后勤军筹备处在夏初的崇祯元年四月份就成立，先是把一些重要的后勤部门单独的独立出来，到时把一些独立的后勤部门合并，组建成了总后勤部，七月下旬，是总后勤部正式成立的日本期。
武将单列，军队后勤体系和装备体系的改良或独立是必须执行的事务，是关系到能否与后金一战和保卫天下的大事，是自己的生命和天下人的生命，不容破坏。当时朱弘心里就下了决心，如果文官寸利不让，硬是要阻止总后勤部，总装备部建立，那么皇帝与封建官僚的决战也会提早来到，即使整个文官体系都一齐反对，也必须与之战斗，就是把天下打烂也没有办法，或象洪武朝样成千成万的杀贪官也在所不惜。
能不付出大代价，则尽量减少代价的付出，有时候必须付出代价，也只得付出。好在魏忠贤打击文官之后不久，文官又不团结，文官只是心里或暗中反对，没有采取公开行动阻止。这种局面，对朱弘来说，是好局面，能不付出大代价，再好也不过，自己可以慢慢整顿吏治，与封建官僚斗。
在总后勤部和总装备部成立之后，朱弘责令总参谋部，总训导部联合重新建立军功的评价体系和评定原则。新评价体系的部门，并入宣导部，是一个新的部门，主要由一些懂军事的人员，在原先信王体系的量化管理的基础上更全面的制定军功的具体事项，逐项计分。原先由文官乱说一通，真正有功可能得不到奖励，奖励的人可能是无功或功劳小的人，一切都靠关系。新军功评价系统与旧体系最大的不同是取消了人头计功的原则。
原先以人头计功，虽然可增加计功的客观性，但在文官操纵下，其客观性也大打折扣，人头也被上官按自己的意图分润到众官，还是成了主观性的产物，最为严重的是明末军纪败坏，以人头计功的方法导致许多军官杀良冒功。现在取消按人头计功的最主要原因是当做一种阻止杀良冒功的方法。
明末最主要的问题是国人与国家的联系不密切，其主要原因又是国家对国人没有保护作用，经济收入的低下和杀良冒功是割裂国人与国家联系的主要原因。经济收入低，无法生活下去，人就会对造成自己生活困境的环境产生愤怒。
人可以随时被杀，或有人在观念上可以随意屠杀国人，那么，异族人的屠杀与本族人的屠杀就没有区别，也从根本上动摇了防范异族入侵的基础。取消人头计功，就是从根本上终止杀良冒功的重要方法。当然，阻止杀良昌功还需要军队的管理，社会的全面治理。
在军事总体安排上，卢象升还是在杨嗣昌手下训练天象军，管京营中的另一支主力。卢象升是朱弘较喜欢的将领，原先在袁崇涣不去北平行都司后，有让卢象升去的想法，但考虑到京城更重要，还是把卢留在京城。
孙传庭原先在北京任职，也就早在整顿京营之初时，就被朱弘派往陕北，趋榆林等地练秦军，现在进一步明确孙传庭、卢象升练兵之权责。早点派孙传庭去榆林，就是要早点做好关中事变的准备，也希望除了新军外，还有关宁军，同时，还有秦军，天象军就样的劲旅。
明朝的军队已到了必须废除屯田制实行募兵制的时候了，关宁军是先出现的募兵性质的军队，新军也朱弘来了后出现的军队。现在是一面出现屯田军不成军队制的局面，一面又出现不能随便招兵的局面。
为什么不能随便招兵？因为大明的将领除极少数象孙承宗，袁崇焕，卢象升等外，大都是观念陈旧的将领，其练兵的方法处于必须淘汰的局面，因为出现了后金的强劲军力，老式旧式的练军方法下的军队与后金军队比起来差了一大级，在后金前面只有败战的可能。
明末已经腐蚀严重，如南明时期的招兵只是为了掌权夺利，象何腾蛟那种只专权，不打战，在清兵前不堪一击，清兵到了就降的军队有什么作用。就是南明的江北四镇和其他大部份南明军队的兵也只是为了军阀争权，而不是为了抗清，事实上，南明大部分兵都是为满清的绿营招的兵，因为大多都降清为绿营兵，就是彼崇祯时期也有许多兵实质是为清兵绿营招兵。
既然普通招兵实质上是为清兵绿营招兵，在财政十分紧张的现在还不如不招。招上来的兵，出现土匪一样的兵，也是有兵还不如无兵。大动乱的末世社会即将来临之季，又不能没有军队，处理这种困境的方法就是精兵策略，训练劲旅。
精兵策略最好的方法是多训练自己的新军，但新训练要时间，枪炮生产也要时间，所以旧式劲旅也需要。原先出现过的关宁军，需要去军阀化和近代化发展，且骑兵方面新军也还没有发展起来。郑芝龙的水军也需要去军阀化和近代化发展。象卢象升、孙传庭这类为官能做到清廉的能官，去训练劲旅也可信或可行，所以朱弘决定增加天象军和秦军。当然京营现在还保有的几万军队还是保留，不能随便遣散。象毛文龙那种处在后金前线的军力也要继续保留，且要扩大游击战的规模。