中国公学的组织是一种民主的政体。公学的发起人多是革命党人，故学校成立之时，一切组织多含有试行民主政治之意。全校分执行与评议两部，执行部的职员是学生投票互选出来的，有严格的任期，并且对于评议部负责。评议部是由班长和室长组织而成的，要定期的开会，有监督和弹劾职员之权。选举、严格的任期是民主制度区别于专制制度的重要特征，执行部对评议部负责并在评议部监督下行使行政权，则有民主制度下行政权和约束、立法机制分立的雏形。把权力置于监督之下，防止独裁和权力的被滥用，这同样是民主制度的题中应有之义。
评议部开会时往有激烈的辩论，有时到点名熄灯时方才散会，说明大家对执行这个制度是很认真的。
两江总督端方每月拨银1000两，派四品京堂郑孝胥为监督。学校有了官派的监督，民主的政体便发生了障碍，执行部久不改选，评议部也有度止的危险。
两江总督端方，其实是个新派人物。戊戌变法中，朝廷下诏筹办农工商总局，端方被任命为督办。他全身心的投入到新筹办的部门当中，他曾一天连上三折，其工作热情与效率，可见一斑。
升任湖北巡抚不久，随即办起了六十余所新式学堂并派出大批的留学生（其子也赴美国留学）。
光绪三十年（1904年），代任两江总督创建暨南大学。之后，他调任湖南巡抚。半年内便建有小学堂八十多所。据说，端方在调任江苏巡抚时，上任伊始便革除了各州县例送红包给新任巡抚大人的陋习，并用红包的钱选派两名学生出国留学，一时传为美谈。
在历任上述封疆大吏期间，端方鼓励学子出洋留学，被誉为开明人士，“奋发有为，于内政外交尤有心得”。
中国公学简直就是个革命党人的培训学校，能够为这样的学校每月拨银1000两，是很能说明问题的。可惜，这样一个开明之人，最后还是死于革命党人之手，不能不令人惋惜。
胡适写到：“到了申之秋，评议部与职员发生激烈的冲突，结果致绝大多数学生整队退学，自行组织中国新公学，仍继实行民主政治，支持至一年余始解散。这三年多的维形民主国，在中国政治革命上是很可纪念的。＂
1952年12月23日，胡适在中国公学校友会欢迎会上讲话中，又强调了中国公学当年的共和民主的政体在教育上的试验意义，他说：“中国公学和中国教育制度以至民主的政治制度，也有很深切的关系。当时我们母校的教育制度，有着一点独持的作风，这种作风便是民主制度在教育上的试验，当时校内并不设校长，而三位干事共同负责处理校务，成为学校行政机关。另外由全体同学推举班长、室长，实行自治，并且选举评议员，组织评议会，成为学校的立法机关。一切校务虽由干事部负责执行，但必须先经评议会通过，完成立法程序。”
后来当过中国公学副校长的亮功至把这种“学生治校”的制度，和欧洲中世纪大学创始时的制度作了比较，充分肯定了它在中国教育史上的创新意义。
中国公学实行的这种高度民主自治的管理制度，自然受到广大革命热情高涨的同学的欢迎与拥护。但从实际出发，它在中国这块土壤上，显然缺乏充分持久发育的外部条件。
至少有三个方面的原因，使中国公学的“民主共和国”于解体的危机。
一、学校内留日学生逐渐减少(部分又回日本复课了)，而新招的学生逐渐增加，已不是当初发起创学时学生与管理彼此不分界限的情形。
二、当时上海社会和官方，对这种办学制度的忌疑与不满日益增大，缺少社会尤其教育界人士的理解与同情。
三、学校没有两江总督端方的官费资助便办不下去，而接受了官方的资助，便无法抗拒官方在管理制度上插手学校。
最初创立时不设校长，干事部的干事分任教务、度务、商务，后来推郑孝胥为校长，聘马君武为总教习。马君武赴国外留学后，总教习之职便度止。公学受两江总督的津贴之后，校长改为监督。第一任监督是郑孝胥，第二任为夏敬观，同时成立了郑孝胥、张赛、熊希龄等几十人参加的校董事会，推举张赛为会长。在董事会制与监督制的双重压迫下，学生自治的民主政体开始瓦解。
尽管郑孝胥、夏敬观这一些社会名流忙于诗坛和文坛，对校务毫无兴趣，但公学的民主政体已经受到严重压抑。原来公选的干事改为由学校聘任的教务长、庶务长、斋务长，而且新校章取消了评议部这个以学生为主体的“立法机关”。这就激起了广大同学的强烈不满。他们抓住校章上“非经全体三分之二承认，不得修改”的“法”条文向校方表示抗议，认为三位干事自修改校章是非法的，取消评议部也是非法的。
为此，全体同学就组织了一个“校友会”，类似于现在的学生会组织。校友会与三位干事争议了几个月，终于达成了由全体学生修改校章的协议。又费了几个月，开了许多会，校友会把修正意见整理出了一个草案，议定一本新校章。谁知校章草案递上去后，监督与董事均不承认，于是双方的情绪冲突便不可避免。“修宪”成了这次大风潮的导.火.索。
190年旧历九月三日，校友会召集大会，向全体学生报告关于新校章交涉的经过。大会未散，监督贴出了布告，完全否认学生有改订校章之权，把先前三干事与全体学生达成的协议撕段了。紧接着又出了两道布告，一道是“集会演说，学堂悬为万禁，……校友会以后不准再行开会”。
从中国公学分立出去的新公学，同学们顶住了一切困难，一心一意要把新公学办成一所教员好、功课紧、管理严的好学堂。