镇东将军秦良玉领兵在重庆府城外和李栓柱所部进行了最后一次决战，可惜秦良玉麾下的白杆兵，基本上是由长枪兵构成，这些石柱兵将们，虽然在秦良玉的率领下很是勇猛善战，但是当面对这个时代武装十分先进的大中军的时候，却再也无法再现他们的勇猛无敌了，长射程武器的缺失，使得他们根本就没有公平的机会和大中军正面交手，所以会战的结果是秦良玉所部大败崩溃，秦良玉只得率领残部，突围逃回了老家石柱，无力再出战和李栓柱为敌了。
秦良玉白杆兵一败，整个重庆府的军心顿时大衰，李栓柱率部猛攻重庆府通远门，邵捷春恐慌之下，下令死守重庆府，守军无奈之下，只能在通远门一带死守，李栓柱猛攻通远门数日不克，气的李栓柱站在城外直骂娘，眼看守军在城门和城墙上矢石俱下，使得他麾下的兵将屡攻屡挫，而重庆府城城墙基本上都是以条石垒筑而成，异常高大坚固，炮轰也无法轰塌城墙，接着天又降下大雨，使得攻城不得不停止了下来。
所以三月间李栓柱在重庆府城外顿足不前，整整大半个月时间都未能破城，直至肖天健领兵北伐之后的三月底，李栓柱才利用火药炸塌了一小段通远门一带的城墙，率部攻入到了重庆府城中。
邵捷春这个巡抚一听说通远门被破，便立即带着家丁从城西水门乘船逃出了重庆府，逃往了成都府，但是城中瑞王和许多官吏却没有能逃走，大部分被李栓柱率兵俘获。
说起来这个瑞王朱常浩也是倒霉孩子，他本来是被封在汉中的，而他的瑞王府本来也在汉中，修的是极尽奢华，可是没成想前两年汉中却被李自成夺占，朱常浩于是仓皇从汉中逃窜，一溜烟的入川，跑到了重庆府之中，这两年便留在了重庆府，现如今重庆府却又被大中军攻破，结果他这个瑞王也算是当到头了，被李栓柱给抓了个活的。
李栓柱抓住瑞王之后，得知这厮在重庆府城中这两年作威作福，凭着他的身份在重庆府城内外欺行霸市，欺男霸女，没少干坏事，当地官府因为他是王爷，拿他也没有办法，现如今落在他的手中，李栓柱自然不给他客气，当即便将瑞王剁了脑袋，挂在了通远门城楼之上。
不过对于重庆府城中的百姓，大中军一如既往的军纪严明，对普通百姓秋毫无犯，很快便赢得了重庆府城内外的民心。
传说历史上张献忠攻下重庆府的时候，凶性大发，不但杀了瑞王，还杀了四川巡抚以及城内所有官吏，就连城中百姓也不放过，来了一场大屠杀，即便是活着的人，也斩去他们的右手，这件事不知道是不是真的，但是大中军到了重庆府之后，这里的百姓却并没有遭到任何祸害，李栓柱入城直呼，相反按照刑天军的旧例，先是开仓放赈，解决了城内外百姓吃饭的问题，进而才派宪兵对城中一些豪绅勋贵以及官吏的家进行抄没，起获了大批的财物粮食，满足了他们大军的需求。
四月初李栓柱再次率兵出重庆府，开始攻向了成都府，在北方三路北伐大军正高歌猛进期间，李栓柱在四月底的时候又一次攻克了成都府，将四川巡抚邵捷春给擒拿了起来。
邵捷春这个四川巡抚也就此当到头了，历史上邵捷春因为没有能挡住张献忠入川，被朝廷给抓起来逮问，邵捷春自知无法逃过一刀，便在狱中仰药而死！但是在这个时代，邵捷春也算是彻底尽忠到底了，被李栓柱抓住之后，大骂不降，最终被李栓柱一怒之下砍去了脑袋。
至此四川基本上便被大中军控制了大半，接下来李栓柱便开始逐步的对四川北部进行清剿，逐步的将一座座州府县城给攻克下来，至天元元年十月间的时候，李栓柱基本上已经将四川全境给大部收入了囊中。
至于大明镇东将军秦良玉，在重庆府兵败之后，便带领残部撤回了石柱老家，对于她这些土家人，李栓柱也按照肖天健的意见，对其采取怀柔政策，不发兵侵入他们生活的领地之中，并代表大中朝，承认他们的地位，并且派人为其送去了大中朝新颁发给秦良玉的告身，继续任命秦良玉为土司，并且保留大明给予她的封号，一切待遇从旧。
秦良玉对大明很是忠诚，拒绝接受大中朝给予她的告身，但是考虑到族人之后的生存，而且她也了解了大中军的可怕，所以在重庆府被破之后，她也没有继续再率兵出战，和大中军为敌，两方就这么暂时互不侵犯，使得四川境内的土家人渐渐的安抚了下去。
对于秦良玉这个大明朝著名的女将军女英雄，肖天健给予她了极大的尊重，重庆之战之后，打扫战场的时候，李栓柱奉旨对于战死战伤的白杆兵也给予了优待，伤者给予妥善的照料和救治，死者则收殓其尸体，派人让其家人前来收尸运回家中安葬，并且为其提供棺材和通行上的便利，这些举措都使得土家人没有了继续和大中朝为敌的欲望，也没有人想跟着大明朝一起殉葬了，虽然秦良玉对大明忠心耿耿，但是重庆一战大败之后，她麾下的白杆兵损失惨重，族中大部分人不愿意再跟刑天军为敌，而她在返回老家之后，也生了一场大病，故此替大明讨伐刑天军之事，也就不了了之了。