在大中军三路大军攻克北京城之后的两个多月时间里，北方形势飞快的开始变得稳定了下来。
不过虽然肖天健这段时间忙于处理北方的各种政务，却并未对军队放松下来，在北京之战结束之后，京畿一带的局面逐步开始稳定下来之后，为了减少对后勤方面的压力，在肖天健的命令下，原第一镇的左路军，开始撤离京畿，从居庸关返回到宣大，然后逐步回撤到山西境内。
而第二镇刁正所部的中路军，也在结束了北京之战之后不久，开始一部返回辅南一带负责清剿辅南一带残余的官军以及各地的匪患，一部则从沧州进入到山东境内，一方面前往莱州府和登州府接防，并且接过刘泽清麾下的一万多明军降兵，对其进行整编，同时沿山东东部南下，逐步清剿山东东部一带的官军残余势力和地方匪患。
至于右路军辖下的第四镇的兵马，则立即沿运河南下，返回到南直隶一带，复归入石冉麾下，做好下一步南下南方诸省的准备。
而京畿一带到了八月之后，便仅剩下了刘耀本麾下的近卫第二师和三千扩编的羽林卫，充当肖天健的直属兵马，等候下一步的行动，如此一来，便大幅度的减轻了后勤方面的保障压力，使得北上的漕船，可以转运更多的粮食，来缓解北方的粮荒问题。
另外肖天健在拿下北京城之后，斟酌再三，在八月间决定，以宣大、顺天府、永平府以及山海关外的宁远，将这一带的大中军整合起来，成立了一个专门的北方战区，暂时自成一镇，但是以战区这个称呼和其它各镇军进行区别。
也就是说北方战区，可能是临时性的一个编制，今后还可能会被撤销，原因无他，就是尽可能的统一北方长城沿线的大中军在这一带的指挥，一方面负责镇守北京的京畿一带，防备建奴军南下入寇，一方面也防备蒙古人的袭扰，同时积攒力量，做好未来克复辽东以及收复蒙古大草原的准备。
至于北方战区的总都统，肖天健交给了罗立，但是却将李凌风从第一镇军调整到了北方战区，充当罗立的副手。
北方战区的兵力构成方面，除了李凌风麾下原第一镇军驻防在宣大的两个师之外，另外还有罗立麾下驻防在宁远一带的超编近卫第一师，同时还将肖天健入京之前，下旨组建的近卫第三师以及吴襄麾下的山海关官军旧部，全部纳入到北方战区统一归罗立和李凌风调度。
而近卫第三师，在肖天健下旨之后，李信立即便调派得力人手开始着手组建了起来，并且在短短两个月的时间里，就完成了征兵和组建工作，以大中军五五编制的老习惯，新编近卫第三师下辖五个满编战兵营（步兵营），同时按照肖天健的旨意，又为其编入了一个两千人规模的加强骑兵营，另外加上一个师属重炮营和一个满编辎重营以及一个工兵营，使得新编近卫第三师的兵力达到了一万人左右的规模。
而这些新兵兵员的来源，则以顺天府以及永平府等地的当地民众为主，却并没有收编多少投降的三大营的官兵，原因无他，这个时候的明军官兵可以说已经是烂透了，虽然降兵之中也不乏一些精壮之士，但是这些人也都早已变成了老兵痞子，身上带了太多的明军之中的旧习，再想改变他们，就相当不容易了，一旦将这些兵痞子编入军中之后，非但不利于提高战斗力，相反还会起到很大的副作用。
所以在肖天健的旨意下，这些大明降兵，多被就地遣散打乱安置，令其到各地务农为生，每个人在遣散的时候，还发给了二十两遣散费和一定量的粮食，省的他们没钱吃饭，遣散之后又落草为寇，为祸一方。
至于新编第三师的都统，在诸将的提议之下，肖天健将原本在刘耀本手下当副都统的李定国提拔了起来，充任了近卫第三师的都统，其余的军官也都是从诸军之中拔擢起来的大中军的老部下，其中以讲武堂学员出身的军官为主，撑起了近卫第三师的骨架。
虽然从组建开始，新编近卫第三师组建的时间很短，但是有这帮干将充作骨干，第三师很快便投入到了紧张的操练之中，短短两个月时间，便基本上结束了大中军新兵训练的科目，初步拥有了一定的战斗力，估计最多一年时间这支兵马在这些军官们的操练下，肯定也能成为一支凶悍的军队，战斗力会相当可观的。
至于镇守山海关的那两万多吴襄麾下的明军旧部，则在肖天健的指令之下，被改编为了大中军山海关守备师，归到了北方战区的序列之中，暂时继续留镇山海关，但是要求北方战区对其进行一次大规模的整编和重新训练，增强山海关守备师的战斗力，使之在半年之内，成为一支真正能堪大用的兵马。
但是肖天健却将彦书亭派至了山海关，充当了吴襄的副手，另外又从各部之中抽调了二百军官，以及刚刚在讲武堂结业的五百讲武堂学员也派至了山海关，充入到了这支兵马之中，以他们重新构成了这支守备师的基层军官和高层军官的骨架。
原来吴襄麾下的两万多官军，也就地整编，裁撤掉了其中一批不符合大中军要求的官兵，但是对这批官兵，毕竟他们都参与了这一次山海关大战，所以好歹算是有功人员，所以肖天健特许没有采取像对待一般降兵那样的就地裁撤的办法，而是以大中军退役的待遇，发放给了他们一笔优厚的遣散费，并且每人补发了半年军饷，令其返乡。
虽然这些官兵有点不太满意，但是也无可奈何，更何况大中朝对他们已经算是非常宽厚了，发放的安家费也相当充足，所以值得脱下了军服，然后离开了山海关，在裁撤不合格兵将的同时，又就地在山海关内的北方难民之中，招募起了一批新兵，充实到了守备师之中，保证了守备师两万兵力并没有下降。
如此一来，整个守备师便发生了翻天覆地的变化，基本上从根子上，重新将其编排了一番，也避免了这些旧官军形成小的集团。
吴襄因为被继续留任都统之职，而且也见识到了大中军的厉害，所以对于这一次的整编十分配合，并且也按照大中朝的命令，解散了麾下的家丁队，将其编入到了麾下各营之中，一部分表现不错的直接被派往了南京讲武堂进行为期一年的培训，今后将另行安排，也算是给他的家丁们了一个相当不错的出路，对此吴襄倒是十分感激。
并且吴襄暗中上奏肖天健，在奏疏之中提出，他以年纪大为由，表示在完成山海关守备师整编之后，他愿意辞去都统之职，回到北京城中跟家人一起养老，从此不再干军务之事。