石达开并未反对张潮爵诛杀杨元清等人。因为张潮爵乃是奉行天王诏令，有理有据。而杨元清等人是杨秀清派在安庆监视石达开的，石达开早就想拔除这些眼中钉了。
洪秀全一直躲在幕后，让韦昌辉冲在前面挥舞屠刀。堂堂天王万岁爷，怎么会特意向张潮爵这个无名之辈发一封诏书呢？
天王信使表面上让张潮爵诛杀杨元清等人，暗地里另有一封送给石达开的密函，要石达开进京，阻止韦昌辉滥杀无辜。
原来，韦昌辉在天京城内任意屠杀。洪秀全心知不妙，却无力阻止韦昌辉。
蒙得恩、洪仁达等近臣向洪秀全哭诉，要洪秀全下旨制止韦昌辉。洪秀全拗不过他们，下了几道诏令。
秦日纲一向尊奉洪秀全，接到诏令后收敛了许多。可韦昌辉已经丧失了理智，丝毫不把天王诏令放在眼里，反而杀得更欢了。
太平天国军师权力最大。杨秀清为军师，他死了，军师一直空着。洪秀全迟迟不肯封韦昌辉为军师，韦昌辉不好开口讨封军师，却不奉洪秀全诏令，借此向洪秀全示威。
按，天京事变后，洪秀全坚持“主由我做，军师亦由我做”。石达开诛杀韦昌辉后，进京辅政。洪秀全亦坚持不封石达开军师，石达开被逼出走。
洪秀全眼见韦昌辉已经不奉王令，后背发凉，只得令近臣蒙得恩加强天王府防务，在天王府四周角楼上部署了黑洞洞的大炮，又动员了两千名广西大脚妇女守卫天王府。
石达开饱读读书，胸怀大志。与残暴的韦昌辉不同，年轻的石达开有着更加广阔的胸怀、更加理智的头脑。
他心里清楚，杨秀清柄权已久，东殿党羽遍布天国，若韦昌辉株连太广，势必危及天国根基。
深思熟虑之后，石达开不带军队，于9月10日，带上张遂谋、石祥祯等亲信，又带了数十名亲军，乘坐一艘汽轮来到天京。
天京已经乱成了那样，韦昌辉已经杀红了眼，他却孤身前往天京，试图劝说韦昌辉停止株连。
韦昌辉连洪秀全的话都不听了，还会听石达开的话吗？天京已是一座人间炼狱，石达开只身涉险，却不带部队进京，他不担心自己的人身安全吗？
石达开聪明绝顶，怎会犯下这种政治幼稚病？此举到底是大公无私，还是不自量力？是天真幼稚，还是深思熟虑？
这是历史上确确实实发生的事，不合情理，引发后人无数解读。
也许，这正是石达开最为人称道的地方。在那些残暴、阴险、狡诈、卑鄙的太平天国领导人中间，石达开就像一股清流，仁义、勇敢、知礼，满足了人们对于农民起义家的一切想象。
石达开进京后，先去找洪秀全，打算联合洪秀全阻止韦昌辉。然而，洪秀全根本就没接见石达开。
蒙得恩转告石达开，天王只让韦昌辉诛杀杨秀清及其兄弟四人。如今，韦昌辉杀红了眼，已经不奉王令。韦昌辉滥杀无辜，与洪秀全毫无关系。
洪秀全把责任撇得干干净净，石达开只得去找韦昌辉。他委婉地劝说韦昌辉，不应株连太广。谁知道，韦昌辉根本就不听劝。他勃然大怒，说道：
“六弟，二兄密诏给我，要我起兵诛杀东孽。我特意给你写密信，邀你一起共襄大义，你却在安庆称病不前。如今，东孽一死，你又急匆匆地跑过来，指责我株连太广。你，你，你真是站着说话不腰疼！”
按，在拜上帝会神话体系中，耶稣为上帝长子，洪秀全为次子，韦昌辉为五子，石达开为六子。
韦昌辉眼里凶光毕露，隐然已经萌生了杀机。石达开聪明绝顶，反应很快，连忙说道：
“五兄亲身涉险，历尽艰难，大义锄奸，挽救了天国。小弟狂悖无礼，还望五兄见谅。东孽已死，小弟立刻回府向二兄上书，请五兄担任军师，总理天国朝政。五兄军务繁忙，小弟就不叨扰五兄了。”
说罢，石达开不顾韦昌辉挽留，急匆匆离开北王府。
石达开一走，韦昌辉越想越不对劲，派人去翼王府找石达开。他准备拉石达开一起面见洪秀全，逼洪秀全封自己为军师，独揽天国大权。
然而，石达开并未返回翼王府，而是直奔城西汉西门而去。
这时，天京各处城门都已换上北殿、燕殿兵马，韦昌辉下令只进不出。石达开要想出城，必须得有韦昌辉的手令。
汉西门守门官不肯放石达开等人出城。石达开当即立断，带着手下数十名亲军斩杀守门官，从汉西门冲杀出去。
汉西门外就是秦淮河，石达开的汽轮就侯在门外。石达开等人坐上汽轮，开足马力驶入长江，先离开天京再说。
尔后，石达开渡江至江北，在江北换乘快马，一刻也不停歇，直奔安庆大本营。