此时由于武汉重镇汉口被清军攻陷，黄兴在汉阳一带指挥革命军与清军进行殊死搏杀，但革命军力量薄弱，武器装备和弹药补给都远远不如北洋军，因此武汉革命形势岌岌可危，南京能否及时光复，关系到辛亥革命的成败。
相比苏州、上海和浙江等地的起义非常成功而言，在江宁的南洋第九镇起义可以说还没有来得及起义就被扑灭了苗头。
原来，江宁城内原本驻有新军第九镇7000余人，但还另有江南提督张勋的江防军和巡防营等旧军2万余人。因武昌起义是由新军发起的，所以清政府对第九镇的新军也不放心。两江总督张人骏和江宁将军铁良都认为新军已经靠不住了，因此故意不予补充弹药，并派江防营进行监视。
10月31日，张人骏又命新军第九镇限-优－优－小－说－更－新－最－快--期从城内移往距城城南30公里的秣陵关，为了让调防显得名正言顺，张人骏承诺给新军每个士兵发放150发子弹，并配发重机枪子弹10000发，由于与萧震雷约定的起义时间没有到，徐绍桢也不敢轻举妄动，他得不接受张人骏的调令，率部驻防秣陵关，可驻防秣陵关之后，张人骏并没有派人送来承诺的弹药，徐绍桢这才知道上了张人骏的当，可在弹药不足的情况下，而且约定的起义时间没到的%情况下，他只能忍了。
驻守在镇江的是十八协三十五标和三十六标，三十六标一营管带林述庆是同盟会革命党人，他联络暗中联络官兵。并亲自奔走在沪宁之间，准备起事。而且还联络徐绍桢，准备于11月4日准备一同举事。
可是就在徐绍桢准备举事的前一天夜里。也就是11月3日夜里，江宁城内的同盟会革命党人苏良斌等人在没有知会徐绍桢的情况下率先起义，苏良斌等人是从武昌秘密潜回江宁的，事先也不知道江淮一带的革命党人已经约好了11月4日起义，他们提前一天起义打乱了徐绍桢等人的全部计划。
苏良斌等人半夜纵火，使巡防营与督署卫队中有革命倾向的士兵，误认为新军已到，于是积极响应，但仓猝举事。以及自身力量的不足，导致城内原有可作为内应的军事力量，被张勋等一网打尽。徐绍桢已经布置好的原有里应外合的计划宣告破产。
第二天得到消息的徐绍桢当机立断，下令第九镇全体官兵兵分三路向南京城进攻，第十七协协统沈同午担任总指挥，率三十三标和三十四标向城南的雨花台进击，另外两路分别向通济门、汉西门发起进攻。次日，各路部队均到达无名河南岸高地。新军一路打着兴汉灭满的口号，声势浩大。午后中路先遣队到达花神庙北端，在这里他们遇到了被城内起义部队击溃的都署卫队，误认为城内起义已经成功，即高扬白旗。但此举被张勋的江防营部署在雨花台的守军发现，守军当即发炮猛击新军部队，由于补给不足。新军奋战到晚上已筋疲力尽，弹尽粮绝。
幸亏当时天黑之后天降大雾。这为新军的撤退提供了庇护良机，经过收容整顿后。徐绍桢率大部分部队沿着句容大道退往镇江。在这次起义中，马队伤亡300余名，三十四标死400余名，三十三标300余名，炮标10余名，连工程队等，共计不下一千余名。
与徐绍桢等人率部进攻南京不利后撤退的情况不同，镇江方面在第九镇第十八协协统孙铭的率领下一举攻克了镇江，并歼灭了镇江城内的旗兵万余人，随后宣布镇江光复，成立镇江军政府，可在由谁当任镇江军政府都督的问题上，革命党内部发生了严重的分歧，同盟会等人一致推举三十六标一营管带林述庆出任都督一职，可他的职位才是一个营管带，而这次起义是由十八协统孙铭统领指挥的，无论是在职务还是在军中的声望上，林述庆都远远不如孙铭，不过林述庆是同盟会的人，孙铭虽然是在铁血救国党的策反下发动起义的，但他不是铁血救国党的党员，他是无党派人士，在这个时期，有没有党派是极为重要的，就好比率部攻陷上海县城的李英石，因为他不是革命党的人，在推举上海都督的问题上，他连候选人的资格都没有。
在由谁当任镇江军政府都督的问题上，革命党内部有了严重的分歧，铁血救国党的人当然是支持孙铭的，而同盟会内部有一部分认为林述庆在军中的威望不足，难以服众，因此认为都督由孙铭来当最好，而其他大部分同盟会人认为孙铭不是革命党人，不能把刚刚从清廷手上光复的镇江交到不是革命党人的手上，这是对革命的不负责任，这种说法和理由在这个时候是很有市场的。
经过一天的商谈和妥协，最后采取了折中的办法，由林述庆任镇江都督，由孙铭任副都督，林述庆统领同盟会革命党基础较好的三十六标，由孙铭统领三十五标。另外俘虏的清军巡防营等3000多士兵一分为二，两个标各自得一半，此事才算让几方满意。
上海光复后，各路人马为这个上海都督的位置可谓是进行了激烈的争夺，甚至还上演了全武行，当着江淮工商界和各界代表大打出手。
11月4日这天，各革命党组织头面人物、与上海地方各界人士，便在小东门内海防厅连日召开大会，讨论独立后的措施。大家都认为上海地方重要，必须推举一个有能力统领军政的人担任都督。但在都督人选上，却发生了严重的分歧，有功于上海光复的四大势力都想染指，差点酿成内部火并。
可都督一职到底由谁来当任呢？同盟会方面竭力推举陈琪美，帮会中人和留日学生们也大多推举陈琪美。光复会和吴淞一带被光复会策反的一些巡防营军队支持李燮和，而上海地方绅商则推举李英石或钮永建。但是由于李英石并非革命党人。更不是同盟会员，在当时这种党派成见极深的情况下。是通不过的，连参与竞争的资格都没有，而钮永建虽然是同盟会员，但在资历上却完全不能与陈琪美相比，因此参与竞争的就只有陈琪美和李燮和。
李燮和这个人他是具有华兴会、同盟会、光复会三会会员身份的老革命党，活动能力颇强，是后期光复会三个领导人物之一。他参加了广州黄花岗起义，失败后到上海担任光复会上海支部的负责人，不久回湖南老家探亲。因被清政府侦探追踪即往汉口，正值武昌起义胜利，他受湖北都督黎元洪的特委，以“长江下游招讨使”的名义奔赴上海，参加光复上海之役中出其不意地立了首功，拿下吴淞、闸.北。当时按资望和功绩，陈英士略逊于李燮和，所以，连李平书都力倡举李燮和为都督。但是。他来上海不久，在上海没有什么基础，同时，光复会与同盟会虽自黄花岗起义已携手合作。光复上海又共同战斗，但相互之间的芥蒂并未消除，两会之间的倾轧随着革命的胜利而加剧。同盟会怎能把上海都督的桂冠轻易送给另一派呢？都督的竞争在上海光复后的两天时间里进入了白热化的阶段。
由于陈琪美当任上海都督是萧震雷与张謇等人事先商量好的，这样可以最大程度的缓和各方面之间的矛盾。但事情的发展并未按照他们的设想进行下去。
11月6日。在海防厅连续召开了两天的讨论会议，终于进入尾声阶段。张謇在一阵剧烈的掌声中作为大会主持人上台宣布推举结果：“诸位，诸位，我谨代表新军第二十三混成协、南洋第九镇革命军将士和江淮工商界各界同仁推举同盟会陈琪美先生当任上海军政府都督一职！”