段祺瑞表示撤销边防军有困难。对于撤换安福系三总长，是可以商量的，不过要求保证不要追查交通部和财政部的账目。
原来这两部因为支持安福系，挪用了许多公款，如果追查起来，麻烦就大了。可是，不把先前的账目理清楚，谁愿意带人受过，这当然是无法保证的事。哪个新部长上任，会接一笔乱帐。这一天的交换意见，基本上是无果而终。
此后一连三天，大家在幕后磋商，段祺瑞都不肯让步，只是要张去疏通和劝导曹锟让步。
二十六日，张作霖没耐性了，吩咐路局替他预备专车，准备离京，这一下段祺瑞受不了了。
二十七日，段亲自到奉军司令部来见张，挽留他不要离京。
段表示靳云鹏坚决不肯复任总理，这一来内阁势必改组，全班人马都需要调动，安福系三总长自然随之下台。新内阁中，至少交通总长要保留，这是他们的底线。
此前，张作霖曾和靳云鹏密谈过，靳表示自身若再留任国务总理，必无良好结果，因此拜托张作霖不要再挽留他。张了解靳的处境，决心放弃挽留靳任阁揆的努力，因靳的去职，三总长自然也跟靳去职，问题确实是随之而解决。
于是，内阁问题又集中到新内阁总理的人选，经过相关方面协商，多数人主张周树模出来组阁。
二十九日，徐世昌邀请段祺瑞和张作霖两人到公府举行会商。就保定会议所提出的五项条件，徐提出折衷意见，主要是安福系三总长退出内阁，解除徐树铮西北筹边使和西北边防军总司令职务，所部改归陆军部直辖，新内阁由周树模出组，靳云鹏仍担任陆军总长。
当场段祺瑞基本没怎么说话，也没有对这些问题发表意见。
第二天，段祺瑞召集安福系重要人物，讨论先一天在公府会议的情形。徐树铮等人这时为了自身生存问题，坚决主张采取强硬态度。
徐树铮强调：三总长不可以退出内阁，最大让步只能接受把西北边防军改归边防督办直辖，他本人必须留任西北筹边使。
小徐看着在一旁一直闭目凝思的段祺瑞，没有人比他更了解段是多么的意气用事。
便用挑拨的口吻说：“如果超过这个限度，就是不替督办留余地，而我辈今后也抬不起头来了。”
听了小徐这番话，段使劲地把桌子一拍，大吼道：“对，我们不能再退了。他们欺人太甚。”
张作霖听说段祺瑞态度又转为强硬，便又跑到团河来向段告辞。
这次段变了脸，不待张开口便咆哮地说：“吴佩孚区区一师长，公然要挟罢免边防大员，此风一开，中央政.府威信何在？徐树铮不费一枪一弹收复外蒙，有什么地方对不起国家，一定要他去职，分明是给我难堪，太欺负人了。你们一定要他去职，必须同时罢免吴佩孚！”
保定方面听说西北边防军准备改归边防督办直接统辖，认为是换汤不换药，皖系毫无诚意，不止是敷衍，简直是玩弄直系，所以非常愤慨。
张作霖虽是一个老粗，但他粗中有细，且智慧超人。他了解问题的症结在于“解除徐树铮的兵权”，这不止是直系的愿望，也是奉系的愿望，如果小徐兵权解除，其他条件便容易谈了。
可这却是最难让段祺瑞接受的，当年为了小徐，段不惜和他受恩深重的老长官袁世凯反目，今天自然不会为了对直系让步而牺牲小徐。
段的为人刚愎自用，自信自专，这些都是张作霖所了解的。他自己感到调和已不可能，所以三十日他又备车要离北京。
这次不是段留他，而是徐世昌留他，徐世昌认为张作霖一走，战争便无可避免，所以再三再四挽留，请张再作最后的努力。
但是，局势已经走进死胡同。小徐不但没有牺牲自己挽救大局的胸襟，反而从中作梗，安福系更是变本加厉。在这样情势下，张作霖纵有三头六臂，也无力回天了。
七月一日，保定发表了直军将士告边防军、西北边防军将士书。
言道：“直军全体将士致书于边防军、西北军全体将士曰：我辈谊切袍泽，情属手足，谨抒亲爱恳挚之宣言，敬告于明顺逆知大义者，夫同类不相残，同国无义战，千古之铁案也。我祖轩辕氏制兵之始，原为对外之用，北逐荤粥，南驱苗蛮，中原始有此一片干净土。洎平北伐玁狁，西御氐羌，与匈奴、突厥、金、元、满、蒙角逐中土，无非借我**，固吾圉也。充国屯田，德裕筹边，天下有道，守在四夷。
“我国边防军、西北军之设制，为对外御侮之嚆矢，凡属袍泽，畴不以手加额，踊跃三百，边防有托，西北无忧矣。乃野心权利者，利用愚民政策，采取军阀主义，拥我数十万朔方健儿，以为同室操戈之用，不以防边，而以防内，凭借西北，讨伐西南，直视我堂堂**，桓桓武士为一家之鹰犬。在昔**时代，天子讨而不伐，诸侯伐而不讨。西南各省同隶版图，既无卖国媚外之罪，又焉有侵凌讨伐之理。矧共和国家，以人民为主体，人民并非欲萁豆之煎，军阀偏欲表鹬蚌之持，剥我人民脂膏，以重苦吾民，耗我国家饷糈，以疲困吾民。我国民何负于军人，我军人更何仇于国家。天良未泯，浩气犹存，既非至愚，终当觉悟。孰甘为少数私人作牛马哉？亚圣有言：‘民为贵，社稷次之，君为轻。’诗曰：‘戎狄是膺、荆舒是惩。’凡我军人动作，均应以对外为主旨，以民意为依归。是在我军人有觉悟心，尤贵我军人有辨识力。
“彼野心私利之徒，动辄曰服从命令，拥护中央。试问此项征讨命令，是否出于元首本心？即令出自元首，是否本于真正民意。为治命耶？为乱命耶？稍有常识者类能辨之。挟天子以令诸侯，久为权奸之惯技。安福系跳梁跋扈，而指挥安福祸国者，惟徐树铮一个。我昂藏七尺男儿，讵甘心供其驱使耶？彼安福系以路矿抵押外人，屈膝借债，豢养**以残害同胞。我**不乏忠义之士，明达之人，孰肯为一党一系效死命哉。上年鲁案发生，我**有协力对外之热忱。借债发饷，我**有不受外饷之义愤。全**人，闻风兴起。……
“全国本属一家，焉有南北之界？北洋原系一体，何有皖直之分？**同仇对外，又安有芥蒂之嫌？边防军创边防之基础，西北军开西北之宏图。我同胞方且崇拜之，敬仰之不暇，更焉有水火虞邪？此次直军撤防，原为扫除祸国殃民之安福系，及倡乱卖国之徐树铮。对于先进泰斗，同气友军，毫无挟带恶感，及并峙对敌行为。乃彼少数奸人，自知无立足之地，故为捏造流言，怂恿当道，不曰与‘合肥督办为难’，即曰与‘边防军西北军构怨’，是等无意识之谰言，希图妄施离间。我亲爱友军必不为其稍动。
“此后凡我军人，遐迩一体，披肝沥胆，敌忾同仇，耿耿此心，可对天日。外御其侮，内息阋墙，堂堂男儿，绝不坠其收买离间术中。……我边防军暨西北同袍果有能先我着鞭，驱除徐树铮，解散安福系，以顺人心，而慰民望者，则既可建拥护元首之大勋，更可全维持合肥之令名。非但所以爱元首爱合肥，亦即所以爱国家爱人民也。直军愿执鞭弭以从其后。他日历史增荣，俾直军得附边防军与西北军之骥尾，则荣幸多矣。袍泽志士，盍兴乎来！直军全体将士敬告。”
民国九年七月二日，徐世昌正式下令批准靳云鹏辞职。
靳在请假期间，国务总理是由萨镇冰代理。靳辞职后，亦竭力推荐周树模组阁，自己愿意担任陆军总长。
靳的坚决求去，是因为安福系三总长遇事和他作对，而在直皖两系磨拳擦掌，跃跃欲战的局势中，他感到左右作人难，更怕皖系以他为叛徒。
他之所以愿意退居陆军总长地位，是怕他不做，会给他的死对头小徐腾出地方。
七月四日，徐世昌在总统府举行特别会议，参陆处员均到。会议结果，决定西北军改归陆军部辖。西北军司令部即撤销。徐树铮开去筹边使，改任将军，遗缺由李垣署理。
散会后即由总统府拟定命令共有三项：
（一）特任徐树铮为远威将军。
（二）徐树铮应即开去西北筹边使，留京供职，西北筹边使着李垣暂行署理。
（三）西北边防总司令一缺着即裁撤，其所部由陆军部接收。