那时的西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还明侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件。
他于1603年12月10日乘船前往澳门，并趁机刺探大明政府有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对大明比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述明侨起义事件，并附上致大明官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交大明方面。葡萄牙人非常在乎每一次屏蔽大明的机会只有他们才是大明的老朋友。
直到奎瓦等人抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的大明富商到澳门与其会见，答应把函件转交大明官员，设法动员明侨继续贸易。
奎瓦当时在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的明侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于1605年5月底、6月初由大明贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交菲律宾总督、马尼拉最高法院和马尼拉大主教。
檄文未对屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证明侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，大明仁义之大”。
这事情的处理，还真不能一味责备明朝。
明朝未出兵讨伐还有当时现实条件的限制。
在西班牙屠杀明人大致同一时期，大明王朝进行了三场大规模战争：在西北的宁夏，西南的播州，特别是从万历二十年（1592）开始的长达7年与日本在朝鲜进行的战争。
这三场大战明朝都取得胜利，但国家军事和财政能力损耗极大。
明朝的被迫纵容使得殖民者对菲律宾明侨的欺压更加有恃无恐，绝境中的明侨不堪其苦。
1639年，明侨们再次发动起义，并坚持近4个月。
这一次，西班牙殖民者彻底杀红了眼，无数明侨平民包括虔诚的天主教徒死于屠杀。
这一次又让马尼拉市场上一片萧条，再加上外有荷兰东印度公司的有意打压，西班牙殖民者只能依靠着从美洲运送来白银苟延残喘……
汉唐集团事先做出了一个总的估算，他们认为美洲白银的产出在16世纪约为吨，17世纪的约为吨……当然，现在17世纪只是过了一半。
其中，美洲白银流入到明大陆的主要方式和主要路径，就是船运，西班牙人用后世有名的马尼拉大帆船启运，通过阿卡普尔科到达马尼拉，然后在与东方的直接贸易中流出。
根据各项数据，汉唐集团认为明代时大陆从马尼拉贸易中得到的白银为87，750，000两，即万比索，约合现代计量单位为4212吨。
而与此同时，美洲白银通过太平洋运到菲律宾的数额，总共达到4620吨。
不过汉唐集团还有另一份资料。就是从1563年开始，波托西等地银矿采用水银分离纯银的方法，使白银开始进入产量激增的时期。
马尼拉大帆船航线开通后，以平均每年150吨来计算，这20年共运输了3000吨白银。
考虑到运至马尼拉的白银基本上都流人了明大陆，因此，综合起来，1570—1644年通过马尼拉一线输入明大陆的白银约7620吨。
这两笔算法明显有差异，但汉唐集团跟本不在乎……他们想要的可不仅仅是这些。
由此也可以看出明大陆沉淀了多少白银。
不过，也正因为如此，西班牙国内竟有人提出放弃菲律宾的提议。
原因是菲律宾吸走了美洲太多的白银了……汉唐集团很是注意到这个人的资料，还不错，此人在西班牙地位还是挺高的……
汉唐集团的到来，直接为西班牙人清除了第一个压力……明大陆来菲律宾做生意的明商数量显着提高。
西班牙殖民者搭了汉唐集团的便车，利用汉唐集团的战争结果，为自己打开了商贸大门，却对汉唐集团没有丝毫表示感谢……更重要的是，还有两笔血债还没有考虑补偿，这个问题很严重啊。
但是，现在好像还不是能够算账的时机，西班牙人还是汉唐集团重要的一枚棋子，汉唐集团对他们固化的阶层制度，虔诚的天主教意识，更有那遍布全国的宗教裁判所感到满意我们的经历都不算啥，想要比烂，机会真多啊。
汉唐集团只能捏着鼻子认同他们……只能在心中有怨念。
可是，汉唐集团心中的怨念丝毫没有影响到菲律宾总督查孔吃早饭的心情。
这几个月来，菲律宾马尼拉的市场慢慢繁荣起来，各项税收也开始猛涨……菲律宾总督查孔今天早上多吃了几片面包。
菲律宾总督查孔刚刚在办公室里坐好，他的侍从官就把商人议会的议长领了进来那议长把自己或者大多西班牙商人的想法说了出来。
菲律宾总督查孔微笑着说：“你们确定要入那个汉唐集团的股份？那希望我们为你们做些什么？”