这场后世史家称之为“宫之焚”的大火，整整烧了一天一夜还多。子末丑初，第一个火头自“御车寄”冒起；直到次日卯初，整个“御所”的大火才完全熄灭。
精美恢弘的“御所”一片焦黑，到处残垣断壁，再也找不到一间完好的房屋。
士兵们一边搬开断梁残瓦，搜寻尸体和可能的生还者，一边往废墟上浇水，防止死火复燃。“御所”中，处处余烟袅袅，时时水汽弥漫，和刺鼻的焦臭一起，共同构成了一副诡异的“有味道”的画面。
太阳升起来了，光柱在烟雾和水汽中穿行，人影晃动，却没有人高声说话，火灾现场笼罩着一种令人不安的寂静，使得这幅画面显得愈加鬼魅。
一具具尸体被摆在已经变黑了的“白沙地”上。这些尸体，有的已经焦烂扭曲，面目全不可辨；也有的是死于浓烟窒息，形状尚算完整。
情形愈来愈不对劲。
寻找尸体和生还者的工作已经进行了大半，但不论是死是活，迄今没有找到一个宫内的真正重要的人物：
今上天皇；孝明天皇的异母妹妹敏宫；孝明天皇的遗孀们，“女御”——皇后九条御子，“典侍”——妃嫔，包括今上天皇的生母中山庆子，还有两位在“和宫下嫁”中发挥重要作用、曾经名列“四奸二嫔”的堀河纪子、金城重子——前者的另一个身份是岩仓具视的姐姐，后者的另一个身份是千种有父的妹妹。
这些人，统统不知下落。
不能完全排除有人烧得面目形状不能辨认——但这种可能性很低。因为火头是从西边的“御车寄”烧起的，由西而东，再而北，这才烧到天皇居住的“常御殿”，最后才烧到先帝的皇后、妃嫔们居住的地方。以上人士，应该有足够的时间逃生，一个都没逃出来。绝无是理。
当然，也可能全部都逃了出去。火头既然由西而东，再而北，如果要逃生，自然是向东、向北，而萨摩藩守卫的乾门，就在东北方向。
萨摩藩一口咬定：这些大人物。俺们一个也没有看见。
更加不对劲的是，倒幕派那几位最重要的公卿，如中御门经之、中山忠能、岩仓具视、千种有父，迄今不见踪影。
幕府派人上门查问，几家人都是相同的说法：前天傍晚，宫里来人将老爷传走了。
最有意思的是：同时传进宫去的。还有几位大人的世子。
情形愈来愈清楚了：这是“火遁”啊。
乾门虽说由萨摩藩掌握，但幕府的探子和新选组一样在暗处施以严密监视。正常情况下，不管白天黑夜，几十至百来号人，加上必不可少的辎重，从容出宫而不被发现，没有任何可能。
但“御所”大火。幕府和会津藩的注意力被火势吸引，精力完全放在灭火上面，加上其时的局面混乱无比，此时在夜幕掩护之下，趁乱出宫，最是神不知、鬼不觉。
而且，大火继续燃烧，整整又烧了一天一夜。于是。在被发现“人不见了”之前，逃亡者们就有了足足一天一夜的宝贵时间，消除踪迹，远离追兵。
“清君侧”的口号嚷得太凶了，居然把“瓮中之鳖”吓跑了！