登州失守的后果是灾难性的。叛军裹挟了山东兵和一部分城内丁壮之后，有了上万兵力。孙元化用一年半的时间积攒下的十万两银子、三千匹马、二十多门红夷大炮、三百多名其他各式西洋炮全部落入了叛军之手。张可大的兵马损失惨重，只剩下了四百多人，连张可大等人的家眷都失陷在城中。双方实力差距悬殊，蓬莱水城的失守只是时间问题了。
但是孙元化死活也想不通，东江兵为什么会背叛他。他给东江兵的待遇比对一般的士兵更优厚，对李九成、孔有德、耿仲明这些将领更是信用有加，他们为什么还要谋反起初孙元化还以为只是普通的粮饷分配问题导致的矛盾激化，但是从事情之后的发展来看，叛军显然是早有预谋。先是挑拨地域矛盾，激起兵变，制造混乱，随后便以各家将领的亲兵抢占城内要点。这绝不是普通士兵一时愤怒惹出的事端，而是东江将领们精心策划的阴谋。
在撤到蓬莱水城的军队中，有一个人格外地愤怒。这个人的名字叫作冈卡沃特谢拉科雷亚，中国人一般称之为“公沙的西劳”，他便以“公沙”作为自己的汉名。这个葡萄牙人曾经参加过抵抗荷兰人对澳门进攻的战斗，他和神父陆若汉一起从澳门带着三十一名雇佣兵来到登州为明朝效力，帮助孙元化训练新军。
但没想到的是，他的学生们就像中国童话里那头向猫学习捕猎的老虎一样，学成了本领之后就立刻用来杀害自己的老师。然而公沙却忘记像猫一样留一手上树的技能。在从登州突围的战斗中，他的部下包括副手鲁未略在内有十二人阵亡，十五人负伤。公沙本人也受了伤，若不是张可大的亲兵拼死保护，他也要交代在登州了。
公沙希望孙元化立刻调集他辖下的其他军队去消灭叛军，他虽然懂大炮，却不懂中国官场的运行规则。孙元化作为巡抚，任务是协调将领们的行动，并不能直接指挥府州县的官员，因此失去了登州积蓄的物资之后，他不能直接强行征调地方上的钱粮，只能劝说官员和士绅们出钱。后来的孙传庭正是因为违背了这一原则，直接强硬地向士绅要钱，招致了陕西士绅的攻击和崇祯的怀疑，把自己的命送了。所以，孙元化要筹措反攻登州的资金需要很长时间，而蓬莱水城绝对撑不了那么久。
所以，他们能做的事就只有一个了：撤退。
幸好有周文郁的水师到来，孙元化把张可大部、葡萄牙佣兵和自己抚标的少数残部都装上了他的船，此外还有水城的炮匠、船匠等各行工匠。登州的水师自己有船，又把港口中的商船全部强征，各自装载士兵和家眷逃命。每一艘船只都是超载，由于船只有限，工匠们的家眷只能留下，水城之中到处都是生离死别的号哭之声。
很多工匠舍不得骨肉分离，官兵便强行抓人，把人捆上船去。如果孙元化不这么做，这些工匠要么在官军围城时变成粮食，要么被叛军裹挟到辽东去。现在用强，至少能救他们，如果心软，那就一个也救不了。
水城中也有辽人，山东兵和辽兵很快就互相攻杀起来，场面一片混乱。有的辽兵想拉走舰队，当即遭到其他军舰的炮击，有的辽人没想反叛，却也稀里糊涂地遭到了攻击。水城内外到处起火，喊杀声、哭号声震天动地。
谁也顾不上落在后面的人，各船纷纷拔锚。此时北风正劲，船只从蓬莱水城向西南的莱州进发困难不大，但风助火势，大火很快席卷了囤积着大量木材、桐油、火药的水城。来不及上船的人、因船只碰撞落水的人，在水火之间哀嚎挣扎，一派地狱景象。
陆若汉虔诚地祷告着，孙元化却没这个心思，这次叛乱的规模超过以往任何一次兵变，当年祖大寿在己巳之变时的出走都不能与之相提并论。登州这个前线海运重镇被叛军占领，支援东江和关宁的海路就断了。关宁还好，粮食可以运到通州再从陆路送去山海关，或者由天津出海。而旅顺和东江诸岛一直是以登州作为后勤基地，现在突然要改成从天津输送补给，不仅难度倍增，而且一时也无法筹措这么多物资，辽东前线遭遇了巨大的危机。
周文郁主管天津水师，他估计自己的船只和天津的物资最多只能保证旅顺黄龙、陈有时所部的补给，至于辽东半岛以东诸岛上的沈世魁、尚可喜、毛承禄、金声桓等部，会遭遇严重的粮食危机。而这些部队除了黄龙自己的亲兵之外也都是东江旧部，这就意味着他们很可能参与叛乱。孙元化对于尚可喜还比较信任，之前耿仲明的弟弟耿仲裕在旅顺发动兵变，就是尚可喜帮助黄龙平定了叛乱。而且他全家都在旅顺，料来会听黄龙的指挥。至于其他人，他哪个也不敢相信了。
尚可喜都成了最后的希望，这大明也是要完。
李九成被张鹏翼赶出山神庙之后，便灰溜溜返回了登州，他不敢去见孙元化，躲在了孔有德军中。
由于大凌河之战开销巨大，登州的粮饷发放又被拖延了，不满情绪在到处蔓延。李九成早就知道，孔有德、耿仲明对于现在这种给孙元化当家丁头子的生活并不是很满意。东江军最主要的收入不是军饷，而是走私。因为大部分明朝商船都难以远离海岸线航行，因此黄海北部诸岛就成了从登州向朝鲜、日本乃至辽东走私的必经之路。当初毛文龙就是靠着掌握沿海商路，才能够在荒岛上维持住东江镇。
后来袁崇焕督师蓟辽，要统一指挥权，要统一分配粮饷，还要对后金执行更严格的经济封锁，这就断了毛文龙的财路，双方势成水火自然不足为奇。假如真的按袁崇焕的计划去做，毛文龙就不再是独霸一方的大帅，而是会和现在的黄龙一样，变成某个巡抚麾下的普通总兵，东江的兵马也势必要像现在这样有一部分移到登州就食。或者兵驻东江，家属放在登州。这样一来，东江的独立性便彻底丧失。
在明末，这是一个不可解的怪圈。兵少了打不过金兵，兵多了又养不起，不走私军队就不卖力，走私了又资敌。
除非换一个全新的财政系统、一支全新的军队，这个问题永远不会解决。
李九成、孔有德、耿仲明要做的，就是恢复东江在毛文龙时期的独立性，成为一支“听调不听宣”的力量，将登州、东江两镇变成一个军阀王国。在另一时空，孔有德、耿仲明后来被清朝分封到两广，才算实现了这个“梦想”，但是美梦成真给他们带来的却是杀身之祸。