许崇智、黄大伟、李福林都不肯接受小徐的任命令，从十月二十八日起，改称“讨贼军”。
萨镇冰已于十月十五日就任临时省长。
照理说，所谓的福建总抚，应该是具有督军兼省长的性质。但是王永泉、许崇智等并不否认萨的省长地位，他们都参加萨欢迎他们的宴会。
这个时期的福建竟成为南方政.府、皖和北京政.府三种势力和平共处的地区。
十月二十四日，北京政.府下令讨伐徐树铮，任命李厚基、萨镇冰为讨逆军总司令和副总司令，高全忠为闽军总指挥。
这个命令是在吴佩孚的一再催促下才发表的。
本来应该把北伐军一并列入讨伐之列，只因王宠惠内阁不愿与国民党为敌，所以把讨伐的对象只集中在徐树铮一人身上。
有意思的是，北京政.府所任命的讨逆军副总司令，这时却正在福州和被讨伐的人把酒言欢，而总司令却是一个失去自由的俘虏。
十月十八日，北京参陆办公处电派常德盛为援闽军总司令，这样，北京政.府对福建就派出了两个总司令。一个是援闽总司令，一个是讨贼总司令，两者各不相属。
李厚基虽然被俘，但他的直属部队王献臣旅在上杭、张清汝旅在泉州、高全忠师在厦门，因此吴佩孚依然很看重他。
此外，吴佩孚还调动了几路人马，包括驻武穴的鲁军张克瑶旅、驻崇阳，通城的鄂军第二混成旅寇英杰、北洋第二混成旅胡念先两部和杜锡珪所属海军舰队以及在江西的周荫人、常德盛两师。
常德盛师已于十月十八日由南城开抵杉关。
粤军尹骥旅开抵平和后也拟向龙岩推进。
尹于十月十六日曾到上杭与北军会商作战计划，陈炯明希望取得指挥闽、粤、赣各军的军事全权，以便统一布置。
吴佩孚不愿把北军的指挥权交给陈，陈的态度便趋于消极，不肯单独进攻。
徐树铮奇袭福建，震动全国，可是不知他是怎么想的，组织了一个不伦不类的怪政.府，名不正，言不顺，引起了各方的反感。
尤其是他所谓的“总抚”，更是令人费解，颇似清朝的总督、巡抚。他所编拟的组织，是总抚之下设军政、民政、财政三署，这个制度也是根据他的《建国诠真》的官制篇所规定的。
十月三十日，建国军、讨贼军举行联合会议，选举福建籍的国民党人、广州国会议长林森为福建省长。
同日，王永泉取消“总抚”名义，改称福建总司令，并取消建国军名义，改称福建第一军军长。
徐树铮表示“建国军政制置府”的职权，类似国务院，将随军事之进展而迁移他处，不会长期设在福建。
这一表示仍然不能获得谅解，徐又打算取消制置府，改称建国军总司令。
十一月一日，徐树铮通电主张迎接段祺瑞到上海和南方政.府大总统见面，并在上海召开联省会议，解决组织政.府和各省共同出兵讨伐直系的问题。
但是很遗憾，徐的电报没有人响应。
就是这个时候，段祺瑞派王郅隆到福州来，劝小徐取消制置府，离开福州。
而王永泉这时已是福建的主人，也不愿意有一个不伦不类的太上皇，极力想把小徐赶走。
许崇智等认为这是皖系自己闹意见，不愿介入。
徐树铮在这种情势下只好黯然离开福州。他于十一月二日乘轮去上海，他的建国军政制置府也就因此而寿终就寝了。
十一月三日，福州各界举行大会，宣布“闽人自决闽事”，阻止各方军队入闽。林森宣布就任福建省长，萨镇冰则取消了临时省长名义。
王永泉于十一月六日向北京政.府通电输诚，但是，暗中仍和国民党敷衍。
李厚基的母亲曾自上海送来一笔“赎款”，李遂被海军释放。
十月三十日，李厚基乘靖安舰到南京，和齐燮元、杜锡珪相见，共同讨论反攻福州的计划。
十一月五日，李乘舰到了厦门，当他看到臧致平与高全忠同在码头上欢迎时，不禁大吃一惊。
原来臧已由上海先到厦门，高全忠顺势推臧为闽军总司令。臧向李表示，此行是为安抚部属，保全地方而来，并不反对北京政.府。
这时，曹锟、吴佩孚都有电到厦门，召臧致平北上，李厚基也劝臧应召前往，臧也表示同意。
不料十一月七日，臧鼓动第二师官兵向李讨军饷，吓得李、高两人逃往鼓浪屿。
八日，臧致平有电给陈炯明云：“李督军五日莅厦，致平往谒，重卸仔肩，俟有替人，即当北上。七日闽有少数溃兵邀同驻厦军队向李督索饷，李督即偕同高师长他往。是时致平适在鼓浪屿候船，挽救无及，厦门绅商请致平维持地方治安，致平仍本在漳州宣布之宗旨，与贵军一致行动（意指维持闽粤两不侵犯条约）。”
十一日，臧致平又致电北京政.府，报告李、高离开厦门情形，并表示“服从中央”。
国民党方面汪兆铭等主张不要迫使陈炯明完全倒向北方，设法阻止陈炯明帮助李厚基援闽，极力促成南方政.府大总统和陈炯明言归于好。
曾经是共同作战的战友，本没有深仇大恨，这样做肯定是明智之举。即使不能壮大自己的力量，至少多了个同盟军。但南方政.府大总统对陈炯明芥蒂极深，坚持要陈炯明写悔过书才可以不究既往。
南方政.府大总统被困在军舰上时。陈炯明就几次派人讲和，但都遭他拒绝。徐绍桢被派到广州和陈炯明联络，陈炯明拒绝写悔过书，调停遂告失败。
福建变成了群雄逐鹿之地，曹锟、吴佩孚调豫军常德盛师于十一月中旬先后占领光泽、邵武、建宁、将乐等县。粤军尹旅占领上杭、龙岩、永定等县。
十一月二十九日，李厚基到上杭与尹骥等举行军事会议，即派张清汝、王献臣为第一、二两师师长，拟联合粤军大举反攻漳州。
臧致平意欲独霸一方，本来拒绝“讨贼军”开入闽南。由于受到两面压力，便又转而与讨贼军及民军合作。
十二月十六日，两路会师泉州，张清汝逃往南安，所部五营缴械投降。王永泉部开往闽北，抵御常德盛师，十二月中旬接连收复将乐、延宁、邵武。
豫军常德盛师退往江西境内杉关、黎川一带。这时，福建的局势总算稳定下来。