取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。
还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。
至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。
本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。
于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。
至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚至于琉球国乃至是吕宋的问题。
但是虽然南方诸省永历之乱虽已平定，但是永历帝朱由榔却并未被大中军擒获，在大中军攻占云南的时候，朱由榔见势不好便在一些死忠的随扈之下，落荒逃入了缅甸，被缅甸王收留。
这件事令肖天健很是不喜，历史上朱由榔也是逃到了缅甸，可是没想到这一次他早于历史十几年的时间，却还是没有抓住朱由榔，于是肖天健着令李栓柱在平定云南之后，派兵出征缅甸，对缅甸王施压，迫使缅甸王交出朱由榔。
在天元三年底的时候，李栓柱派出了一支由两个西南军区的轻装山地师从云南出发，进入了缅甸，开始对缅甸王朝用兵，但是缅甸北方山林密布，气候条件和道路条件相当恶劣，虽然大中军入缅，但是这一场仗注定不会打的很顺利，短时间之内估计不会取得太大的成效，但是肖天健认为，这是一场不对称的作战，并不需要投入太多的战力，消耗太多的资源，迟早还是可以解决缅甸的问题的。
最起码这一次西南军区入缅作战，也要将整个缅北给纳入到大中朝的国土之中，逼迫缅甸王对大中朝俯首称臣不可，但是这样的小规模作战，他就全权交给了李栓柱负责，至于他的精力，则开始再一次放在了北方。
（今天特别鸣谢毛毛将军盆友的打赏！呵呵！）