所以皇太极和手下奴酋们也认为，只要提前控制住燕云之地，那么即便是肖天健和他的刑天军今后立国，也只能面对这样的既成事实，想要再从他们大清国手中夺回燕云之地就难上加难了。
可是皇太极对于建奴军的调动，也马上引起了现任的蓟辽总督洪承畴的注意，洪承畴眼下可还是十分效忠大明王朝的，而且他根本就不相信皇太极会和大明诚心实意的议和，所以当初他在明清议和的时候，便一力反对，但是因为他知道的时候，木已成舟，洪承畴也无力回天，只能奉旨撤离了锦州城，率部撤防到了宁远，并且将原来锦州一带的大批汉民迁至了宁远一带，陈兵布防，严防建奴趁机再次南下入寇。
这一年来，虽说朝廷从关外调离了大批官军入关，使得洪承畴麾下控制的官军兵力大不如以前，可是洪承畴却还是做了很大的努力，来增强辽东军力，同时奏请皇上朱由检，一改以往令出多头的局面，将大权归于他一人之手，统一对辽东诸军进行调控，虽说兵力下降严重，但是麾下留下的官军在他的统御之下，战斗力却有一定的提升。
建奴军刚有异动，洪承畴便提前发现了，于是立即便调集辽东兵马增援宁远和山海关一带，这一次双方都进行了比较充分的战争准备。
建奴方面抽调出了十几万满蒙汉八旗大军，先是汇聚在了锦州一带，做好了向南攻进的准备，而洪承畴则调集了五万大军于宁远和山海关一带布防，做出了死守不退的架势。
双方仅仅是战前准备便耗费了两个多月的时间，就在大战一触即发的时候，皇太极却发现他和手下们误判了刑天军的行动，刑天军在阳谷县大败大明官军之后，却并未如同他们所料的那样，随即便向北攻打京辅和山东等地，仅仅是控制了绝大部分山西地盘之后，便开始分兵将主要进攻的方向放在了南直隶一带。
于是皇太极立即判断出刑天军下一步肯定是先打南直隶，待控制住南直隶以及大块江南的地盘之后，才可能会朝北攻进，于是他现在就打宁远，显然是有点太急躁了一些，毕竟汉八旗新建不久，战斗力还不是很强，而且很多装备还没有到位，时间上还是允许他再多准备一段时间的，于是他在仔细考虑过之后，又和手下谋臣们商议了一番，认为马上就打宁远入关，不如再等一下准备的更充分一些再说，毕竟洪承畴手下还有六七万官军可以调动，这些官军死守要隘，他们如果想要拿下燕云之地，肯定还是要进行一番苦战，倒不如再等等观望一下风头，寻找更好的时机再说不迟。
结果是在崇祯十三年六月间，本来已经是战云密布的锦州、宁远等地，突然之间建奴军又开始后退，回到了他们的地盘上，使得这场大战顿时便消散于无形之中，结果害得洪承畴和众多辽东军兵将们白忙活了好一阵子，还耗费了大批的钱粮。
而这一次皇太极的撤兵，也却是是相当明智之举，虽然崇祯十三年上半年入关的官军在关内对刑天军的作战之中大败亏输，但是北方留守的官军却还是具有相当的战斗力的，这个时候官军尚没有出现严重的缺粮缺饷的情况，留守的官军还有相当的实力充分利用地形上的优势与之对抗，皇太极如果再五六月间发动攻势，攻打宁远和山海关的话，还真就不是一件很容易的事情。
但是待到了几个月之后，情况便开始发生了巨大的变化，肖天健率领刑天军在十月间攻占了南京城，并且进而迅速的攻占了扬州、镇江、苏州、松江府等地，彻底掐断了南直隶对北方京师一带的财政粮食的供应，使得大明朝廷的财政和粮食储备顿时便出现了严重的亏空，京师也出现了粮价暴涨的情况，更不用说是镇守关宁的这些官军了。
北方的官军在进入十月份之后，便开始断绝了粮饷的补充，军中和地方都开始出现了严重的粮食短缺情况，当地所产的粮食根本不足以养活这么多人和军队，到了崇祯十三年年底的时候，也就是肖天健正在南京城紧锣密鼓的准备登基立国的时候，整个关宁一带都开始出现了严重的粮荒。
关宁军到了这个时候，已经拿不到该领的军饷了，就连吃饱肚子也开始出现了问题，一些军将为了让当兵的吃饱肚子，于是便不惜开始纵兵抢掠百姓，使得关宁一带的局势立即便陷入了混乱之中。