那日一起参与讨论的术士之中有个叫刘生的，嫉妒卢生、侯生平日受始皇帝宠信，听到这番话便去向始皇帝告密。
始皇帝听说之后勃然大怒，命人封锁所有城门，进行全城搜捕，务必抓捕归案！然而此时二人早已逃出咸阳，守城士兵大肆追捕三日，并未捉到。
始皇帝训斥了咸阳令后，心中的怒火仍然无法排解，于是招廷尉蒙毅说道：“我以前收取天下书籍，将不合时用的全部烧毁，为的是统一思想，营造太平盛世；朝廷还招集了很多术士，希望炼制仙丹，得到奇药，以保太平！”
蒙毅见始皇帝怒气正盛，不敢顶撞，只得顺着说道：“陛下所思所想都是万世之计，企是这些江湖术士所能理解？”
始皇帝并不理会蒙毅的话，接着道：“我为他们付出了如此之多，这些人却是怎么回报我的呢？韩终离去后一直不来复命；徐福等人耗费巨万建造巨船，入海寻仙，至今也还是没有得到仙药；我对卢生等人很尊敬，赏赐丰厚，如今他却诽谤我，来加重我的不仁！
我现在每天听到的都这些术士以寻仙之名来欺骗朕钱财的事！如今这些术士不但找不到仙药，还聚众抨击朕，甚至制造怪诞邪说来惑乱百姓！是可忍孰不可忍！”
“陛下息怒，这些宵小之徒都是欺世盗名之辈，不值得陛下动怒！”
“你说蒙蔽皇帝该当何罪？”
蒙毅不敢怠慢，道；“欺瞒皇帝，罪当死！依照刑律要活埋。”
“蒙毅，你立刻派人捉拿咸阳城中的术士，严加审讯，凡是打着仙人的幌子行骗之人一律下狱！私下有议论朝廷过失的人也一律逮捕！”
“臣领旨！”
于是蒙毅派人抓捕并审问咸阳城中所有的术士。很多术士以前都只是街头的地痞，没有什么骨气，只是为了迎合皇帝的欲望才诈称见过仙人，此刻为免除自己的罪过，互相告发。
最终查出触犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在咸阳活埋，借以警戒后人。其余罪过轻微的则全部派遣到边境戍边。
听到这个命令，蒙毅大吃一惊，他负责案件的审理汇总，知道其中很多人是被其他人诬陷的，并没有罪，并且其中不少都是儒生出身，为寻求进阶之梯才当了术士，对帝国文人都有很大的影响力，因此蒙毅劝谏道：“陛下！四百多人之中不少是被牵连进来的，罪不至死，请陛下三思。”
始皇帝自从扫平六合以来，一直认为自己功盖五帝，前无古人后无来者，没想到卢生和侯生竟然这样议论自己，不仅否定了自己所有的功业，而且连一个合格的皇帝都算不上，其心中恼怒可想而知！如今当事二人全部逃脱，怒火无处发泄，如今蒙毅却求情，心中怒火又起，斥责道：“蒙毅！你也糊涂了吗？天下之大，如果我连自己的尊严都无法保全还如何治理国家？这些术士仗着我平日对他们的宠信，竟敢在背后抨击朝政，扰乱民心，如何能饶恕！你不必多说了，立刻处死所有在押的术士！”
蒙毅见到始皇帝如此决绝，知道再劝下去也不会有结果，只会更加激怒始皇帝，不得已只能领命而去。
长子扶苏与蒙毅一向交好，扶苏还娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶苏的脾气，知道他如果知道此事也一定会去劝谏始皇帝，因此出来皇宫便马不停蹄的赶到扶苏住处。蒙毅下马，连忙往长子府奔去。此时，扶苏正急匆匆的出门，二人差点迎头相撞。
蒙毅见扶苏一身朝服打扮，知道自己所料不错。但此刻他却假装不知，问道：“公子这是要急着干嘛？”
扶苏道：“听说父皇要处死四百多个术士，蒙兄赶紧同我一起前往劝谏父皇，阻止这件事啊！”
蒙毅连忙拉住扶苏，道：“公子此刻千万不要莽撞，陛下正在气头上，现在去劝谏非但阻止不了坑杀之事，还极有可能惹火上身！”
扶苏不满的说道：“我一直以为蒙兄是忠义之人，如今怎可见死不救？此刻不去劝谏，杀了这些术士，天下人必将认为父皇不明是非，滥杀无辜，大错一旦铸成，必将留下千古骂名啊！”
“此事我当然明白，不瞒公子，我刚刚就去劝谏过陛下，但现在陛下怒火难消，是听不进去劝谏的！”
“即使父皇不听我也要去！至少要让天下知道父皇身边还有忠臣！”
蒙毅拉住扶苏，急道：“公子三思啊！陛下身体日渐衰老，册立太子是迟早的事，现在不宜多生事端，触怒陛下！”蒙毅知道扶苏平日就与始皇帝多有芥蒂，这也极有可能是始皇帝迟迟不肯册立太子的原因，此番如果再触怒皇帝，太子之位就又远了一层。
扶苏根本听不进去蒙毅的劝阻，道：“身为臣子知道皇帝的过失而不指正，那就是不忠，是小人的行为，我扶苏岂是贪恋权位之人！”
于是甩开蒙毅的手，径直出了大门。
扶苏来到王宫觐见皇帝，始皇帝怒气刚刚平复了一点，正在批阅奏折。
扶苏进来之后，开门见山道：“父皇去年刚刚焚烧了天下之书，如今又要坑杀儒生，孩儿以为不妥。”
始皇帝冷笑一声，“哪里不妥？说来听听！”
“现在天下平定不久，百姓尚未被安抚，儒生们主张学习效法孔子行仁政，是有利于天下太平的！不应当用刑罚来惩罚他们。而且这样也会留下父皇擅杀的污名。”
始皇帝一直认为自己被欺骗，现在扶苏又来指责自己，刚刚平复下去的怒火一下又被点燃，一把将手中的奏折扔到桌上，生气的说道：“这些儒生到处散布谣言，抨击朝政，混淆视听，难道有利于天下稳定吗？我如今还活着，他们就那样污蔑我，容忍他们就能留下美名了吗？”
扶苏争辩道：“古人云，防民之口甚于防川，天下如此之大，又如何能够完全禁止的了？只有修圣德才能慢慢感化他们！”
始皇帝一向不喜欢儒家的学说，更加生气，道：“你何时也学会了儒生那一套？动不动就仁政、圣德，如果这也可以治天下，为何周天子制止不了诸侯纷争？看来只有让你见识一下杀戮，你才会知道儒生主张的那一套在现实中是根本行不通的！”
看到始皇帝发怒，扶苏不敢再争辩。父子二人沉默了片刻，始皇帝道：“你去陇西一带辅佐蒙恬监军吧！”
当日，始皇帝就下诏，令扶苏到北方监军。蒙毅得知消息后，喟然长叹！