东林党人钱谦益、吕大器等人也认识到军权对拥立的重要性，曾让人游说东平伯刘泽清。刘泽清也想借助东林党的舆论洗刷恶名，遂应之。后来，得知高杰、黄德功、刘良佐诸镇已经答应拥立福王。自己若不附和，肯定先受三镇攻击，寡不敌众，必败无疑。于是，刘泽清也改变了迎合东林党的初衷，参加到拥戴福王的行列。

于是，马士英率兵五万，于崇祯十七年四月二十九日浩浩荡荡护送福王朱由崧到达浦口。史可法闻报大惊，知道马士英出卖了自己。但是，在重兵威压之下，无奈只得接受这一既成事实。四月三十日，史可法等南京百官到燕子矶拜见福王，商量下步事宜。其提出，为了稳妥起见，福王不妨先就监国位。在监国期间，若无先帝皇子来京，再即帝位。

福王不敢逼迫太甚，连连答应。

清顺治元年（崇祯十七年，大顺永昌元年，大顺元年）五月初一，朱由崧拜谒孝陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿。出西华门，以南京内守备府为行宫。初二，群臣至行宫劝进。朱由崧惺惺作态，以皇太子及定王、永王不知下落，且端王、惠王、桂王、潞王皆为叔叔辈，应择贤迎立，似全无登大位的准备。群臣再三劝进，勉强答应。

该日，远在北京的请摄政王多尔衮进入皇宫。

五月初三，朱由崧自大明门入大内，至武英殿行监国礼。追封自己父亲、弟弟、妻妾等有关人员。晋封史可法为礼部尚书兼东阁大学士，马士英为兵部尚书兼东阁大学士，仍任凤阳总督，高弘图为户部尚书兼东阁大学士，姜日广为礼部左侍郎兼内阁大学士。

按照史可法等人的想法，朝廷应当让正人占据要津。但是，随着马士英入朝，这一切都发生了剧变。

马士英，贵州人，字瑶草，进士，与南明另一臭名昭著的奇葩人物阮大铖是同榜。其自恃此次拥戴有功，原想秉持朝纲，见仍让自己呆在凤阳便极度不满，当即以四镇不稳为由进京觐见弘光帝，将当初史可法所谓“七不可立”的书信呈与福王，勾起了监国一腔怒火。

如果说二十天前，福王朱由崧为了登基时时忍气吞声处处烧香拜佛的话，那么现在则是一朝权在手，便把令来行。就想着拿一件事立威，树立自己的威信。他立即变脸鸡蛋里面挑骨头，指责史可法多处不是。

史可法明白，自己应该给一些人让位置了。若贪恋其位，横祸立至。于是，自请离开京师去江北督师。行前，弘光帝、马士英、史可法等商订南明国策。

史可法提出：“目前最急者，莫过办寇！”

马士英胸有成竹地说：“坐视李闯与清兵两虎相斗，乃为上策。必要的时候，联虏平寇、助虏平寇亦无不可。”