事情本来已经搞清，因为实权派曹锟要借题发挥，竟颠倒黑白，闭着眼睛罗织罪名。当时，候任教育总长的彭允彝竟献计对“罗文干案”复议，致使罗文干又一次含冤入狱。
面对彭氏如此的的蹂躏人权，献媚军阀的行径，蔡元培与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟等人商量后，决定采取行动。
他遂于1923年1月17日，愤然提出辞职。
他在辞呈中写道：“数月以来，报章所记，耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于国中……元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。惟有奉身而退，以谢教育界及国人。”
从这封辞职书中，不难看出，蔡元培已经愤怒到了极点。
有人说，“这可能是近代中国最直率，最能体现知识分子气节的辞职书。”
两天以后，他在多报刊出不再到校视事的启事，随即离开北京。紧接着，就发表了那篇著名的《不合作宣言》。
此宣言刊发在1月25日的《申报》上，其中说到：“止见他们一天一天的堕落：议员的投票，看津贴有无；阁员的位置，禀军阀意旨；法律是舞文的工具；选举是金钱的决赛；不计是非，止计利害；不要人格，止要权利。这种恶浊的空气，一天一天的浓厚起来，我实在不能再受了……国务员匆匆的提出再议的请求，又立刻再剥夺未曾证明有罪的人的自由，重行逮捕。而提出者又并非司法当局，而为我的职务上天天有关系的教育当局，我不管他们打官话打得怎么圆滑，我总觉得提出者的人格，是我不能再与为伍的。”
一位哲人说过：“没有正义的地方没有自由，没有自由的地方也就没有正义。”
蔡元培两次最著名的辞职，诞生了两篇杰出的宣言：《不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的宣言》。
他1919年6月15日发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名专制的国家，他的大学何等自由，美、法等国，更不必说了。北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品，用世界的新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点儿沾沾自喜的，我还觉得好笑。那知道旧的一方面，看了这点半新的，就算‘洪水猛兽’一样了。又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？”
有人评论说：“透过蔡元培的辞职和宣言，我们清晰地看到，蔡元培是中国近现代史上一位真正具有思想精神大格局的人。有了这种精神大格局，相比之下，中国最顶尖的北京大学校长的位置也显得那么小，而一个公民的人身权利则是那么大。只有具有思想精神大格局的人，才是大思想家、大教育家、大实践家，才是具有宽阔视野、博大胸怀和博大人格的大写的人；只有这样的人，才有深刻的使命感、危重的责任感，才有人格大魅力，才有人间大眼界，才有人生大愤怒，才有人世大救续。
“人生之大愤怒，是与“小愤怒”有巨大区别的，它不是为自己的愤怒而“愤怒”，它也并不需要声嘶力竭，而是一种清醒的思考、一种透彻的说理、一种沉郁的情感，更重要的是，它是一种身体力行、无所畏惧、义无返顾的自身行动。而对于那些没有精神大格局、稀缺人生大愤怒的人来说，是不会有这种大救续的行动的，而是安稳、安舒、安耽地靠坐在金贵的宝椅上安享着安乐的。
“没有个人的自由，就没有公众的自由；没有个人的利益，就没有公共的利益；没有个人的权利，就没有大众的权利；没有个人的公正，就没有社会的公正；没有个人的平安，就没有国家的平安。为一个人争公民权利而辞去北大校长之职，正是蔡元培的伟大之举，是他伟大人格的体现。这就是用人格创造人格、用人格创造公正、用人格创造权利、用人格创造自由。”
蔡元培的这次辞职社会反响很大，舆论强烈，彭允彝也因此下台。总统黎元洪出面挽留蔡元培，他辞职不成，但不再到校，由蒋梦麟代理。有意思的是，北洋政府始终没有免他的职。
在蔡元培看来，一个政府到了不可救药的地步，有德能的人就应离他而去，这既是不合作。持不合作立场的人多了，政府自然也就只能走向垮台。
他曾在很多场合宣扬这个道理，此刻，正躬身实践其“不合作主义”了。这是一个正直的人在愤世嫉俗时所做的选择。不论外界舆论如何评判此举，北方的胡适撰文称许也罢，南方的陈独秀指责消极也罢，这一次蔡元培看来是下定了决心，高蹈远引了。
北大师生的的“驱彭（允彝）挽蔡，北京政.府的被迫挽留，只不过使他又保留了几年的校长名义，而北京大学的”蔡元培时代”，至此则是无可挽回的结束了。