立言，甚至只是党争的工具。
现在只有可能效忠皇帝的人可能任用一批，现在少任官，就是减弱文官的力量，为以后全面整顿吏治打基础。
在处理晋商事件中，地方上，也罢免了大批文武官员，尤其以山西和宣镇多，文官暂缺位，由胥吏按皇帝的原则管理或代理。
武官调整部分原新军掌握卫所的军官但任，也借此事降低整顿九边卫所的难度。一般卫所的军官只留下合作者，或可以转化成新军军官的人员，特别是宣镇，大部分守备，千户，百户都换上了由新军抽调出的人员担任，新军全面接管了宣镇的基层。大同也更彻底的换上的新军体系，其它九边之镇新军也占有相当有比例，一、二年后，九边战力将得到大提升。
在处理晋商之期间，礼部组织了一次向祖宗祭祀的活动，其原因是因为赶走了后金的入侵，崇祯也只是安程序去了一次天坛，但在路上却出现了意外。
已是崇祯帝的朱弘走在去天坛的路上，突然一个侍卫官起身扑向朱弘，朱弘被扑倒在路边的低洼处，然后就听到枪响和弓弩声，朱弘感觉到一阵剧痛，正想问什么回事，又听到枪声，到此时，朱弘反应过来了，自己遇剌了。朱弘不顾剧痛，在已倒下在低洼地处想着怎样应对此事时，有人抬着朱弘入了龙车。
此时朱弘清楚了一点事，侍卫代朱弘挡了枪，但朱弘还是中了箭，抬上龙车之时的路上都滴有朱弘的血，朱弘来到大明有二三年了，此时是第一次流血。
朱弘被保护着进了皇宫，此后的一段时间里再也没有崇祯帝的消息，也因此朝中有许多猜测。
崇祯帝抬上车时身上有箭，人也在滴血，有许多人看到了，甚至有眼尖的人看到了中箭那一瞬间，所猜测的内容是受伤的程度。
去天坛的路上，据说，中间的道路留给鬼神走，活人走在边上的道路，那时的天坛路边还有低洼地，正是那低洼地，加上侍卫挡了枪箭才渡过了一劫。
突然被袭，对精神的冲击很大，此崇祯用了很大的精力和一段时间才平息心中情绪。
崇祯虽然中了箭，只是手臂边上中了一箭，不算重。回到皇宫，此崇祯忍痛用高度酒反复冲洗伤口，还吃了一些有消毒性质的清热中药，几天后，基本上没有危险了。
剌客的箭失可能带毒，其毒最有可能的是和后金兵的箭一样，用马粪之类的脏物浸泡过的。从后来崇祯能迅速恢复的状况来看，不会是什么特种剧毒。
后来侍卫报告，当那行剌时，侍卫官扑倒崇祯后，其他侍卫也反应了过来，都没有考虑自己是否有危险，都过来代皇帝挡枪箭，然后攻击剌客。
剌客有八人，只有两有枪，其他人都用小弩，攻击一轮后，没有时间再发第二轮台攻击，都服毒而亡，没有抓到一个活口。
侍卫一死五伤，推到了陛下的侍卫没有死，只是受了伤。侍卫不象崇祯，皇帝只穿了龙袍，侍卫穿了内甲，伤的部位在四肢，只是治疗时有人裁了肢。
崇祯故意不向朝中公布受伤的消息，想看看朝中有什么反应。