长孙顺德和侯君集被押到了陈丧良的面前后，经过一番分开审问与当面对质，李渊李大使的交代终于还是得到了证实，始毕可汗确实试图收买过李大使，但起因并非因为李渊的主观恶意，完全就是误会所致，事后李渊也确实当着长孙顺德和侯君集的面烧了那道书信，同时没有任何的暗中与突厥军队的联络之举，也没有任何出卖勤王军队的行为——这点很好证实，如果李渊真想坑掉勤王军队，勤王军队此前就不可能连续取得三场大捷。
本来李渊还有些担心陈应良追查长孙顺德为何向突厥军队出卖太多勤王军情的罪行，好在长孙顺德向突厥军队出卖军情实际上也是出自陈应良的授意纵容，期间还牵涉到陈应良尝试利用长孙顺德坑害李渊的事，陈丧良在这件事上屁股也不干净，所以陈应良很理所当然的选择性遗忘了这个疑点，专而把矛头指向试图逃跑的侯君集，重刑拷问侯君集的逃跑原因与去向，更查问侯君集在暗中是否与突厥军队继续保持联系？
靠嘴皮子吃饭的侯君集身上没几根硬骨头，被阴世师麾下的军法队用鞭子抽了没几下，也就老老实实的交代了逃跑原因，说是他看到李渊父子被陈应良带走的模样奇怪，又看到报国军来迎接陈丧良，觉得情况不对又做贼心虚，就悄悄做好了逃跑准备，再看到陈应良派来抓长孙顺德，屁股不干净的侯君集就赶紧开溜了，又一口咬定说自己不是想跑去突厥报信，而是想逃回幽州老家藏身，此前也从来没有与突厥军队有过任何的私下接触。
侯君集的口供只是孤证，事关重大，陈应良和隋军勤王诸将没有一个人敢轻信，再加上陈丧良非常憎恶侯君集这个变态人奶控的为人，那怕明知道他位列凌烟阁也对他没有多少兴趣。所以陈应良对侯君集也没客气，接受了阴世师的建议，把侯君集继续交给阴世师麾下的军法队，让他们去用各种酷刑收拾侯君集，继续拷问侯君集的口供真假，也顺便为历史上那两位从小到大靠人乳充饥专供侯君集变态折磨的可怜女子提前报仇出气。
至此，李渊暗通突厥一事的调查暂时告一段落，在没有发现李渊叛国投敌罪行的情况下，陈应良选择让李渊父子暂时保住性命，等待将来隋炀帝亲自发落，也直接了当的对李渊和李二说道：“李大使，李二公子，算你们运气好，我暂时不杀你们，但将来皇帝陛下杀不杀你们，那就不是我所能决定的了。聪明的话，接下来就乖乖给我立功赎罪，多立些功劳，也许皇帝陛下还会网开一面，放你们一条活路。如果你们还想耍什么花招，到时候恐怕陛下就算想饶你们的命，也找不到饶恕你们的理由了。”
清楚隋炀帝的狗熊脾气，李渊父子当然知道陈应良这话绝对不是虚言威胁，更知道自己如果不赶紧干几件让隋炀帝满意的事，到时候隋炀帝绝对轻饶不了自己，所以李渊父子也只是连连磕头，叩谢陈应良的宽恕之恩，也赌咒发誓一定要为陈丧良上刀山下火海，赴汤蹈火，那怕粉身碎骨也要将功赎罪。结果这么一来，齐王杨暕就又有些不乐意了，站出来说道：“大帅，就算暂时没有发现李大使的叛国之举，再继续让他执掌兵权，恐怕已经不合适了吧？”
看了一眼不怀好意的杨暕，陈丧良大声说道：“传我帅令，河东慰抚大使李渊因身体不适，无法执掌军队，从即刻起，太原勤王军由李渊长子李建成代为统领，仍打李渊旗号，军中一应大小事务，由李建成代替李渊署理。李渊李大使，暂留中军营地治疗将养。”
“大帅，你……。”杨暕一听急了。
“殿下，请听微臣把话说完。”陈应良不动声色的说道：“微臣斗胆，想请你暂时充当太原勤王军的副帅，帮助李建成将军统领太原勤王军，遇事商量而行，如果出现争执，再由微臣出面协调处置，不知殿下能否降尊纡贵，暂时委屈一下？”
自打与陈应良携手合作以来，杨暕第一次开心的笑了，笑着说道：“勤王大事要紧，为了父皇的安危，本王理当全力协助大帅勤王救驾，请大帅放心，本王会给李建成将军当好副手。”
陈应良点头道谢，这才将自己的这两道人事命令公布全军，借以稳定军心，结果效果也还算不错，听说是李建成接替李渊掌管太原隋军，已经人心惶惶的太原隋军迅速重新稳定下来，李孝恭和许世绪等李渊死党也悄悄松了口气，李建成则是感激涕零，益发卖力的安抚太原隋军将士，陈应良被迫火线换将这才没有造成严重后果。同时因为料定李建成绝不敢与自己抢功的缘故，杨暕也非常满意陈应良的这个人事安排，没再提出过份要求，耐心只是等待首先杀入雁门城勤王见驾的头功。
处理完了太原隋军的事，也把李渊暂时软禁在了中军营地，接下来就该轮到李二和李靖了，对李二陈应良也没客气，直接就对云定兴说道：“云老将军，李世民将军隶属于你的麾下，但现在我的中军需要他，暂时把他留在中军营地，你那边没问题吧？”
“没问题，绝对没问题。”擅长站队的云定兴连眼皮都没眨一下，马上就一口答应，然后又主动说道：“大帅，要不要末将把柴绍也给你送来？”
“柴绍就算了，还是让他继续在你麾下听命吧。”陈应良微笑说道：“李大使那一大帮心腹战将我都能容得下，还能在乎他小小一个柴绍？让他继续留在你的麾下，有机会也让他上上战场，立些功劳，不管怎么说，我和他曾经也算是世交。”
云定兴赶紧又一口答应，然后迫不及待的大拍马屁，称赞陈应良心胸宽大，不念旧恶，以德报怨实乃道德楷模，君子典范。陈应良笑着谦虚了几句，然后才把目光转到李靖身上，目光中也十分复杂，半晌后，陈应良才向李靖说道：“李郡丞，现在可以告诉我了吧，你和李大使在军帐里，到底单独谈了一些什么？”
李渊和李二又重新开始提心吊胆了，生怕李靖在这个关键时刻卖了他们，交代出他们是找李靖打听过突厥内奸的实情，李靖则是神色平静，片刻才拱手答道：“禀大帅，下官与李大帅没谈什么，就是讨论了一下太原勤王军的新营地布置情况，大帅你也知道，下官虽是文职，对军事却有一定了解，排兵布阵与营地安排连你都赞不绝不口，李大使也知道下官在这方面小有所长，所以就和下官讨论了一下这些事。”
李渊和李二悄悄松了口气，陈应良则是目光疑惑，实在搞不懂李靖为什么现在还不肯说实话？李渊父子都已经被削去职权了，李靖怎么还不赶紧改换门庭？而旁边一直在猜疑李靖的阴世师更是不干了，马上站出来说道：“大帅，李郡丞与李大使过往太密，私下里接触不断，瓜田李下，难以分辨，以末将之见，最好还是让李郡丞去照料身上有病的李大使，也暂时不要担任军中事务。”
隋军众将纷纷赞同，都建议陈应良也把李靖削权软禁，李靖沉默不语，陈丧良也是犹豫万分，权衡利弊了许久，陈应良才说道：“好吧，既然李郡丞与李大使只是商讨军情，我们也没有发现李郡丞你有什么不法之举，那你就不必去伺候李大使汤药了，继续留在我的中军大帐听用吧。”
“大帅，你怎么如此疏忽大意？”阴世师一听急了，忙提醒道：“这个李靖嫌疑很大，你不能留啊。”
“阴太守，说到嫌疑大，有谁能比李大使的长子李建成将军嫌疑更大？”陈应良平静说道：“还有，和李郡丞比起来，李大使麾下那些将领官员嫌疑更大，你我连这些人和李建成将军都容得下，又为何容不下嫌疑更小的李郡丞？”
阴世师语塞，好半天才说道：“那起码不能再让他参与军机。”
“瓜田李下，下官也不敢再参与军机。”李靖主动接受阴世师的要求，又向陈丧良拱手说道：“大帅，下官知道你一定需要一个与突厥联络的信使，如果大帅不弃，下官愿意担当此任，以证清白。”
陈应良的目光又闪烁了一下，然后说道：“先下去休息吧，容我考虑。”
李靖拱手答应，当下陈应良立即命令士兵把李渊父子和李靖带到帐外看押软禁，然后又要求隋军众将严格保密李渊父子的事，避免被突厥察觉打草惊蛇，然后才宣布散帐，让众将回去休息，接着陈应良又赶紧领了阴世师和袁天罡等亲信，在军队的严密保护下到了太原隋军营地查看情况，直到确认李建成安抚军心得力，太原隋军营地并没有出现骚动意外，陈应良这才稍微放下心来，命令各营解除戒严，仅各自安排一支军队轮流警惕，预防万一。
命令传达，与太原隋军营地接壤的谯彭隋军、江都隋军和左屯卫队伍先后解除戒严，尽管陈应良派人对外宣称说戒严是因为李渊突发急病，为了预防万一才被迫如此，但勤王联军的军心士气还是不可避免的受到了一定影响，军中无论如何都有些小道消息私下里流传。发现了这些情况，陈丧良难免有些忧心忡忡，阴世师和袁天罡等心腹也向陈应良提醒道：“大帅，阵前换将的影响还是太大，我们如果不赶紧想办法把军心士气重新振作起来，只怕战斗力会受到巨大影响，军心也会更加的慌乱。”
陈丧良点点头，然后突然问道：“关于李渊的事，你们说，我该如何用好李渊和始毕贼酋这层关系？”
“派人打着李渊的旗号去见始毕贼酋，直接说突厥内奸就是阿史那·思摩，诱使始毕贼酋杀了这个突厥大将，把突厥的军心士气也打下去。”阴世师建议道。
“这么好的机会，只用来杀一个突厥大将，太浪费了。”陈丧良摇头。
“那下官就不知道了。”阴世师无奈的答道：“下官对于计谋之道不是很精通，实在想不出什么好办法用好李渊和突厥这层关系。”
姓阴的阴世师都想不出什么好办法阴死突厥军队，就更别说老古板魏徵和大科学家袁天罡了，全都没办法在计谋方面为陈应良提供什么有用的参考意见，陈应良则是因为对突厥情况不够了解的缘故，绞尽了脑汁也想不出什么好办法用好李渊这枚棋子，榨干李渊身上的油水。被迫无奈之下，陈丧良只得是借着巡营的机会，顺便进了王世充的指挥帐，向自己出了名狡诈的老丈人王世充求计，看看他能有什么好办法阴死突厥军队。
王世充确实比阴世师等人更擅长战场奇谋，给陈丧良提出了一个请君入瓮的计策，建议陈应良派人冒充李渊信使与始毕可汗联系，假称为始毕可汗充当内应，引诱始毕可汗出兵再来偷袭隋军营地，隋军乘机再次布置埋伏，再打一个胜仗大败突厥。