率众暴乱的三个张营票帅都在混战中为韩衮部所斩杀。韩衮部的到来，扭转了局势，王来兴部随之反攻，两下合力，将张营的兵士们驱逐回了东面的张营大寨，并且堵住了几处寨门。
张营中，支持暴动者本就不是全部，现在暴动的主要策动人皆已脑袋搬家，望着寨外被赵营用长杆挑着来去示众的三颗血色头颅，营中的温和派重新占据上风。韩衮秉承赵当世的叮嘱，不断派人入营游说，威逼利诱下，张营最终放弃了再动干戈的念头，转而开门求和。
被张妙手带去褒城的有一千五百余人，留在城固的，还剩四五千之众，其中包含了许多老弱妇孺。韩衮与王来兴基于稳妥的考虑，没有放任自流，而是先将营中丁壮全都缴了械，之后不顾劳烦，一步一赶，将这四五千人监督着一路“押解”到了褒城。及张妙手部和看管他们的赵营后营、马军营俱入褒城，已是三日后。但在两日前，赵营的整编已然开始着手。
这次的整编，单从结构与规模上看，超出以往任何一次。主要参与者不止赵营的一帮老人，昌则玉、惠登相等新附众也包括了进来。战争需要谋定而后动，比战争更重要的内务更是如此。直到韩衮、王来兴带着张妙手上下人马到了褒城，为期两日的整编研讨才算有了个结果。
整编的首要成果，排第一位的，就是确定了赵营日后可能会在很长一段时期内都奉行不变的军事体制
先说军队编制，在反复讨论后，赵当世“博采众长”，确定了一个具有长期稳定性的方案：编制的最高级别为“军”，往下辖有若干“营”。每个营下面辖有若干“司”。每个司则如最初一样，五百人一满编，辖有五个“队”。每队百人，分五“行”。每行二十人，分四“伍”。伍是赵营最小军事单位，由五人组成。
军、营、司、队、行、伍六级，构成了赵营的军制主体。
一军之长的职位，赵当世考虑了很久，也参考了过往历朝诸多军职，最后还是打算以“总兵”称之。虽说赵营尚为流寇，用此官军之衔未免不伦不类，但话又说回来，拿一个生僻的古时军职出来，恐怕很多军将兵士心中都没有概念。而“总兵”二字固然粗滥，理解成本却也最小，各级军将一目了然便知此为一军之最高职。
徐珲开始表现出对此的强烈抵制，但昌则玉举了元末的例子，当时正朔在元，可天下叛军，无论文武大多套用元军官职以便于管理，也包括后来成功开国的朱元璋。甚至现在明军的许多军职追根溯源，都是来自于蒙元。况且当今流寇中，并不乏取官军职务自用的例子。以此类比，赵营的举止实不足为奇。
赵营现在是“名不正言不顺”，但众人拼命至今的意义，不就在打破桎梏、推翻暴‘政吗？若是自己在心底里都没有给自己一个正确且长远的定义，一直自认为寇、自甘堕落，那继续发展的意义何在？
徐珲被昌则玉一番话说得哑口无言，看上去还有些不快，但终究没再坚持。与他相反，侯大贵等人则是一脸兴奋。想自己苦哈哈大半辈子，不想有朝一日还能捞个“总兵”当当，不管是官是贼，手底下好歹也有成百上千的兵士管着。只此一点，就比明廷无数吃空饷度日的光杆总兵要强上不少。
一军除了总兵，尚有“参军”作为辅佐。参军无实权，只是在军务上给予总兵建议与指导，这对已经习惯了文员在侧的赵营众军将来说，并不难理解。
军之下，是营一级别。主职与前同，称为“千总”，千总身边亦仿效总兵，有“参谋”为辅。其下的司，称“百总”如旧，再下队、行、伍则分别称“队长”、“行长”、“伍长”。
以上是为赵营野战部队的军事编制。除此之外，赵营还视日渐重要的其他具体事务，设置了六个最为紧要的职位——亲养司指挥使、特勤司指挥使、稽察使、教练使、钱粮使、内务使，统称“六使”。
亲养司指挥使和特勤司指挥使都是从当初的夜不收中细化出来的职位。笼统来说，亲养司即赵当世的亲兵卫队，负责保卫主帅，而特勤司是将夜不收的打探、监视、渗透乃至刺杀等等特殊职能分出来组成的机构。
稽察使的主责在于制定军纪，并纠察各种失职、渎职行为，量刑定罪也在其职权范围内。
教练使则负责统带诸多“教头”，这些人都是营中选拔出来的武林高手，各种流派都有，负责在训练时给予军官、兵士格斗技击上的指导与更正。