《荆生》之后，林纾又作《妖梦》。这篇小说记述郑思康梦游阴曹地府的经历，说阴曹地府里有一所白话学堂，学堂门外有楹联一副：白话通神，红楼梦水浒真不可思议；古文讨厌，欧阳修韩愈是什么东西。
学堂里还有一间“毙孔堂”，堂前也有一副楹联：禽兽真自由，要这伦常何用？仁义太坏事，须从根本打消。
学堂内有三个“鬼中之杰出者”：校长叫“元绪”显然影射蔡元培；教务长叫“田恒”，显然影射陈独秀；副教务长叫“秦二世”，显然影射胡适之。对于这“鬼中三杰”，作者林纾痛恨无比，骂得粗俗刻薄无聊。小说结尾处，作者让阴曹地府中的“阿修罗王”出场，将白话学堂中的这些“无五伦之禽兽”通通吃掉，化之为粪。这显然是一种非常拙劣的影射和比附，有失读书人、写书人风骨与人格。
恰好这个时候，赵体孟希望出版明遗民刘应秋的作品，请求蔡元培帮助介绍梁启超、章太炎、严复、林纾等学术大家写个字或题个辞。蔡元培对这些文化项目从来格外热心有求必应，他分别给这几位写了信。
收到蔡元培真挚、尊敬的来信，林纾很为感动。他们原本就是熟人，只是多年来不曾联系。现在自己写了一篇涉嫌攻击蔡元培的小说，此时此地林纾无论如何都觉得有点不好意思。他一方面嘱人将还没有发表的第二篇小说《妖梦》追回不再发表，另一方面借回信之机直抒心胸，坦言自己对新文化的看法，直率表达对蔡元培的不满意。
五四新思潮中确实有许多不恰当的言论，这些言论也多少都与北大有关，因此林纾对蔡元培作为北大校长的不作为非常不满，他认为，“大凡为士林表率，须圆通广大，据中而立，方能率由无弊”。据此反观蔡校长的言论，在他看来，确是辜负了全国父老之重托。
林纾在1919年3月18日北京的《公言报》上发表致蔡元培公开信,就是当时有名的《致蔡鹤卿书》。林书主要向蔡提出两点责难.其一是蔡氏所掌北京大学教学内容有"覆孔孟,铲伦常";其二是尽废古书,用方言。
林纾说得不好听，但蔡元培并不以为是恶意，因为冷静想想，蔡元培似乎也承认新文化运动也不是没有问题。但是，据说，真正让蔡元培生气的是张厚载。
张厚载是北大在校生，却在这个时候给蔡校长发来一封很不客气的信。信中说了两层意思，第一，他告诉蔡校长，《新申报》所载林琴南先生的小说，是从我这里转寄的。现在还有一篇攻击陈独秀、胡适之两先生的小说，并有牵涉蔡校长的地方。这份稿子寄出后，林纾先生来函请求撤回，理由是蔡校长请他为刘应秋文集作序。现在比较为难的是，这篇稿子已寄往上海，殊难中止。倘有因此渎犯了蔡校长，务乞大度包容，不要怪罪林先生。第二，张厚载以为林纾致蔡校长的那封信肯定是新文化运动思想史“最有趣味”的材料，他希望蔡校长能对林纾的这封信有个正面的回应。张厚载之所以这样说，大约与其身份有关，因为他不仅是北大在校生，而且还兼任《神州日报》记者。
张厚载之前与北大新派教授胡适、钱玄同、刘半农，以及新派学生傅斯年等有过节，他们一起争论过旧戏的得失，张厚载不知妥协，让这些新派教授很不高兴。这大约也影响了张厚载在蔡校长那里的印象。
张厚载还是林纾在五城中学堂时的学生。张厚载与新文化主流有分歧，自然又容易与林纾建立情谊。或者说，正因为他们之间有着这样的情谊与交往，方才使张厚载在理念上与新文化主流过不去。但是不管怎么说，他向蔡校长解释林纾的第二篇小说追不回来或许是事实，他请求蔡校长就林纾的来信表达意见，说起来应该也没什么大错。
但是，把北大的名声看得比什么都重的蔡元培，接到张厚载的这封信后火气却特别大。
他在回复张厚载的信中说，作为北大学生，明知林纾先生的小说是刻意攻击本校教员，是丑闻，继续承担转交使命，令人难以理解。与林纾先生有师生之谊，固然宜爱林君；但毕竟也是北大学生，更宜爱护本校。林纾先生作此等小说，意在毁坏北大名誉，“而你竟徇林君之意而发布之，那么你对母校爱护之心，安乎，否乎”？蔡元培还表示，自己平生从来不喜欢“作谩骂语、轻薄语，以为受者无伤，而施者实为失德”。林纾先生骂我，我将“哀矜之不暇”，只是替他难过，哪里还有什么遗憾不理解呢？要说我有什么不理解的话，还是你张厚载先生如此爱护“本师”林纾先生，“安乎，否乎？究竟是爱林君，还是害林君呢”？
在复张厚载信的同时，蔡元培也给林纾写了一封措辞强硬的信，即《答林君琴南函》，同样发表在《公言报》上。在这封信中，蔡元培就林纾对北大，对陈独秀，对胡适等人的攻击或批评略有辩解。
就事实而言，蔡元培分三点解释辩白北大并没有林纾所说的覆孔孟、铲伦常、尽废古书这三件事情。借此机会，蔡元培公开重申自己办大学的两点主张：一、对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义。“无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”。二、对于教员，以学术水平造诣为主。教员在学校的讲授，以无背于思想自由、兼容并包为界限。其在校外言论、行动，悉听自由，学校从不过问，当然也就不能代其负责。