“奉上谕，杭州将军查木杨勾结贼寇，干犯国法，已然伏诛，着闽浙总督赵国祚捕拿一干人等，有妄动者杀无赦！”
在处置了查木杨等人后，左世永和赵登龙随即率军将杭州八旗的驻地围了个水泄不通。
见已方的兵营被绿营包围，杭州驻防的八旗无一不义愤填膺，他们都是八旗子弟子弟，何时受过绿营的冤枉气，但愤怒归愤怒，八旗兵将们却没有在脸上表现出来，因为赵登龙手上实实在在拿着一道明黄色的圣旨。
杭州驻防八旗甲喇章京屯塔却有些不放心，一力要求赵登龙把圣旨拿来，他道：“查将军在杭州任上尽心尽力，又是满洲人，如何会勾结贼寇？”
赵登龙大怒，提刀喝道：“屯大人，……你这是质疑圣上的圣旨吗？难不成尔是查木杨的余党？”
“我……我……！”
军营被围，自家将军大人又生死不知，屯塔未免有些气短，当然他也不信这些绿营兵会敢对满洲兵动手，在赵登龙的逼迫下，只得无奈地抛下了手中的武器，表示愿意奉赵国祚的号令。
可屯塔万万没有想到，在杭州八旗放下武器后，这帮绿营兵竟然在大营内开起了杀戒，只小半个时辰，就把营内的满洲兵剿杀殆尽。
解决了杭州八旗后，赵国祚又飞檄福建汀州镇总兵蒋勋、福宁镇总兵黄大来、漳州镇总兵陈洞、建宁镇总兵敦柱，让他们尽快赶赴临安行营，以应付攻入浙江的长毛贼寇。
黄大来，字君甫，陕西人。行伍出身。从小习武，清康熙初年投军，在浙江提督赛白理帐下充作小校，因素有武力，被赛白理看中。
康熙十三年，耿精忠反复，黄大来举旗奋进，杀败叛军，因功擢升为福宁镇总兵。
蒋勋是福建安平人，康熙三年以武举入军，康熙十四面随军征讨靖南王耿精忠，屡立战功，累迁至汀州总兵。
至于陈洞和敦柱二人，亦是因随军击退耿精忠和郑经军，因功做到了总兵的位置。
赵国祚调诸人入浙，其目的正是收缴几人的兵权，好整合闽浙地区的绿营兵。
与此同时，福建水师也完成了对澎湖郑军残部的搜索，兵锋直逼东番本岛。
施琅是真的没想到这次攻略澎湖居然会如此顺利，自五月份出兵后，仅仅两个月登陆澎湖，更没想到和明军决战时，台风会转向，让大清军不费吹灰之力就解决掉了刘国轩部主力。
此战共毙伤明郑军一万两千余人，俘五千余人。击毁、缴获战船一百九余艘。唯独刘国轩率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛郑军遂向施琅投降。而清军付出的代价仅仅是阵亡三百二九人，伤一千八百余人，船只无一损失。
要不是考虑东番水道非常险恶难行，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，意图迫降明郑军。为此施琅在澎湖禁止杀戮，张榜安民；发布《安抚输诚示》。并派原刘国轩副将曾蜚赴台。派人医治受伤战俘，给他们补给衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守澹水的何佑首先私通施琅。
面对施琅的军事压力，东番本岛的明郑军将领，提出了三个不同的意见，有人认为东番本岛险塞难行，即便是施琅海战获胜，要想登陆东番也不是轻而易举的事，也有人认为当攻略吕宋，重新寻一块根据之地，还有人认为，明郑水师已然大势已去，还不如投降清廷，如此也能保全家小。
东番岛上人心不稳的消息迅速由何佑传到了在澎湖的施琅处，到了这个时候，施琅知道大事是真正的定下了，可欲招抚东番残部，他一个水师提督显然是没有资格的。