蔡元培说:“夫军国民教育者，与社会主义侯驰，在他国已有道消之兆。然在我国则强邻交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。且军人革命以后，难保无军人执政之一时期，非行举国皆兵之制，将使军人社会，永为全国中特别之阶级，而无以平均其势力。则如所谓军国民教育者，诚今日所不能不采者也。……
“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者至多，而国甚贫。实利主义之教育，固亦当务之急也。”
这是清末富国强兵思想的继承和发展。
在公民道德一条，他要求以法国革命所崇尚的自由、平等、博爱作为道德的要旨。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孙中山宣布辞去临时大总统。随后的2月15日，南京的民国参议院如约推举袁世凯为临时大总统。
南方方面对袁世凯最大的疑虑是其能否真正维护中国的共和政体，于是向袁开出了三个条件：临时政.府首都设在南京；新总统应到南京就职；新总统必须遵守《中华民国临时约法》及相关法律章程。
而“欢迎”袁世凯到南京就职的艰重任务被分派给了蔡元培，他被委任为“迎袁专使”，与外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、法制局长宋教仁以及汪精卫等一批南京临时政.府要员一同北上，以示隆重。
袁世凯清楚地知道南方临时政.府的意图，知道他自己一去南京，就将受制于革命党人，所以是绝不会轻易就范的。这时，各国的列强也反对中国把首都南迁，怕损及他们的在华利益，他们支持袁世凯，这样他们的在华特权将会被最大限度地保全。
这不是一个风光的差使，蔡元培自己也知道，“此行人人知不能达成目的”。朋友们纷纷劝他辞去这个任务为佳。但是蔡元培说，“我不去，总须有人去，畏难推诿，殊不成话”。
果不其然，蔡元培一到北京，有许多所谓的“人民团体”找上门来，向南方临时政.府代表团“请愿”陈情，说首都不能南迁、袁世凯不能离开北京，否则会发生社会动乱。
不久，在北京的一些军官和士兵“真的”发生了“兵变”，一时间满城风雨，似乎北方的局面非袁世凯留在北京不能控制。其实，这些都是袁世凯和他的手下指使的，为的是搅乱局势，向身处北京的蔡元培等南方代表示威，也向南方临时政.府施加压力，制造留在北京的堂皇理由。
肯定的说，和袁世凯这样的政客玩手段，耍阴谋诡计，蔡元培这样的书生肯定不是对手。但如果说，作为南方专使的蔡元培，一点也没有发现这袁世凯背后的这些小动作，也未必是事实。当然，也肯定不像外间人以为的那样，蔡元培为袁世凯的种种手段所蒙蔽，以至于后来主动帮助袁世凯达成其心愿。
蔡元培对袁世凯其人还是有他自己的看法的。
辛亥革命起事八天后，他有一封信给吴稚晖。
这时，他已从德国报纸上得知，清廷启用久经罢黜的袁世凯重掌军政大权，他在信中，特别提到清廷启用袁世凯这件事，并发表他自己的见解。
蔡元培说，听了这个消息，使他对于革命前途“之十分乐天观，生一顿挫”。他继续写道：“弟以为袁世凯者，必不至复为曾国藩，然未必肯为华盛顿，故彼之出山，意在破坏革命军，而即藉此以自帝。”
也就是说，蔡元培判断袁世凯其人，绝不会像曾国藩那样基于礼教思想而效忠清廷到底，但也没有美国的国父华盛顿那样高洁的人品，为了国家而甘愿放弃个人名位，而会为个人野心破坏革命事业，乃至自己当皇帝。
是的，最终，蔡元培还是对袁世凯做出了让步，代表南方革命党人允准袁世凯在北京宣誓就任临时大总统。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职。蔡元培代表南方临时政.府接受了袁世凯就任大总统的宣誓，并代孙中山献上祝词。
第二天，蔡元培一行在离京返回南京前发表《告全国文》，回顾此行的意义。文中说，“……是故欢迎袁公，我等直接之目的也；谋全国精神上之统一，培等间接之目的也”。
这里说的“精神上的统一”，或许饱含着貌合神离的无奈。无论如何，推翻满清的目标已经实现了，无论谁当总统，毕竟共和政体已经在中华确立。
蔡元培其实没做错什么。
首先，袁世凯肯定是不会离开他的老巢到南京就职的。对于南方政.府，只有两条路可以选择：第一，对袁世凯妥协，同意他在北京就职；第二，因为袁世凯不肯到南京就职而南北分裂，最后的结果是开战。
如果南方政.府选择后者，在国人都盼望结束战乱的时候，失去民心的不是袁世凯而是南方政.府。在者说，南方也一定没有胜算，否则，也不会把大总统位置送出去。
所谓二次革命的失败，不是在那里摆着吗？
何况在当时，希望与袁妥协以达到“谋全国精神之统一”的想法，并不止蔡元培一人，也是民国初年大部分革命党人的共同心理。