但是，如果仔细观察，还是能发现蔡元培有了特别大的变化。他的北京寓所书房中悬挂着十个大字：“都无做官意，惟有读书声。”
一个刚刚入仕的翰林，已经把功名和利禄放到一边了，此时的蔡元培所热衷的事，是要在知识领域寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道。
这段时间，他在仔细研习了《适可斋纪言》四卷，在心得中写道：“其人于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领。批卻导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”
他还通览了驻英公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷，认为“其宗旨，以西政善者都暗含中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之谊，真通人之论”
与一些慷慨陈词高喊变革的人们不同，蔡元培是在探索改什么，如何去改。表达了他在为改良运动思想探源。
他欣赏对于西学进行融会贯通后做出深刻阐释，鄙薄浅尝辙止的浮泛议论。同样，和有些了解了一点西学就把自己祖国的传统文化说得一无是处的人不同，蔡元培从接触西学之初，就努力在把中西文化相比附相攀援，而不是一定处于相互对立之中。这样的思想风格，对他的一生产生了重大影响。
这一年的初夏，蔡夫人王昭携幼子来京，蔡元培于是搬出会馆，在“方略馆”暂居一段时间后，带着家眷搬入绳匠胡同的一个寓所。
与家人在一起生活总是幸福和快乐，也使得他在京的生活更为安定。每天能抽出时间，和自己的宝贝儿子玩耍，体会到为人之父的天伦，让他的人生更加丰富多彩。
有闲暇时间，他也会带着妻小，到京城一些名胜古迹游玩。很多地方其实他此前一个人也未曾去过，比如潭柘寺。早就听说先有潭柘寺，后有北京城的说法，他倒可以趁此机会考证一番。
然而，国事却不停的打破他平静的生活。
这一年的11月，发生了德国传教士在山东被杀，德国派兵强占山东胶州湾的事件。
12月，又传来消息，俄国军舰强行占领旅顺口和大连湾。其他列强也争先恐后，欲在中国谋取特殊利益。
目睹自己的祖国，如同一个待宰的羔羊，蔡元培在自己的日记中气愤地写道：“吾中国近二十年仿范雎远交之策，甚睦于德，近又推诚于俄，不自强而恃人，开门揖盗，真无策之尤也。”
处于朝堂之中的蔡元培，整日见识着清廷当权人物们的昏庸，京中大小官员，在国家和民族生死存亡之际，整日钻营名利，置国难于不顾。他渐渐感到请朝这个政权，已经没什么指望了。
苦闷和失望在一段时间笼罩着他，他的脾气变得很坏。绍兴盛产酒，蔡元培的父母酒量都很大，他也很能喝酒。在这段时间，他在与朋友饮酒后，却常常酩酊大醉。有几次，酒醉后竟对身旁之人破口大骂。
平日里，蔡元培历来以谦谦君子著称，这段时间却变了个人。言及此事，一般人恐难会信，但这却是真的。他在“自述中”也提到过：‘我父善饮，我母亦能饮，我自幼不知有酒戒，……到北京，京官以饮食佂逐为常，尤时时醉。”
传统道德下的读书人，平日里恪守礼仪，酒醉后就难于自控了。长期的忧虑和苦闷，总得有地方宣泄。对蔡元培了解很深的人清楚，他其实是个很豪爽的人。
这一年，他惨加了在保和殿举行的，选拔各省乡试主考官和会试考官的考试。他一如既往，只是他的“怪八股”更加得心应手、炉火纯青。因为获得了会考考官的资格，其六叔蔡铭恩来京应试时，他按例请求回避，以免其叔不能应考。
在维新思想家中，对蔡元培影响最大的是严复。
严复译述的赫胥黎的名著《天演论》，1898年4月出版后9个月，蔡元培便认真地读完这部书，他后来写道：“丁戊之间，乃治哲学。侯官浏阳，为吾先觉。”
是严复等人的新思想唤醒了蔡元培的精神世界。
这一时期的蔡元培，进一步接触了大量近代科学与民主思想著述，在翰林院内，钻研那些被固守封建传统的旧派人士斥为“奇技淫巧”“左道旁门”的西方科学知识。
原因很简单，在这时候的蔡元培看来，中国不是败于“道”，而是败于“术”。就“道”而言，中国传统哲学的深邃精微，世难匹敌；但重道而轻术，导致中国完败于船坚炮利的重术之国，使他不得不转变思路。
蔡元培兼有着中国知识分子的厚重和东南文士的轻灵，他不愿也不屑因循守旧。这从他做文章上也看得出，不是一味地迎合科考，而是独辟蹊径。