但是那些冲锋的将士仍然神情坚定，来福营的麦穗旗仍是一次闪闪耀在飞虎关守军的眼前。比大同军与山西军更为坚定的作战意志，犀利的燧发火铳，奇特闪亮的刺刀，每次冲锋伤亡近四成仍死战不退的武勇，让飞虎关守军胆寒之下，己经接近崩溃的边缘。
飞虎关的守关总领在一次次的残酷血战后，己是神情麻木，这是一只什么样的军队，那奇怪的麦穗旗，那奇特的火铳，火铳口奇特的尖刺，无不闪耀着死亡的寒光，海龙囤诸人及飞虎关总领本以为前几天的明军攻关部队己是明军中最精锐的存在，但与眼前的军队一比，却是差得远。难道他们是传闻中明人总督黄来福的亲将家丁？
明军又一次的冲锋开始，顾大刀身先士卒，领军冲在前面，虽然他身上己是负伤多处，但却更激起了他的武勇，挥舞刀刃，冒着关口上的滚石，只是义无反顾地往前冲。在他身后，是同样一个个视死如归的来福营将士，手上拿着燧发火铳，上面是根根雪亮的刺刀。冲锋中铳口上不时冒出火光与硝烟，打得飞虎关上的土兵纷纷掉下关来。
经过明军一次次的冲锋与血战，关上的播州土兵己是丧胆，那滚木擂石的反击大大无力。顾大刀很快领着这数百人冲到了城门与关墙下，密密麻麻的火铳对准了关口城墙，在铳口冒出的一阵阵火光硝烟中，关上的土兵们被打得头都抬不起来。
一架架的云梯竖起，在顾大刀的带领下，一个个身披铁甲，膀大腰圆的来福营士兵爬上关墙，他们久经战火，手上拿着上了刺刀的燧发火铳，不但火铳的击发速度极快，而且刺杀犀利，每人身上又至少插着三、四根铜把手铳，随时可以击发，对面仅穿着布衫或是兽皮的播州土兵哪是他们的对手？明军一涌上来，他们不由节节败退。
来福营将士一个个爬上关口，飞虎关被打开的缺口越来越大，一次次的血战让飞虎关守军早己处于崩溃的边缘，加上涌上关来的明军越来越多，守关总领又被顾大刀一铳打死，突然大叫一声，众土兵崩溃四散而逃。
此时飞虎关城门后虽然还有一个巨大的瓮城，可以作为阻击明军之用，但此时飞虎关上的守军哪还有战心？一些人投降，大部则是纷纷往山上飞龙关逃去，连飞龙关上前来支援的援军也阻挡不了这种溃败的步伐，最后来福营的麦穗大旗高高地插在飞虎关城楼上，一日血战后，飞虎关落在了明军的手中。
飞虎关大捷自然让明军上下一片沸腾，以飞虎关之固之险，只一日后，便让明军夺下，而且还是堂堂正正的血战而夺，似乎没有任何关口能阻挡他们进前的步伐，所谓“坚不可摧”的天险之地，在他们脚下，也成为一个笑话。而如此险关一日被夺，让海龙囤诸人胆战心寒下，也起了害怕与明军接战的心思。
经此血战后，黄来福的家丁营及嫡系营虽然伤亡不小，但经过战火的洗礼后，他们的战力战心也有了一个质的飞跃。虽然黄来福对部下的伤亡颇为心疼，不过他认为这种恶战还是对自己军队有好处的，这种付出是值得的。
九月四日。
经过一日修整后，来福营将士又与播州土兵争夺通往飞龙关的龙虎大道。这龙虎大道全长约一里，虽然路况崎岖险要，不过也谈不上陡峭，播州土兵对明军杀伤力巨大的滚木擂石派不上用场。
所以杨应龙虽然派了心腹亲将领一部海龙囤最精锐的土兵依路防守，不过在来福营将士犀利的燧发火铳及虎蹲炮齐射猛轰下，加上几次刺刀突击，他们的防守很快就烟消云散了。
来福营将士的伤亡轻微，只受伤几人，以轻微代价夺取了龙虎大道。这个成果也让黄来福若有所思，如果敌方不是依地势让己方军力战力发挥不开的话，在平原之地上，大明没有几只军队是自己燧发火铳部队的对手。
九月五日。
来福营及五寨营，镇虏营一部将士进攻飞龙关。飞龙关比飞虎关更为险峻，更为重要，在城门上首，还有杨应龙亲笔手书飞龙关三个大字。虽然明军的攻击让海龙囤上下胆寒，不过在杨应龙的严令下，而且杨应龙也放出风声，如明军攻破海龙囤，将会对守关两万土兵，囤内十万随军眷属及播民展开报复，这种恐惧也让海龙囤余者几关守军没有了退路。
残酷的撕杀围绕飞龙关前狭窄的通道山梁，还有关上关下展开。在关前的山梁一处，明军费了九牛二虎之力运送上来的十数门火炮对飞龙关的城门展开猛轰，另有数十门虎蹲炮也就近对攻关将士展开支援。猛烈的炮火铁丸将飞龙关上的石墙砸开数道缺口。
双方在关上关下反复争夺，虽然飞龙关地势反而比飞虎关更为险峻，不过依飞龙关的地形，这里滚木擂石反而所用不多，双方依靠的反而更多是短兵相接的肉博勇气。
这种肉博，反而是来福营诸将士所擅长的，不说他们的燧发火铳让守关土兵伤亡重多，无可抵挡，就是在双方的肉博战中，不论是来福营等将士中的刀盾兵还是火铳手，论战力与装备，都是播州土兵们远远不如的，他们因恐惧而爆发出来的血勇，远远不能抺平双方实力的差距。
飞龙关这种地势不利于攻方兵力展开，从云梯上爬上飞龙关城墙的来福营将士面对的情况都是敌众我寡，不过在这些身披铁甲，膀大腰圆的职业战士面前，就算是四、五个播州土兵面对一个来福营战士也讨不了好去。虽然艰难与残酷，但是飞龙关的缺口还是一步步被打开，越来越多的来福营战士爬上城墙，敌我双方肉搏搅混成一团，在关内各处展开拉据争夺，特别是城门一带，作战更为惨烈。
最后当飞龙关联接石门的石轴被缓缓推开时，惊天动地的“万胜”声响起，密密麻麻手持闪亮刺刀的明军战士从城门处涌入关内，飞龙关的攻占成为事实！
……
飞龙关的占领让杨应龙等人感觉到了末日的来临，如此险关都阻挡不了明军的步伐，余下两关又有办法吗？海龙囤上下人心更加涣散起来，恐慌之情弥漫各地，更有一些土兵悄悄下山向明军投降，情况对明军来说似乎一片大好，海龙囤平定就在眼前。
不过此时在黄来福这边，他情况却好不过哪去，就算黄来福征战多年，其心似铁，这些天下来，也为部下的惨重伤亡而心惊。自己家丁及嫡系军士四千余人，攻占了飞虎及飞龙关后，伤亡竟高达七百余人，自己领军参加万历三大征，多年来伤亡以此为最。要知道，这些都是随自己征战多年最精锐的士兵。
而在黄来福面前，还有朝天关与飞凤关，这属于海龙囤的核心内城，单单朝天关的石墙就高达十五米，连云梯的架设都非常困难。围绕这两关内外的，还有众多的月墙、土墙、敌楼等，形成一系列非常牢固的防御体系。黄来福相信自己的军队可以攻下这两关，不过也可以想象到时的伤亡情况，难道自己要将跟随自己多年的部下都在这里打光吗？
他将目光瞄向了海龙囤的后山之地。后山有三关，分别为万安关、西关、后关，三关关口内都建有耳室与瓮城，其城墙的高度厚度都不次于八达岭长城，不过后山地势还是比前山要缓一些，黄来福决定从前山与后山同时入手。
九月七日，黄来福调总兵马孔英与吴广攻取后山三关，大批的明军集于后山大板水地方，准备从该地攻关。
马孔英颇有急智，知道硬要攻取关口会伤亡惨重，便想出一计谋，命军士每晚赶一大群羊冲向三关之地，以为麻痹山上土军，土军误以为明军攻关，便匆忙应战，结果第二天起来发现关前成群的死羊。每晚如此，几日下来，三关守军疲惫不堪。
而在十日晚，经过几日平静后，黄来福亲将杨小驴亲自率领两百敢死将士，趁夜爬上了朝天关的城墙，古时夜战稀少，因为当时军士大多营养不良，很多人都患有夜盲症，晚上不能视物，不过对于营养良好的黄来福麾下亲兵家丁来说这些却不是问题。
朝天关守军没想到这一点，加上四更时间众人大多鼾睡，杨小驴领军轻易爬上城墙，斩杀了城墙上的众多土人守军，打开城门，树帜鸣炮，城门下大批的来福营将士涌入关内，关上守军大惊溃散。飞凤关内的杨应龙从梦中惊醒，顾不得飞凤关下大批哀求的朝天关败兵，下令紧闭关门，防止明军趁机袭取，并在四周点起了大批的火把，将飞凤关一带照得灯火通明。
不过到了这个时候，杨应龙也知道自己灭亡就在当日，十二日清晨，海龙囤下明军全线发起攻击，很快，后山的万安关与西关被攻破，中午时分，杨小驴身先士卒，亲自领军攻打飞凤关，此时播州土兵己经没有了背水一战的锐气，关城似乎随时可破。
当晚杨应龙散发重金希望招募数千勇士出关偷袭明军，但山上数万土兵却都是脸色惨白，没有一个人敢出声应和。杨应龙心灰意懒，亲自提刀巡垒，看四面火光烛天，不由傍徨长叹，回宫后搂着自己两个爱妾只是流泪。
十三日，明军又大举攻城，中午时分，在一片的“万胜”声中，杨小驴领军攻破了飞凤关，而在此时，后山的总兵马孔英与吴广也攻陷了后关，两路大军浩浩荡荡进入海龙囤内，依次占领飞凤关内的养马城、老王宫、新王宫、总管厅、军营、校场、金银库、火药池等地，并生获杨应龙儿子杨朝栋、杨兆龙等叛将百余人。
杨应龙跌跌撞撞回到他的宫殿，仓皇同两个爱妾自缢，并放火自焚，总兵吴广从火焰中将其尸体抢出。
十四日，黄来福发下军令，阻止了将士对海龙囤内的报复性杀戮，除了清点所获物质外，还将被俘的海龙囤土兵及播民十余万押往重庆府，等候进一步的处理。