金声桓反正后，担心出兵别处后赣州的清兵在背后偷袭，遂率领二十万大军前来包围攻打，久攻不下，王得仁又率十万大军前来增援。如此一来，两员主将都被吸引在坚城之下，无暇顾及长江防线。
清军统帅谭泰指挥着河洛会及从武昌赶来的尚可喜、耿精忠从九江、铜陵上岸，分两路攻城略地，趋向省城南昌。
金声桓、王得仁担心南昌有失，匆忙率军撤离赣州回救南昌。赣州守军见他们匆忙撤退，率军出城追杀，劫夺了不少辎重装备。金声桓、王得仁栖栖遑遑顾不得后军被追杀，五月十九日带领前锋冲破清军的包围，部队都进到了南昌城中。
殊不知，此举正中谭泰下怀，他高兴地说：“倘若在外面交战，他们是主军，我为客军，天时地利人和皆在彼方。其进到城中，就像鸟儿进笼。其匆忙进去，只怕粮食无多。只要加强围困，卡住粮草，困也能将这一城军民困死。”
何洛会有些担心地说：“我们兵困南昌，要提防湘省何腾蛟，广东李成栋两路援军救应。倘若我们腹背受敌，恐将手忙脚乱。”
谭泰“哈哈”大笑道：“我听说一个消息，讲给你们大家听听。据左梦庚讲，他们兵发南京之前，曾经派金声桓等劫持过何腾蛟。那个何蛮子宁死不愿加入‘清君侧’行列，竟然投江寻死，谁知道那么巧竟然被人救活了。如今，其贵为阁臣，诸省督师，他要是肯救曾经的仇人，那他就算是公而忘私了。可是，我听说，他连已经变为同殿称臣的陈友龙都要袭击的主儿，指望他来救金声桓，想都别想。”
“不是还有广东的李成栋吗，那可是个兵精粮足的狠角色。”
“李成栋是个杀人恶魔不错，不过其志向不大。如果不是佟养甲压制太狠，其还指望着在我朝封妻荫子呢。他如果救援，最多兵发赣州，不会远赴南昌。我听说其骄兵悍将，他必然怕出兵在外老巢生变，绝对不会久留外面，更不会为救他人劳师远征。”谭泰胸有成竹地说。
等到南昌城内粮食紧张，金声桓、王得仁想杀出城外抢粮的时候，清军已经将该城包围得铁通一般。他们先后九次突围冲击清军包围圈，皆无功而返。先后排出了几批求救人员，有的到达湘省，何腾蛟表面答应，却毫无动静。李成栋收到求援信，心中动了反清的念头，但未进行有效救应。从顺治五年五月十九日至来年正月十九日，整整八个月时间内，南昌城未得到一兵一卒的救援。
城中粮草奇缺，物价飞涨，粮食达到六百两银子一石，后来也是有价无市。最后，有一点余粮的人家也不敢做饭。因为凡是灶筒一冒烟或有饭菜味道传出，马上就会有人破门而入进来抢劫。
广东的李成栋反正后倒是来救援过江西两次。第一次旌旗蔽日，人马哄哄，拉着大炮，携带辎重，来到了赣州城下。只说摆好架势，准备进攻。哪知道清南赣巡抚刘武元，南赣总兵胡有生，副将高进库、杨遇明等认为必须乘其立足未稳予以偷袭。当夜，赣州城南门大开，清兵杀出城来，将毫无防范的李成栋部杀得溃不成军，狼奔豕窜，兵器甲帐丢弃得漫山遍野都是。素来争强好胜的李成栋经此一战，竟然偃旗息鼓退回了广东。第一次援赣，以失败告终。
丁宁带回一些经历了南昌争夺战幸存者的讲述记录。幸存者说，金声桓、王得仁见南昌城中几达人吃人的地步，便不断开城门放出一部分老百姓出去逃生。但是，出城的人大部分在问过城中情况后被杀死，只有极少数携带些钱财者贿赂了清军官兵，可以悄悄地放走逃生。
他们说，其实围城至春节时，守城的军兵已经衣食不继，战斗力明显下降。清军的大炮经常朝城门或城中零星轰击，人们已经逐渐习惯了这种冷枪冷炮的轰击，变得绝望而麻痹。